В начале ноября на Дзержинского была возложена ответственность за охрану Смольного института, где размещались ВЦИК, СНК, ВРК и другие важные государственные учреждения. Обследовав состояние охраны, он нашел ее неудовлетворительной и предложил реорганизовать комендатуру, удалив из нее контрреволюционные элементы. В ведение Дзержинского перешла выдача постоянных и временных пропусков в Смольный, проверка служащих учреждений, находившихся на территории института{57}. Он занимался охраной винных складов, реквизицией товаров у спекулянтов, разрешением митингов и собраний, заботился об охране границы республики, об отправке в провинцию оружия и агитационной литературы, снабжении воинских учреждений и частей продовольствием, мануфактурой и топливом, руководил операциями по розыску ценностей, похищенных в Зимнем дворце и многим другим.
21 ноября/4 декабря 1917 г. в составе ВРК по предложению Ф. Э. Дзержинского был создан отдел по борьбе с контрреволюцией в составе пяти человек: Н.А. Скрыпника, И.П. Флеровского, Г.И. Благонравова, А.В. Галкина и В.А. Трифонова{58}.
С обострением политической обстановки возник вопрос о борьбе с саботажем и в последующем его вынесли на решение СНК. В наказе ВЦИК от 17 ноября 1917 г. о взаимоотношениях ВЦИК и СНК, в п. 3 говорилось: «Мероприятия по борьбе с контрреволюцией могут быть проводимы Советом Народных Комиссаров непосредственно, под условием ответственности перед Центральным Исполнительным Комитетом»{59}.
Дзержинский лично занимался расследованием дел, связанных с саботажем. Не все признавали правомочность новой власти и отказывались давать какие-либо показания, как это сделал 24 ноября/7 декабря 1917 г. бывший товарищ министра внутренних дел С. Н. Салтыков, сославшись на то, что «в таких случаях он всегда придерживался такой тактики, как нпр. в 1902 и в 1908 гг. Деятельность его протекала у всех на глазах, и исполнял он в правительстве свои обязанности по поручению партии…»{60}.
С каждым днем обстановка в столице становилась все более сложной. 27 ноября 1918 г., выступая на открытии 2-й Всероссийской конференции ЧК, Дзержинский говорил: «Сама жизнь выдвинула эти организации, и наша задача — придать им систематизированный, планомерный, методический характер. Нам предстоит здесь разрешить ряд организационных вопросов, от разрешения коих зависит успешность нашей борьбы …нам предстоит разрешить вопрос о борьбе со всякими мародерами, взяточниками и контрреволюционерами»{61}.
5/18 декабря 1917 г. Ф. Э. Дзержинский, ссылаясь на донесения лиц, за правдивость которых ручался И.В. Сталин, записал сообщение об отправке белогвардейцев в войска А. М. Каледина: «в Георгиевском батальоне, на Мойке,20, в Придворной капелле и Комитете увечных воинов выдавались записки на получение денег и инструкций для проезда на Дон: солдату 200 руб., офицеру — 2000 руб., юнкеру — 400 руб. из сумм, получаемых от Франции и Англии через петроградские банки. Деньги выдавали штабс-капитан Веревкин (Нижегородская,17), капитан Межинский (угол Каменноостровского и Большого, № 33, кв.7). Косвенно в этом замешан полковник Авринский из Михайловского артиллерийского училища»{62}. Были арестованы штабс-капитаны Н. М. Веревкин и Ф. Д. Межинский. После допроса Дзержинским офицеров отпустили за отсутствием улик.
5/18 декабря 1917 г. была перехвачена телеграмма Малого совета министров бывшего Временного правительства, призывавшая всех чиновников к саботажу во всероссийском масштабе. В тот же день ВРК принял решение о самоликвидации, один из отделов которого вел борьбу с контрреволюцией, в связи с чем вопрос о борьбе с саботажем был вынесен на заседание СНК под председательством Ленина. На заседании заслушали предложение Дзержинского о необходимости упразднить бывшее Петроградское градоначальство, передать все его дела соответствующим ведомствам и образовать специальный орган для охраны порядка в Петрограде. Ликвидация бывшего градоначальства по плану Дзержинского и организацию специального органа для поддержания спокойствия и порядка в Петрограде поручили К. Е. Ворошилову{63}.
6/19 декабря 1917 г. на заседании СНК под председательством В.И. Ленина был заслушан вопрос «О возможности забастовки служащих в правительственных учреждениях во всероссийском масштабе». Советское правительство решило: «Поручить т. Дзержинскому составить особую комиссию для выяснения возможности борьбы с такой забастовкой путем самых энергичных революционных мер, для выяснения способов подавления злостного саботажа.