Культура айнов — охотничья культура, культура, которая никогда не знала больших поселений, в которой самой крупной социальной единицей была локальная группа. Айны всерьёз полагали, что все задачи, которые ставит перед ними внешний мир, могут быть решены силами одной локальной группы. В айнской культуре человек значил слишком много, чтобы его можно было использовать как винтик, что было характерно для культур, основой которых было земледелие, а в особенности — рисоводство, которое позволяет жить очень большому числу людей на крайне ограниченной территории.
Система управления в Мацумаэ была следующей: самураям клана раздавались прибрежные участки (которые фактически принадлежали айнам), но самураи не умели и не желали заниматься ни рыболовством, ни охотой, поэтому сдавали эти участки в аренду откупщикам. Поэтому все дела вершили откупщики. Они набирали себе помощников: переводчиков и надсмотрщиков. Переводчики и надсмотрщики совершали множество злоупотреблений: жестоко обращались со стариками и детьми, насиловали айнских женщин, ругань в отношении айнов была самым обычным делом. Айны находились фактически на положении рабов. В японской системе «исправления нравов» полное бесправие айнов сочеталось с постоянным унижением их этнического достоинства. Мелочная, доведённая до абсурда регламентация жизни была направлена на то, чтобы парализовать волю айнов. Многие молодые айны изымались из своего традиционного окружения и направлялись японцами на различные работы, например, айны из центральных районов Хоккайдо посылались на работу на морские промыслы Кунашира и Итурупа (которые в то время также были колонизированы японцами), где жили в условиях неестественной скученности, не имея возможности поддерживать традиционный образ жизни.
По сути дела, здесь можно говорить о геноциде айну. Все это привело к новым вооружённым выступлениям: восстанию на Кунашире в 1789. Ход событий был такой: японский промышленник Хидая пытается открыть на тогда ещё независимом айнском Кунашире свои фактории, вождь Кунашира — Тукиноэ не разрешает ему сделать это, захватывает все товары, привезённые японцами, и отправляет японцев обратно в Мацумаэ, в ответ на это японцы объявляют экономические санкции против Кунашира, и после 8 лет блокады Тукиноэ позволяет Хидая открыть несколько факторий на острове, население немедленно попадает в кабалу к японцам, через некоторое время айны под предводительством Тукиноэ и Икитои поднимают восстание против японцев и очень быстро одерживают верх, но несколько японцев спасается, добирается до столицы Мацумаэ и клан Мацумаэ посылает войска для подавления мятежа.
Ассимиляция
После подавления восстания айнов Кунашира и Мэнаси центральное сёгунское правительство прислало комиссию. Чиновники центрального правительства рекомендовали пересмотреть политику в отношении аборигенного населения: отменить жестокие указы, назначить в каждый район врачей, обучить японскому языку, земледелию, постепенно приобщать к японским обычаям. Так началась ассимиляция. Настоящая колонизация Хоккайдо началась лишь после реставрации Мэйдзи, имевшей место в 1868: мужчин заставляли стричь бороды, женщинам запрещали делать татуировку губ, носить традиционную айнскую одежду. Ещё в начале XIX века были введены запреты на проведение айнских ритуалов, в особенности, медвежьего праздника[10].
Стремительно росло число японских колонистов Хоккайдо: так в 1897 на остров переселилилось 64 тысячи 350 человек, в 1898 — 63 тысячи 630, а в 1901 — 50 тысяч 100 человек. в 1903 году население Хоккайдо состояло из 845 тысяч японцев и всего лишь 18 тысяч айну. Начался период самой жестокой японизации хоккайдоских айну[11].
По Симодскому договору 1855 года Сахалин был в общем японско-русском пользовании, а Курильские острова разделены следующим образом: Япония владела грядой Хабомаи, Кунаширом и Итурупом, а Россия — островами от Урупа до Шумушу. И Курильские айны более тяготели к русским, нежели к японцам: многие из них владели русским языком и были православными. Причина подобного положения вещей заключалась в том, что русские колониальные порядки, несмотря на многие злоупотребления сборщиков ясака и вооруженные конфликты, спровоцированные казаками, были куда мягче японских. Айны не вырывались из своей традиционной среды, их не заставляли радикально менять образ жизни, не низводили до положения рабов. Они жили там же, где жили и до прихода русских и занимались теми же самыми занятиями.