Вообще говоря, многие народы Средней Азии считали свое новое положение не только терпимым, но и значительно более крепким и спокойным, чем прежнее. Так, например, прежде никто в Средней Азии, двинувшись в дорогу, не был гарантирован не только от грабежа, но и от потери личной свободы: туркменские племена жили преимущественно разбоем и набегами — аламаном, а невольничьи рынки исправно действовали в Хиве, Бухаре и Коканде. После разгрома туркменских племен и организации Закаспийской области вековечная угроза была упразднена. Памирские таджики были вынуждены терпеть гнет и средневековые притеснения со стороны афганцев: присоединение Памира к России, дислокация там русских войск и установление границы по реке Пяндж радикально изменили их жизнь в лучшую сторону.
Тем не менее масштабные преобразования, предпринимаемые в Средней Азии, не могли проходить совсем гладко. Но все же первые серьезные возмущения случились только в 1892 году — более чем через четверть века после начала военной русской экспансии.
В Ташкенте началась эпидемия холеры, возникшая в старой, перенаселенной и неблагоустроенной части города.
Администрация, как ей и было положено, попыталась установить санитарные правила, которые бы препятствовали распространению болезни. В частности, они предусматривали медицинский осмотр тел умерших. Кроме того, из гигиенических соображений были закрыты 12 старых кладбищ в черте города.
Своевременно принятые меры, разумные на взгляд русского человека, были по сути шаблонными карантинными мероприятиями, какие предпринимались повсюду в России при возникновении чумной или холерной эпидемии. Однако в Ташкенте они решительно воспрепятствовали насущному, неукоснительному, коренящемуся в глубинах мусульманского сознания требованию — похоронить умершего в день смерти. Большое число трупов, требующих осмотра, недостаток медперсонала, отдаленность доступных кладбищ — все это задерживало похороны, шло вперекор обычаю, выглядело нарочито кощунственно, исходило от инородцев и в конце концов вызвало крайнее недовольство мусульман.
В результате скоротечного бунта погибло около ста человек. Шестьдесят участников мятежа предстали перед военным судом. Двадцать пять человек были оправданы, восемь приговорены к повешению, остальных приговорили к тюрьме и ссылке. Позже генерал-губернатор барон А. Б. Вревский помиловал осужденных, заменив виселицу тюремным заключением.
На примере ташкентского бунта легко убедиться, как важно было администрации понимать традиции местного населения и не затрагивать основы его привычного существования.
До того времени, когда Средняя Азия, уже как часть России, начала переживать все беды и радости неуклонно приближающейся революции, возмущения здесь происходили считаные разы и вовлекали очень ограниченный круг населения — прежних ханских чиновников и тех, кто был подвержен идеям исламского освобождения.
Первые серьезные события протестного характера были связаны уже с революционной ситуацией 1905 года. Осенью в Ташкенте состоялся многолюдный митинг, в результате разгона которого погибло несколько человек. Беспорядки продолжались около года: рабочие бастовали, солдаты саперных и железнодорожных батальонов отказывались повиноваться командованию. В бунтующих солдат стреляли, были убитые и раненые. Расстрелы не останавливали солдат. Была предпринята попытка захватить Ташкентскую крепость, в которой находились воинские казармы.
Значительным был мятеж в июне 1906 года в Закаспийской области, где из повиновения вышли солдаты стрелкового батальона. Они предъявили своему командованию ультиматум, требуя вернуть из штрафной роты трех товарищей, а также улучшить условия содержания. Мятеж был подавлен, более 500 рядовых были преданы военному суду.
Важно отметить, что коренные жители Средней Азии почти не участвовали в этой «войне кафиров» («войне неверных»). Но эти события не могли оставить их равнодушными. Авторитет русской администрации совсем недавно казался непоколебимым. Однако то, что Россия потерпела поражение в войне с Японией, а Белый царь, чьи войска когда-то легко разгромили армии всех среднеазиатских ханов, с трудом наводит порядок в собственной стране, не могло прибавить ему веса.