Согласно Постановления Совета министров СССР от 25 октября 1948 года и Указа Президиума ВС РСФСР от 29 октября 1948 года г. Севастополь был выделен в «самостоятельный административно-хозяйственный центр со своим особым бюджетом» и отнесен «к категории городов республиканского подчинения»(РСФСР). Порядок финансирования городского бюджета определялся соответствующим постановлением Совета Министров РСФСР № 1082. Документы о передаче Крыма из состава России в состав Украины не упоминают о Севастополе, хотя председатель Севастопольского городского Совета присутствовал на церемонии передачи Крыма наряду с председателем крымского областного Совета. Отсутствие должной четкости в документах о передаче Крыма оставляет сомнения в том, передавался ли Севастополь вместе с Крымом Украине в 1954 году. В то же время известно, что еще долгое время после 1954 года Севастополь финансировался из бюджета Российской федерации до того момента, когда 25 апреля 1968 года Совет Министров РСФСР признал утратившим силу Постановление № 1082 (но не Указ Президиума ВС от 29 октября 1948 г.). Именно после этого Указом ВС УССР 1968 года, г. Севастополь объявлялся городом «республиканского подчинения» (УССР). В Конституции УССР 1978 года Севастополь был обозначен как составная часть Украинской республики, в то же время Конституция РСФСР 1978 года о Севастополе не упоминает. Депутаты от города представляли население Севастополя в Верховном Совете УССР, но не РСФСР.
Кроме запутанности вопроса о передаче города одной республикой другой, система управления им уже после 1968 года была крайне сложной. Являясь городом республиканского подчинения и замыкаясь непосредственно на Киев, Севастополь одновременно был главной базой Черноморского флота и по всем вопросам, касавшимся его как города-базы, решения по Севастополю принимались в Москве, отсюда же шло финансирование целого ряда статей городского бюджета. Одновременно по ряду аспектов городской жизни Севастополь подчинялся Крымским областным властям, например, милиция, городской отдел КГБ, прокуратура, районные суды, налоговая инспекция, таможня, райвоенкоматы, служба статистики, органы социального обеспечения и многие другие органы государственного управления являлись подразделениями соответствующих областных структур.[108] Это же касается и места первого лица города в партийной иерархии. Кроме этого, депутаты от Севастополя избирались также в областной совет, и лишь в 80-х годах эта практика прекратилась.
Легко себе представить, какую задачу задавал политикам и военным Севастополь в условиях распада СССР и начинавшегося процесса воссоздания крымской автономии.[109]
20 января 1991 года севастопольцы, как и остальные крымчане, приняли участие в референдуме о статусе Крыма. Как и в целом на полуострове, в Севастополе идея воссоздания автономной республики встретила поддержку абсолютного большинства избирателей. Кроме этого, в Севастополе одновременно с общекрымским прошел и городской референдум по вопросу «Вы за статус Севастополя как главной базы Черноморского флота и города союзно-республиканского подчинения» за что высказалось 93 % севастопольцев. Таким образом большинство горожан выступало за двойное подчинение города Москве и Киеву при сохранении его в составе Крыма. Последнее нашло подтверждение также в кооптации 18 представителей городского совета в ВС Крымской АССР в 1991 года.
Референдум 17 марта 1991 г. так же, как и в целом по Крыму, продемонстрировал желание большинства людей сохранить союзное государство. Говоря об общественной атмосфере в городе, следует иметь ввиду то, что она имела ряд отличительных особенностей по сравнению с общекрымской. В Крыму в целом общественное движение до 1991 года было незначительным, в Севастополе же, как в военном городе, который с 1984 года являлся закрытым для въезда, по существу, не было и особых условий для ее возникновения.
В общественной жизни города доминировали военные круги с их традиционным консерватизмом. Этим консерватизмом была пронизана и деятельность органов городского управления. Крушение привычного порядка вещей, наступившее после августа 91-го, застало Севастополь врасплох. Несмотря на то, что количество русского населения здесь было большим, чем в любом другом городе Крыма (76 %), в Севастополе первоначально не возникло, в отличие от Симферополя, какого-либо пророссийского или республиканского гражданского движения. Для военных кругов пришедшие к власти в Москве «демократы» были еще менее привлекательны, чем украинские националисты, тем более, чем вполне «советский» Киевский истеблишмент. Кроме этого, украинские власти, в отличие от московских, с самого начала проявили известное внимание к флоту. Учитывая кроме этого, что до декабря 1991 официальный Киев неоднократно выражал поддержку идее СНГ, становится понятным, почему Севастополь и флот на референдуме 1 декабря проголосовали за независимость Украины. Результаты референдума по Севастополю свидетельствовали о большой неопределенности в умонастроении людей. Такой же неопределенностью отличалась и политика городских властей.