Российская сторона была также чрезвычайно недовольна ходом раздела. Согласно данным, распространяемым в российской прессе, флот стремительно утрачивал свою боеспособность. По некоторым данным в 1996, году лишь 50 % боевых кораблей были подготовлены в 1996 году для выхода в море.[132] В одном из интервью Независимой Газете адмирал Э. Балтин сказал, что «спасать ЧФ уже поздно. Из остатков флота невозможно создать не только стратегическую, но и тактическую группировку».[133] Согласно мнению ряда экспертов, ЧФ уступает по силе турецкому флоту на Черном море в два раза. Россия озабочена закрытием Турцией в одностороннем порядке проливов Босфор и Дарданеллы для крупнотоннажных российских судов в нарушение конвенции 1936 года в Монтре. 14 января Госдума России утвердила Закон о запрете на дальнейший раздел флота, как осуществлявшийся явно в ущерб интересам России (к этому моменту большинство объектов флота было уже передано). Российские представители говорили о том, что несмотря на то, что флот де-юре находится под объединенным командованием, расходы на его содержание и сокращение несет одна Россия. Российские военные высказывали недовольство тем, что «40 % средств, поступающих из России на содержание флота, уходит на покрытие многочисленных (около двух десятков) налогов и пошлин, которыми обложила ЧФ Украина».[134] Украинские требования представлялись российской стороне необоснованными, а цены «астрономическими», особенно с учетом того, что сама Украина является крупнейшим должником России за поставки энергоносителей. Стороны не могли прийти к соглашению по целому ряду фундаментальных проблем, среди которых: сроки пребывания ЧФ на территории Украины, порядок финансовых взаиморасчетов, раздельное базирование контингентов, статус ЧФ на территории Украины и статус Севастополя. Москва настаивала на долговременном использовании флотской инфраструктуры — до 99 лет, Киев, напротив, стремился ограничить пребывание российского флота тремя-пятью годами. Назывались различные размеры сумм выплат за аренду: российскими представителями -75 млн. долл. в год, украинскими — 420 млн. долл.
Одной из главных проблем, связанных со статусом ЧФ на территории Украины, являлась проблема раздельного базирования ЧФ и ВМС Украины. Как отмечал один из обозревателей газеты Коммерсант-Daily: «В соглашении, казалось, было четко определено, что основная база российского ЧФ находится в Севастополе. Но в документах не содержится никаких указаний, где предстоит дислоцироваться той части ЧФ, которая отойдет к Украине. Не закреплен и сам принцип раздельного базирования ЧФ и ВМСУ, на котором особо настаивала Россия и который вроде бы не вызывает возражений украинской стороны. Вскоре выяснилось, что Украина не только не собирается выводить из Севастополя свой военный флот, но и намерена разместить в городе штаб ВМСУ. Киев не усматривает в этом нарушение сочинских соглашений, так как, по его мнению, раздельное базирование вполне допускает размещение судов в соседних бухтах Севастополя».[135] Российская сторона, напротив, наотрез отказывается принять такой вариант «раздельного базирования», опасаясь, что Севастополь тогда утратит роль главной базы ЧФ и будет напоминать «коммунальную квартиру с ее склоками и дрязгами».[136] Что касается украинской стороны, то, по мнению некоторых экспертов, ей «некуда деваться от этого принципа, поскольку «Украина уже сегодня не в состоянии содержать собственный флот… При отдельном базировании украинский флот довольно скоро ждет деградация…».[137]