Очередную конфликтную ситуацию вызвал Указ Л. Кравчука о назначении представителя президента Украины в Крыму, последовавший между первым и вторым турами выборов в Верховный Совет Украины. Представители блока «Россия» призвали к бойкоту выборов. К этому призыву присоединился и Ю. Мешков. В результате, по ряду округов выборы в ВС Украины были сорваны.
Вскоре разгорелась борьба за контроль над «силовыми ведомствами» в Крыму. Согласно Конституции Крыма в республике существовали региональные министерства Внутренних дел, юстиции, Служба безопасности Крыма. Они являлись соответствующими подразделениями украинских структур, но подчинялись также и местным властям. В начале апреля администрации Ю. Мешкова стало известно о готовящихся, якобы, указах Л. Кравчука о переводе «силовых структур» под полный контроль Киева. 11 апреля Ю. Мешков освободил своим указом от должности действующего министра внутренних дел Крыма и назначил его преемником генерала В. Кузнецова, бывшего командира Крымского армейского корпуса. Точно так же он поступил и в отношении руководителя Службы безопасности Коломыцева, на место которого был назначен ген. Лепихов. Незадолго до этого своим указом Ю. Мешков сместил с поста председателя ГТРК Крым В. Астахова, проводившего информационную политику в интересах Киева. За исключением последнего смещения эти «превентивные акции» противоречили «Закону о разграничении полномочий». Вследствие этих поспешных действий, решение украинского президента о переводе крымских силовых структур под контроль Киева выглядел лишь ответным шагом. 12 мая были опубликованы специальные указы Л. Кравчука, в соответствии с которыми МВД Крыма упразднялось, а вместо него создавалось Главное управление МВД Украины в Крыму, реорганизовывались также Служба безопасности и управление юстиции. В ночь с 18 на 19 мая сотрудники МВД Украины сделали попытку занять здание управления крымской милиции. Стали известны факты передислокации подразделений украинских воинских частей в районе Симферополя, переброски частей спецназа и национальной гвардии в Крым.[262]
Пиком противостояния Киева и Симферополя явилось восстановление ВС Крыма 20 мая 1994 года Конституции РК в редакции от 6 мая 1992 года (т. е. без позднейших поправок), в которой был заложен договорной принцип взаимоотношений Украины и Крыма.[263] Стороны находились на шаг от открытого конфликта, и тем не менее, им хватило выдержки не перейти к конфронтации. В разгар кризиса вокруг МВД Ю. Мешков, очевидно, после консультаций с Москвой призвал парламент воздержаться от восстановления Конституции Крыма от 6 мая 1992 года.[264] Несмотря на то, что большинство депутатов все же проголосовали за это, к концу мая наметились некоторые признаки «разрядки напряженности».
25 мая в Киеве состоялась однодневная консультативная встреча парламентариев Украины и Крыма, на которой стороны обозначили свои позиции и высказали намерение решать все вопросы за столом переговоров. Крымские представители признали, что «отдельные положения Конституции от 6 мая не соответствуют Конституции и законам Украины»,[265] и выразили желание совместно работать над их согласованием, однако это осталось лишь благими пожеланиями.
Конфронтация с Украиной не принесла Ю. Мешкову и блоку «Россия» какого-либо реального успеха. Напряженность во взаимоотношениях с Киевом создала неблагоприятную атмосферу для внутрикрымских экономических реформ. Крым перестал получать кредиты от центрального правительства, кроме этого Киев начал осуществление блокадных мероприятий, в частности, как писал министр сельского хозяйства Крыма С. Никольский: «возникшие политические разногласия с Киевом… привели к тому, что нам сразу же были прекращены поставки горюче-смазочных материалов. В результате в 49 % хозяйств Крыма встала техника».[266] Бойкот выборов в ВС Украины лишил блок «Россия» возможности в дальнейшем влиять на принятие решений в Киеве. В борьбе за «силовые структуры» крымские власти также проиграли. Пользуясь финансовыми рычагами и ошибками Ю. Мешкова, Киев постепенно поставил милицию, Службу безопасности, прокуратуру и управление юстиции под свой полный контроль.