Один из ответственных работников Среднеазиатского бюро ЦК РКП(б) писал, что местное население крайне озлоблено политикой Советов в регионе. В частности, волну недовольства вызывают массовые расстрелы мирных жителей, а также разрушения и грабежи кишлаков частями Красной армии. «Обыкновенно в поредевшие ряды басмачей вербовалось пострадавшее от военных действий население из разрушенных нами кишлаков, и мы сами являлись поставщиками этого басмачества».
Другой руководитель был уверен, что одна из причин басмаческого движения состоит в том, что политика террора не носит так называемого «адресного характера», то есть, говоря простым языком, направлена не только против крупных руководителей басмаческих отрядов, но и против мусульман Средней Азии в целом. Фактически этот член Революционного военного совета в 1921 году обвинил руководство Туркестанского фронта в геноциде по отношению к мирным жителям. В одном из докладов он писал: «За три года борьбы с басмачеством сводки доносят об уничтожении до 300 тысяч басмачей (большая цифра как раз падает на первые годы), в то же время басмаческие шайки никогда не превышали 15 тысяч. Следовательно, мы имеем систематическое уничтожение трудового дехканства, а не ликвидацию басмачества».
Расстрелы мирных жителей, грабежи и уничтожение кишлаков осуществлялись не без ведома высшего советского руководства. Так, в письме от 18 октября 1922 года полномочный представитель РСФСР в Бухарской республике Фонштейн писал командующему фронтом Шорину, что если басмаческие отряды в районе Восточной Бухары в ближайшее время не сдадут оружие, следует начать сжигать кишлаки дотла и угонять скот.
Председатель Чрезвычайной тройки ГПУ по Самаркандской области Сергазиев признавал, что части Красной армии при первых же боевых столкновениях с басмаческими отрядами не удержались от соблазна и стали грабить, оскорбляя религиозные и национальные чувства населения, чем способствовали развитию басмачества. С другой стороны, он предлагал создавать концентрационные лагеря и отправлять туда родственников руководителей басмаческих отрядов. Сергазиев также выступал за организацию карательных экспедиций с широкими властными полномочиями, которые, в случае надобности, использовали бы террористические акты для устрашения населения. «По всей Самаркандской области должен быть проведен с участием возможно большего количества красноармейских частей военный террор, не останавливавшийся перед сожжением целых кишлаков, кои будут признаны гнездами басмачей».
К лету 1922 года отношения между органами советской власти и широкими слоями жителей Самаркандской области достигли такой напряженности, что даже этот деятель ГПУ был вынужден выступить за ослабление террора. Он потребовал, чтобы все дела о самочинных расстрелах были немедленно переданы в Революционные военные трибуналы для срочного разбора, а также рекомендовал командованию Самаркандских войск издать указ о недопустимости таких расстрелов в будущем. По его мысли, расстрелы следует использовать в качестве крайней меры по отношению к наиболее опасным руководителям крупнейших басмаческих отрядов. Мелкие курбаши и рядовые джигиты должны были подпадать под амнистию.
Важным элементом политики красного террора в Средней Азии стал институт заложничества, широко использовавшийся во время Гражданской войны по всей России. Придерживаясь партизанской тактики, басмачи уходили от открытых столкновений. Заложничество позволяло советским властям либо вызывать их на открытый бой, либо заставить капитулировать из опасений за жизнь своих близких родственников.
Вот, например, как выглядел один из указов председателя Совета Бухары Ходжаева, захватившего в одном из рейдов 60 заложников из числа близких родственников басмачей: «Если главари в течение 15 дней явятся с повинной, сложат оружие, то будут помилованы, если нет — через 15 дней конфискуется их имущество, если и после этого они будут продолжать активные выступления, заложники будут расстреляны». (Характерно, что, когда в Восточную Бухару приехал известный турецкий политический деятель Энвер-паша, объединивший часть бухарского басмачества, Ходжаев во время секретных переговоров заявил ему о своей поддержке. В начале 20-х годов представители коренного населения, занимавшие даже самые ответственные посты, при первой возможности предавали советскую власть и вступали в сговор с басмачами.)
Показательна судьба некоего курбаши Бахрама. Он заявил о своем желании распустить свой отряд, добровольно сдаться и перейти на сторону советской власти. Командующий штабом Самаркандских войск Снитко не стал брать Бахрама под стражу, предоставив ему право свободного передвижения. Однако через несколько дней Бахрам пропал из расположения части. Чтобы вернуть курбаши Бахрама и реабилитироваться в глазах командования, Снитко захватил заложников из числа его близких родственников, а после того как Бахрам по истечении объявленного срока не вернулся, казнил сразу 12 человек. Каков же был эффект всего мероприятия, когда вскоре выяснилось, что на самом деле Бахрам не сбежал из штаба Самаркандских войск, а был похищен и насильно увезен собственным сотником!..