Отсутствие этнографических, антропологических и исторических данных дало повод по некоторым внешним признакам считать этот народ евреями, с той лишь разницей в вероучении, что караимы не признавали Талмуда и разных комментариев иудейских раввинов. Библейские имена, как у евреев (Самуил, Исаак, Моисей и проч.), недельный праздник Суббота, наименование учителей-священнослужителей «Раввинами» (хотя правильное название у караимов «Газзан»), подобие их молитвенных домов (Кенасы) синагогам, — все это дало повод считать караимов евреями.
Но если познакомиться с религией караимов, то можно видеть, что их «Торой» считалось Пятикнижие Моисеево, что они признавали Иисуса Христа пророком, но наравне считали пророком и Магомета, что они верят в переселение душ, что их праздники идут по лунному календарю, что положение женщины и до, и после замужества основывается на учении Магомета, что у кенаса строился, как у мечетей, фонтан и было специальное помещение для омовения по типу магометанскому, что при входе в кенасу снималась обувь, как у магометан. Особенно почиталась книга Левит (из Пятикнижия Моисея) и из нее главы 18 и 19 — о любви к ближнему, к старшему, о морали. Это учение расширялось в проповедях газзанов и как-то приближалось к учению первохристиан. Характерно, что в учениях караимов нет высказываний, возвышающих этот народ над прочими, нигде не проповедуется рознь между людьми, но о человеколюбии достаточно много говорится...
Принес это своеобразное и весьма интересное учение некий Исаак Санджари (или Сангари), прибывший из Багдада. Он был учеником знаменитого Анана бен Давида. То было в начале VIII века. Исаак Санджари в Крым прибыл уже к концу VIII века. Он и считается просветителем и учителем народа караимского. Эта новая религия позднее создала свою Церковную Организацию, довольно своеобразную и ни от кого не зависящую. Не имея надлежащих знаний некоторые писатели отмечали, что Исаак Санджари проповедовал иудейское вероисповедание. Это совершенно не отвечает новейшим научным данным. Если взять американскую энциклопедию, то Вы прочтете о своеобразной, ни с какой иной религией не связанной, религией караимов.
Какова же церковная организация караимов? Во главе стоит Великий Хан, избираемый пожизненно. Он же и гражданский возглавитель караимов. До 1914 года Великим Ханом был Самуил Пампулов. Его сменил С.М. Шапшал, профессор турецкого языка и истории С.-Петербургского университета. После революции он был в Виленском университете. Из Литвы уехал в Париж... В Императорской Публичной Библиотеке хранился один экземпляр Библии караимов (Пятикнижие Моисеево) на родном караимском языке. Эта книга попала в 19 столетии в эту Библиотеку. Ее достали из стены кенаса, где она была замурована с 916 г., когда был совершен перевод этой части библии на караимский язык. Эта Священная книга в Публичной Библиотеке значилась как «Codex Babiloniens Petropolitanus». В 19 веке был весьма известен караим Фиркович (археолог). В его распоряжении не было еще точных антропологических данных и даже этнографических. Он считал, что караимы 19 века есть сплав древнего народа с хазарами... Исторические данные нам говорят: в огромное (в свое время) Хазарское Царство входили многочисленные народности, в том числе и караимы. Но именно как народность. Вблизи Бахчисарая, столицы Крымского Ханства, задолго до этого времени в крепости «Джуфт Кале», жил один из хазарских Каганов. Название этой крепости местные татары переделали по своему «Чуфут-Кале» (Еврейская крепость). К этой крепости примыкает так называемая Иософатова долина — кладбище хазаров и караимов, живших около крепости. Развалины крепости сохранились до наших дней. Фиркович нашел в этой долине могилу с иудейской надписью, датированную 8 веком — это была могила хазар, часть коих была иудейского вероисповедания. Джуфт Кале (в переводе означает «отвесная скала»), действительно высокая скала с целым пещерным городом. Много ранее Джуфт Кале назывался Киркор или Керкор. Караимские старые документы о заключении брака имели рядом с датой название Керкор, граждане Керкора... Есть мнение, что «Караимы» наименование получили от своей религии — «караизм».