Записки осажденных, так называемая «Выпись вылазкам», повествуют о многих примерах беззаветного героизма защитников Троице-Сергиевского монастыря. Так, например, крестьянин Никон Шилов взорвал неприятельский подкоп и сам погиб во время взрыва. Крестьянин Данило Селевин проявил исключительную храбрость при захвате вражеских пушек. Когда дрогнули и стали отступать принимавшие участие в очередной вылазке защитники монастыря, крестьянин по прозвищу Суета остановил отступающих, возглавил их и со словами «или умру сегодня или заслужу славу» повел их в атаку.
Мужественное сопротивление защитников Троице-Сергиевского монастыря, 16 месяцев (с сентября 1608 г. по январь 1610 г.) противоборствовавшего польским войскам, сорвало планы интервентов.
Грабежи и насилия со стороны польских шляхтичей, хозяйничавших в стане «тушинского вора», усиливались. Тогда крестьяне, посадские и мелкие служилые люди взялись за оружие.
В городе Юрьевце в Верхнем Поволжье организовал оборону от тушинцев стрелецкий сотник Федор Красный. Упорно и успешно сопротивлялась Устюжна-Железнопольская. Против тушинцев вели борьбу крестьянские отряды Семейки Свистунова, Салкова, Григория Лапши. Крестьяне совершали дерзкие набеги на отдельные отряды польских шляхтичей, нападали на обозы и снова скрывались в лесах. Современник и очевидец этих событий Конрад Бусов писал, что в начале 1609 года «со всех сторон являлись толпы… крестьян, которые немцев и поляков истребляли с неимоверной злобой». Города вступали в переписку между собой, обмениваясь политической информацией, сговариваясь о совместной борьбе с тушинцами.
Начиналась народная война.
Но вооруженного народа боялись не только тушинцы. Его боялся и царь Василий Шуйский. Будучи не в силах справиться с польскими интервентами и опасаясь своего народа, он пошел на переговоры со Швецией, враждовавшей с Польшей. Они завершились в феврале 1609 года заключением договора, согласно которому Шуйский уступал Швеции за военную помощь город Корелу (ныне Приозерск) с прилегающими к нему землями. Весной 1609 года в Новгород вступил 15-тысячный отряд шведов под командованием Якова Делагарди. Князь Скопин-Шуйский, который вел переговоры со шведским королем, двинулся к Москве. Вместе с присоединившимся к нему смоленским и поволжским ополчениями он нанес поражение тушинцам под Тверью, Калязином и у Александровской слободы, снял осаду Троице-Сергиевского монастыря и вступил в Москву.
Тушинский лагерь противника распался. Сам самозванец бежал в Калугу.
Распад Тушинского лагеря, переговоры Василия Шуйского со Швецией ускорили наступление третьего этапа польской интервенции, принявшей совершенно открытый характер. Уже летом 1609 года в Польше начались приготовления к большой войне. На этот раз король и сейм не скрывали своих целей и не прибегали к услугам марионеток. Возводили мосты, чинили дороги, подтягивали к порубежью с Россией войска.
В сентябре 1609 года польские королевские войска двинулись на Смоленск, стоявший на главном пути к Москве. Поход поляков не застал жителей Смоленска врасплох. Они сожгли посады, находившиеся за чертой города, окрестные села и деревни, население которых собралось в городе, и «сели в осаду» за стенами недавно построенного каменного Кремля. Во главе обороны города стал воевода Шеин.
Оборона Смоленска — одна из славных страниц военной истории русского народа. Город почти на два года приковал к себе войска интервентов. Окруженные со всех сторон, не получавшие никакой помощи, страдавшие от голода и цинги, защитники Смоленска проявили исключительную храбрость и стойкость. Весной 1611 года в городе оставалось не более 200 человек, способных сражаться. 3 июня, используя приставные лестницы и проделанные ядрами проломы в стенах, интервенты начали штурм Смоленска. Его улицы покрылись кровью и трупами. Оставшиеся в живых защитники города укрылись в соборе и взорвали порох, хранившийся в его подвале, предпочтя гибель сдаче врагу. Тяжелораненый воевода Шеин был взят в плен.
Героическая оборона Смоленска дала возможность русским людям собрать силы и подготовиться к решающим сражениям.
Поначалу польские интервенты добились успеха. Высланные в июне 1610 года навстречу врагу войска Дмитрия Шуйского потерпели поражение под Клушином. К Москве подошел и «тушинский вор». Василия Шуйского свергли с престола, и во главе правительства стала «Семибоярщина» — семь знатных бояр во главе с князем Федором Мстиславским. Эта боярская дума стала на путь прямой измены. Через Жолкевского она начала переговоры с польским королем Сигизмундом о вступлении на русский престол его сына королевича Владислава. До этого бояре, сидевшие в Тушино вместе с Лжедимитрием II, также отправили под Смоленск посольство к Сигизмунду с приглашением на царствование Владислава. Таким образом, обе враждующие группировки бояр стали выговаривать себе у Сигизмунда пожалования и привилегии за счет народа. Феодальная знать свои социальные привилегии ставила выше независимости страны, национального языка, культуры, обычаев.