Петр III «пошел со своими спутниками в казематы, где содержался принц, и нашел, что жилище довольно сносное и скудно снабжено самой бедной мебелью. Одежда принца была самая бедная. Он был совершенно без всяких понятий и говорил бессвязно. То он утверждал, что он император Иоанн, то он уверял, что этого императора нет больше на свете, а его дух перешел в него. После первого вопроса «кто он такой?» он отвечал: «Император Иван». Его потом продолжали спрашивать, как это ему пришло в голову, что он принц или император? Откуда он про это узнал? Он отвечал, что знает об этом от своих родителей и от солдат. Продолжали спрашивать, что он знает о своих родителях? Он уверял, что еще помнит их».
Петр III процарствовал лишь полгода и был свергнут с престола своей женой Екатериной II. Новая инструкция о содержании в крепости Иоанна VI Антоновича, написанная новым охранникам, гласила: «Разговоры вам употреблять с арестантом такие, чтоб в нем возбуждать склонность к духовному чину, то есть к монашеству, и что ему имя тогда надо переменить, а называть его будут вместо Григория — Гервасий («копьеносец»), толкуя ему, что житие его Богом уже определено к иночеству. В покое с ним в ночное время ночевать вам обоим. Ежели, паче чаяния, случится, чтоб кто пришел с командой или один, хотя бы то был и комендант или иной какой офицер, без именного за собственноручным Его императорского величества подписанием повеления или без письменного от меня приказа, и хотел арестанта у вас взять, то одного никому не отдавать, а почитать все за подлог и неприятельскую руку. Буде же так оная сильна будет рука, что спастись не можно, то арестанта умертвить, а живого его никому в руки не отдавать. Н. И. Панин».
Охранники, капитан Власьев и поручик Чекин, аккуратно исполняли предписанное им «ежедневное втолковывание» и вскоре сообщили, что арестант согласен быть постриженным в монашеский чин, только отвергает имя Гервасий, а хочет быть Феодосием («Богом данный». — Я. Г.).
Летом 1762 года в России сложилась редчайшая ситуация. В стране находилось сразу три императора: правнук царя Иоанна V Алексеевича — Иоанн VI Антонович в Шлиссельбургской крепости (эту тайну сохранить не смогли, об узнике ходили в народе разные слухи); племянник Елизаветы, внук Петра I — Петр III в Ропше (куда выслала его Екатерина II под арест, там его и умертвили) и провозгласившая себя российской императрицей немецкая принцесса София Ангальт-Цербстская под именем Екатерины II.
Служивший в гарнизоне крепости Шлиссельбург подпоручик Смоленского пехотного полка В. Я. Мирович узнал тайну секретного узника. Увидев, с какой легкостью был свергнут с престола Петр III, задумал он освободить узника и провозгласить его императором. В ночь с 4 на 5 июля 1764 года он приступил к исполнению своего замысла. С помощью поддельных манифестов В. Я. Мирович склонил на свою сторону гарнизонных солдат, арестовал коменданта крепости Бередникова и потребовал выдачи Иоанна. Охрана, приставленная к узнику, поначалу сопротивлялась, но затем сдалась, предварительно по инструкции убив Иоанна.
«Власьев и Чекин напали с обнаженными шпагами на несчастного принца, который проснулся от шума и вскочил с постели. Он защищался от их ударов и, хотя был ранен в руку, сломал одному из них шпагу. Не имея никакого оружия и почти совершенно нагой, он продолжал сильно сопротивляться, пока наконец они его не одолели, ранив во многих местах. Тут наконец он был окончательно умерщвлен одним из офицеров, который проколол его насквозь сзади».
Это убийство задолго до случившегося провидела блаженная Ксения. Когда по Петербургу разнеслась молва о страдальческой кончине Иоанна Антоновича, все поняли, что своим плачем и причитаниями: «Там реки налились кровью, там каналы кровавые, там кровь, кровь!» — блаженная предсказала кончину законного русского императора, принявшего мученический венец. Был он чист перед Богом, потому так и убивалась праведница Ксения.
9 июля 1764 года Екатерина II писала Панину: «Безымянного колодника хоронить по христианской должности в Шлиссельбурге без огласки же»…
Многие современники считали, что Мирович исполнял волю самозваной императрицы. Екатерина II знала об этих слухам и намеренно придавала процессу над Мировичем «полную гласность». Его допрос и весь процесс происходили при участии не только сенаторов, но и президентов, и вице-президентов коллегий, и генералов Петербургской дивизии. Екатерина даже издала манифест с изложением дела и отдельно объяснила смысл этого документа: «Он (манифест. — Н. Г.) был сочинен вовсе не для иностранных государств, а для того, чтобы уведомить Российскую империю о смерти Ивана; надобно было сказать, как он умер, более ста человек были свидетелями его смерти и покушения изменника, не было поэтому возможности ни написать обстоятельного известия, ни сделать этого — значит подтвердить злонамеренные слухи. Шаг был деликатный, я думала, что всего лучше сказать правду».