В 1875 по Петербургскому договору весь Сахалин был закреплен за Россией, а все Курильские острова переданы Японии.
Северокурильские айны не решились расстаться со своей родиной. И тогда их постигла самая тяжкая участь: японцы перевезли всех Северокурильских айнов на остров Шикотан, отняли у них все орудия лова и лодки, запретили выходить в море без разрешения; вместо этого айны привлекались на различные работы, за которые получали рис, овощи, немного рыбы и сакэ, что абсолютно не соответствовало традиционному рациону Северокурильских айнов, который состоял из мяса морских животных и рыбы. Кроме того, курильские айну оказались на Шикотане в условиях неестественной скученности, в то время как характерной этноэкологической чертой курильских айнов было расселение мелкими группами, причем многие острова оставались вообще незаселенными и использовались айнами как охотничьи угодья щадящего режима. Нужно также учитывать, что на Шикотане жило много японцев.
Очень многие айны умерли в первый же год. Разрушение традиционного уклада Курильских айну привело к тому, что большинство жителей резервации ушли из жизни. Однако об ужасной участи Курильских айнов очень скоро стало известно японской и зарубежной общественности. Резервацию ликвидировали. Уцелевшую горстку — не более 20 человек, больных и обнищавших, — вывезли на Хоккайдо. В 70-е годы имелись данные о 17 курильских айнах, однако, сколько из них являлись выходцами с Шикотана — неясно.
На Сахалине, в то время, когда он был в совместном японско-русском пользовании, айны находились в кабальной зависимости от сезонных японских промышленников, приезжающих на лето. Японцы перегораживали устья крупных нерестовых рек, поэтому рыба просто-напросто не доходила до верховий, и айнам приходилось выходить на берег моря, чтобы добыть хоть какое-то пропитание. Здесь они сразу же попадали в зависимость от японцев. Японцы выдавали айнам снасти и отбирали из улова все самое лучшее, свои собственные снасти айнам иметь запрещалось. С отъездом японцев айны оставались без достаточного запаса рыбы, и к концу зимы у них почти всегда наступал голод. Русская администрация занималась северной частью острова, отдав южную произволу японских промышленников, которые, понимая, что их пребывание на острове будет недолгим, стремились как можно интенсивнее эксплуатировать его природные богатства. После того как по Петербургскому договору Сахалин перешёл в безраздельное владение России, положение айнов несколько улучшилось, однако, нельзя сказать, что устройство на Сахалине каторги способствовало развитию айнской культуры.
После Русско-японской войны, когда южный Сахалин превратился в губернаторство Карафуто, старые японские порядки вернулись вновь. Остров интенсивно заселялся иммигрантами, вскоре пришлое население многократно превысило айнское. В 1914 всех айнов Карафуто собрали в 10 населенных пунктах. Передвижение жителей этих резерваций по острову ограничивалось. Японцы всячески боролись с традиционной культурой, традиционными верованиями айну, пытались заставить айну жить по-японски. Так, например, был запрещен медвежий праздник, в домах айнов наряду с инау появляются буцудан и камидана[источник не указан 300]. Ассимиляционным целям служило и обращение в 1933 всех айнов в японских подданных. Всем присвоили японские фамилии, а молодое поколение в дальнейшем получало и японские имена.
После поражения Японии во второй мировой войне в 1945 году именно как японские подданные айны попали под репатриацию. Остались только около 200 человек.
Современные айну
В настоящее время в Японии проживает около 25 000 айну (200 000 по неофициальным данным). 6 июня 2008 года японский парламент признал айнов самостоятельным национальным меньшинством, что, однако, никак не изменило ситуации и не привело к росту самосознания, потому что все айну полностью ассимилированы и ничем практически не отличаются от японцев, они знают о своей культуре зачастую намного меньше японских антропологов и не стремятся её поддерживать, что объясняется длительной дискриминацией айнов[12]. При этом сама по себе айнская культура полностью поставлена на службу туризму и, по сути дела, представляет собой разновидность театра. Японцы и сами айну культивируют экзотику на потребу туристам. Наиболее яркий пример — бренд «айны и медведи»: на Хоккайдо почти в каждой сувенирной лавке можно встретить маленькие фигурки медвежат, вырезанные из дерева. Вопреки расхожему мнению, у айнов существовало табу на вырезание статуэток медведя, а вышеупомянутое ремесло было, по свидетельству Эмико Онуки-Тирни, привезено японцами из Швейцарии в 1920-е годы и только потом внедрено среди айнов.