Бесспорным достижением Лебедя на государственной службе стало прекращение провальной войны в Чечне. В последние месяцы президентской кампании на юге России было тихо - Джохара Дудаева удалось уничтожить, и чеченцы согласились прекратить боевые действия. Но через несколько дней после того, как президентские выборы завершились окончательно, война на всей территории Чечни возобновилась. Боевики использовали прекращение огня, чтобы перегруппировать силы, проникнуть с боеприпасами в крупные чеченские города. 6 августа 1996 года полевой командир боевиков Шамиль Басаев захватил столицу республики - Грозный. Российские подразделения, как обычно, оказались застигнутыми врасплох. Погибло более пятисот российских военнослужащих; в новостях показывали горящую бронетехнику, рядом на земле лежали убитые водители. За несколько дней битва была проиграна, около 3000 человек российских солдат оказались в осаде в своих грозненских бараках.
В Москве бледный, болезненного вида Ельцин, нетвердо держась на ногах, прошел церемонию посвящения в президенты. Вытащить Россию из чеченского кошмара должен был кто-то другой. 12 августа в город Хасавюрт, на границе с Чечней, для проведения мирных переговоров поехал генерал Лебедь. К концу месяца сторонам удалось договориться, и Россия согласилась отвести войска. Фактически республика получила независимость, хотя вопрос об официальном статусе Чечни решили отложить до 2001 года (когда президентом России станет другой человек, наследник Бориса Ельцина).
Лебедь говорит, что был вынужден заключить мир - прошла информация о том, что чеченцы планируют террористические набеги на атомные станции в Ново-Воронеже и других городах. "Поэтому нужно было срочно останавливать всю эту криминальную разборку на государственном уровне", - говорит он. Лебедь не получил официальной поддержки ни от Ельцина, ни от Черномырдина, ни от кого-то еще из чиновников высшего ранга. Никто не хотел, чтобы акт окончательного унижения России был связан с его именем.
Проводя свою политику в Чечне, Лебедь одновременно повел огонь по всеохватной коррупции и некомпетентности среди его коллег в министерствах. Они, в свою очередь, пришли в ужас от его настойчивости и желания сдержать слово. "Я обещал моим избирателям прекратить эту кровавую бойню, - говорит Лебедь. - Я пошел и прекратил. Второе, что я обещал, - разобраться с коррупцией и преступностью. Но когда я решил первую проблему (мир в Чечне), все дико испугались. Меня стали обвинять в подготовке путча и заговора, в создании какого-то страшного русского легиона"6.
17 октября, через четыре месяца после назначения, Лебедь был уволен. Борис Ельцин, по большей части державшийся в тени, даже появился перед страной и разразился гневной тирадой в адрес генерала и его "непослушания".
Осенью 1996 года развернулась, по определению прессы, "война компроматов". Видные участники избирательной кампании Ельцина начали осыпать друг друга обвинениями в убийствах, в готовящихся покушениях. Бывший шеф Службы безопасности Ельцина, Коржаков, собрал пресс-конференцию и заявил, что в 1994-1995 годах Березовский неоднократно просил его убить Гусинского. В то же время "Новая газета" опубликовала запись тайного обращения Березовского к Ельцину в 1995 году (когда Березовский обвинял Гусинского в том, что тот пытается свалить на него убийство Листьева). Далее Коржаков сообщил, что Березовский и Гусинский заключили перемирие и теперь "заказали" его, Коржакова. В это же время был опубликован разговор, отражавший попытки Анатолия Чубайса как-то сгладить инцидент с коробкой из-под ксерокса. В довершение после лечения в Западной Европе вернулся бывший президент Национального фонда спорта Борис Федоров и заявил, что его жизнь в опасности и угроза исходит от генерала Коржакова7.
На фоне этого необычайного зрелища самый богатый бизнесмен России стал членом правительства. 30 октября 1996 года, через две недели после увольнения генерала Лебедя, Борис Березовский был назначен заместителем секретаря Совета безопасности. Магнат давно рвался в правительство; как показывают это и последующие правительственные назначения, Березовский отдавал предпочтение "громким" постам с широкими и весьма неопределенными полномочиями. Например, должность в Совете безопасности - сотрудников там было мало, а задача заключалась в общей координации деятельности правоохранительных и военных структур. Назначение Березовского поддержали Татьяна Дьяченко и биограф президента Валентин Юмашев, подпись под официальным документом поставил Анатолий Чубайс. Номинальным шефом Совета безопасности был слабовольный чиновник и старый приятель Ельцина Иван Рыбкин. Короче говоря, лису пустили в курятник8.
Через несколько дней в "Известиях" напечатали материал, из которого следовало: у Березовского есть израильский паспорт. Эту информацию газета получила от людей генерала Коржакова, оперативников уже не существующей Службы безопасности президента; сами они получили эти сведения еще в 1995 году от тогдашнего главного конкурента Березовского - Владимира Гусинского. Материалы о сомнительном прошлом Березовского появились и в других газетах, но с особой яростью магнат отреагировал именно на статью о его израильском гражданстве: это открытие ставило под вопрос его назначение в правительство, так как правительственные чиновники не имели права быть гражданами других стран. Сначала он категорически отрицал факт израильского гражданства и даже грозился подать на "Известия" в суд. Но вскоре эту информацию подтвердило правительство Израиля, и магнат был вынужден признаться: да, израильский паспорт он получил, но теперь от него отказывается9.
Фурор вокруг этого назначения и история с двойным гражданством привели к тому, что от Березовского отвернулись многие российские евреи. "По израильскому законодательству любой еврей по рождению, будь он евреем хоть наполовину или на четверть, является гражданином Израиля, - заявил Березовский. - И любой еврей в России имеет двойное гражданство". Российские евреи отреагировали на эти слова достаточно бурно, так как под сомнение ставилась их верность Родине, а сам Березовский стал жаловаться, что он - жертва новой волны антисемитизма в России10.