Одновременное появление столь огромного числа ранее неизвестных рукописных и иных памятников древности первоначально ошеломило немногочисленных ученых семитологов, ориенталистов… К тому же сделанные Фирковичем выводы об истории его народа, мягко говоря были неубедительны. Безусловно, сказалось и отсутствие фундаментального светского образования (мельник из Луцка Авраам Фиркович даже не закончил гимназии). Явно негативную роль играл и социальный заказ, который Фиркович стремился выполнить любой ценой. Не свободен он был, как исследователь, и от религиозных догм, что делало многие его выводы весьма сомнительными.
Но, думаю, Фирковичу простили бы все: и отсутствие образования, и варварское отношения к попавшим в его руки бесценным раритетам, если бы он не покусился на святое – не стал трогать «еврейский вопрос». Сделал же он это крайне неуклюже. Стремясь обелить караимов от событий в Иудеи периода распятия Христа, он разработал собственную теорию, в соответствии с которой, караимы якобы были в земле обетованной, но покинули ее задолго до указанных событий. Пройдя через персидский плен, оказались в Крыму еще до нашей эры. Таким образом, снималось обвинение в «христопродавстве», но сохранялось древнеиудейское происхождение народа. Как ни странно, но этот вариант в общем удовлетворил и заказчика и самое главное императора. Получалось, что вместе с Крымом в числе своих поданных он приобрел народ, который получил благословение от самого Моисея. В качестве аргументов своей версии Фиркович привел караимский календарь и что самое главное – надгробные камни, судя по которым караимы жили на полуострове с дохристианских времен.
В 1862 году академиком А.А. Куником была проведена экспертиза первого собрания рукописей Фирковича. Резкое неприятие вызвали встречавшиеся в надгробиях тюркские имена. Куник был убежден, что имя Тохтамыш, по его мнению, могло появиться не ранее, чем на полуостров пришли татары. Указал он на различие чернил в разных частях рукописей. Надпись на надгробии 625 года, по его мнению, высечена другим резцом. Но это был только первый «критический выстрел», который остался почти незамеченным. Интерес же к находкам Фирковича был огромен. В 1865 по материалам находок опубликовано сочинение семитолога Д.А. Хвольсона. Это было интересное непредвзятое исследование, но вот в 1875 появляется совместный труд А.Я. Гаркави и немецкого ученого Т. Штрака «Каталог рукописей из собрания Фирковича» в котором они официально обвинили Фирковича в фальсификациях: приписках на полях рукописей, в подскабливании дат, нанесении новых надписей. Параллельно обвинялась и «научная крыша» Фирковича – Хвольвсон. Гаркави представил в Академию общественных наук обширный доклад, в котором поведал о вскрытом по его убеждению огромном по своим размерами и значению подлоге.
Научный мир оказался в смятении, но документы, найденные Фирковичем, были столь обширны и интересны, что пренебрегать ими было, просто, невозможно. К ним обращаются ученые ориенталисты, не отягощенные «еврейским вопросом» – В.В. Григорьев, В.Д. Смирнов и их вывод неожидан и парадоксален. Караимы – тюрки, прямые потомки хазар и к традиционному еврейству никакого отношения не имеют!
Подобное заявление было встречено обструкцией со стороны абсолютного числа ученых, которые уверенно считали Хазарский Каганат еврейским государством, а самих хазар одним из колен Израилевых.
А.Я. Гаркави, А.А. Куник, Г. Штрак, С.А. Дубнов, Д.Г. Мапид допускали появление евреев в Крыму в 1–2 век н. э., но отрицали какую-либо их религиозную самобытность. Караимы признавались исключительно еврейским этносом, с незначительной привнесенностью тюркского элемента, но не за счет хазар, те тоже считались евреями, а за счет половцев.
Едва ли не единственным противником этой теории оставался Хвольсон, который лично отправился в Чуфут-Кале и самостоятельно нашел надписи о существовании, которых Фиркович не знал.
Прошедшие годы, десятилетия не внесли ясности. Как-то незаметно исчезли наиболее ценные эпитафии, спиленные с надгробий караимских кладбищ. Современная экспертиза рукописей показала, что имеется несколько исправлений и нанесения надписей другими чернилами. Но сделал ли это Фиркович или прежние переписчики не известно.