Это вызвало довольно резкую реакцию Министерства Обороны Украины. 2 апреля было распространено заявление МО, в котором командование ЧФ обвинялось в использовании «военнослужащих — граждан Украины» для решения «неизвестных задач» в зоне конфликта. Через некоторое время 87 парламентариев Украины, представлявших преимущественно правое крыло Верховного Совета (в частности национал-радикалы из УНА-УНСО), распространили открытое письмо президенту Украины и другие документы, в которых обвинили командование флота в участии в снабжении российских частей в Абхазии топливом, взятым со складов, принадлежавших Украине, а также в том, что ряд кораблей ЧФ препятствовал высадке грузинского десанта в Гагры и осуществлял противовоздушную оборону в районах, занятых абхазскими подразделениями, в частности, в районе Гудауты осенью 1992 года.[79] Кроме этого украинские парламентарии обнародовали в ВС Украины документ, представляющий собой перечень приказов и директив Министерства обороны и Главного штаба ВМФ России по управлению в одностороннем порядке ЧФ, в комментарии к которому командование флотом обвинялось в самовольной, без согласования с Украиной, передислокации кораблей и подразделений (в том числе в зону грузино-абхазского конфликта), издании приказа о недопущении украинских офицеров на корабли ЧФ, приведении морской пехоты флота в состояние повышенной боевой готовности и т. д.[80] Это и в особенности использование подразделений флота без согласия Киева вызывали неоднократные угрозы со стороны Украины денонсации Ялтинских соглашений.
Новое обострение спора вокруг флота во многом было связано с ужесточением Россией своей позиции относительно вывоза с территории Украины ядерного оружия. 5 апреля было обнародовано заявление российского правительства, в котором украинская сторона была обвинена в умышленном затягивании ратификации договора СТАРТ-1 и присоединение к договору о нераспространении ядерного оружия. «Поскольку, — писал обозреватель Независимой Газеты, — Украина прямо обвинена в нарушении ранее принятых обязательств относительно ядерного оружия, то вполне возможно, что часть украинских политиков хочет в ответ обвинить Россию в нарушении подписанных документов».[81] Учитывая, что распространенные документы содержали материалы о событиях полугодовой данности, эта версия может считаться заслуживающей внимания.
В свою очередь МО Украины и командование ВМСУ стремились установить контроль над «своей» частью флота, не дожидаясь конца переходного периода. Согласно материалам, распространенным МО России, украинская сторона провела смену начальников гарнизонов в приморских городах, где дислоцировались части ЧФ и предприняла шаги по одностороннему переподчинению береговых баз.[82] В марте МО Украины объявило все суда вспомогательного флота ЧФ собственностью Украины, а в конце апреля включило в состав ВМСУ сторожевой корабль «Способный» и танкер «Ельня», экипажи которых приняли украинскую присягу. Это было расценено командованием ЧФ как грубейшее нарушение договоренностей. Главный штаб ВМФ назвал несостоятельными упреки украинской стороны во вмешательстве ЧФ в грузино-абхазский конфликт. Командование флота опровергло информацию об участии кораблей в боевых действиях, подтвердив лишь гуманитарные акции ЧФ.[83]
В начале 1993 года стала очевидной проблема раздела береговой инфраструктуры флота. Этот вопрос обсуждался на очередном раунде российско-украинских переговоров 11 апреля 93 года. Стороны в очередной раз по-разному трактовали условия договоренностей. Украинская делегация отказывалась включать в переговоры береговую инфраструктуру, которая, по мнению украинской стороны, должна была комплектоваться призывниками только из Украины. В последующем, настаивали украинские представители, разделу подлежат только корабли, но не инфраструктура, которая принадлежит Украине. На 4 съезде Союза офицеров Украины 10 апреля Министр обороны заявил, что «нужно быстрее поделить боевые корабли ЧФ и вывести российскую часть из украинских портов и баз и ни в коем случае не соглашаться на аренду Россией украинской территории. И если за раздел ЧФ российская сторона требует именно такую цену, то будет поставлен вопрос о выводе из Украины всего Черноморского флота».[84]
Одной из существенных причин разногласий явился вопрос о финансировании флота. Как указывали обозреватели, первоначально Украина и Россия устроили своего рода соревнование, кто больше даст денег флоту. Сначала лидером выявилась Украина, выделив 350 млн. крб, Россия — 250 млн. руб., в то время курс купона по отношению к российскому рублю был практически равным. Согласно ялтинским договоренностям флот должен был финансироваться из расчета 50 на 50 %. В первом квартале 1993 года Украина выделила 10 млрд. карбованцев, Россия 4 млрд. рублей. В условиях стремительного обесценения украинской денежной единицы, доля Украины в содержании флота неуклонно сокращалась.