Только в середине XV века небольшой группе самураев во главе с Такэда Нобухирō удалось переправиться на Хоккайдо, который тогда назывался Эдзо, (здесь следует отметить, что японцы называли айнов эдзо — 蝦夷 или 夷 — эмиси/эбису, что означало «варвары», «дикари») и основал на южной оконечности острова (на полуострове Осима) первое японское поселение. Такэда Нобухиро считается основателем клана Мацумаэ, который правил островом Хоккайдо до 1798 года, а затем управление перешло в руки центрального правительства. В ходе колонизации острова самураям клана Мацумаэ постоянно приходилось сталкиваться с вооружённым сопротивлением со стороны айнов.
Из наиболее значительных выступлений следует отметить: борьбу айнов под предводительством Косямаина (1457 г.), выступления айнов в 1512–1515 годах, в 1525 г., под предводительством вождя Танасягаси (1529 г.), Тариконны (1536 г.), Мэннаукэи (Хэнаукэ) (1643 г.), и под предводительством Сягусяина (1669 г.), а также множество более мелких выступлений.
Следует, однако, отметить, что эти выступления, в сущности, не были только «айнской борьбой против японцев», а среди повстанцев было немало японцев. Это была не столько борьба айнов против японцев, сколько борьба жителей острова Эдзо за независимость от центрального правительства. Это была борьба за контроль над выгодными торговыми путями: через остров Эдзо проходил торговый путь в Маньчжурию.
Наиболее значимым из всех выступлений было восстание Сягусяина. По многим свидетельствам Сягусяин не принадлежал к айнской аристократии — ниспа, а был просто неким харизматическим лидером. Очевидно, что вначале его поддерживали далеко не все айны. Здесь также следует учитывать, что на протяжении всей войны с японцами айны по большей части действовали отдельными локальными группами и никогда не собирали большие соединения. Путем насилия и принуждения Сягусяину удалось прийти к власти и объединить под своей властью очень многих айнов южных районов Хоккайдо. Вероятно, что по ходу осуществления своих планов Сягусяин перечёркивал некоторые очень важные установления и константы айнской культуры. Можно даже утверждать, что вполне очевидно, что Сягусяин был не традиционным вождем — старейшиной локальной группы, а что он смотрел далеко в будущее и что он понимал, что айнам совершенно необходимо осваивать современные технологии (в широком смысле этого слова), если они хотят и дальше продолжать независимое существование.
В этом плане Сягусяин, пожалуй, был одним из наиболее прогрессивных людей айнской культуры. Первоначально действия Сягусяина были очень удачными. Ему удалось практически полностью уничтожить войска Мацумаэ и выгнать японцев с Хоккайдо. Цаси (укреплённое поселение) Сягусяина находилось в районе современного города Сидзунай на самой высокой точке при впадении реки Сидзунай в Тихий Океан. Однако его восстание было обречено, как все другие, предшествующие и последующие выступления. На наш[источник не указан 1040 дней] взгляд, причина поражения Сягусяина и не только Сягусяина, но и вообще причина поражения айнов в их борьбе с японцами коренится вовсе не в том, что айны были менее искусными воинами, а в том, что основные парадигмы айнской культуры радикальнейшим образом отличались от основных парадигм японской культуры.
Культура айнов — охотничья культура, культура, которая никогда не знала больших поселений, в которой самой крупной социальной единицей была локальная группа. Айны всерьёз полагали, что все задачи, которые ставит перед ними внешний мир, могут быть решены силами одной локальной группы. В айнской культуре человек значил слишком много, чтобы его можно было использовать как винтик, что было характерно для культур, основой которых было земледелие, а в особенности — рисоводство, которое позволяет жить очень большому числу людей на крайне ограниченной территории.