После взятия Березани для черноморцев настал бесконечный ряд стычек, преследований неприятеля и сражений в рядах русской армии. Между тем как казачья флотилия участвовала в упомянутых сражениях на воде, конные казаки, под начальством Чепеги, избранного на место Белого кошевым атаманом, двигались берегом, вместе с армией Потемкина, по направлению к Днестру и Дунаю, и на всем этом пространстве казакам приходилось неоднократно участвовать в крупных сражениях армии и в самостоятельных мелких стычках с неприятелем. Так, в том же 1788 году казаки принимали участие во взятии приступом русскими войсками сильнейшей крепости Очакова; в следующем 1789 году 18 июня черноморцы сражались под начальством Кутузова у крепости Бендеры; 14 сентября они взяли штурмом вместе с русским отрядом Хаджибей, укрепленный замок, бывший на месте нынешней Одессы; затем отдельные отряды черноморских казаков участвовали при взятии русскими войсками Аккермана и Бендер; в то же время казаки несли разъездную передовую службу, доставляли провиант, были вожатыми в хорошо знакомой им местности, делали рекогносцировки, тревожили неприятеля, захватывали пленных и т. п.
В течение почти целого года, благодаря смерти союзника России австрийского императора и перемирию, заключенному Австрией с Турцией, русские войска не предпринимали ничего решительного, ограничившись удержанием завоеванных пунктов. В это время (в 1790 г.) Императрица Екатерина, в уважение к заслугам казаков и Потемкина, назначила последнего гетманом Черноморских и Екатеринославских казачьих войск. Гетман, выказывая в свою очередь заботливость о нуждах казаков, назначил им под поселения земли между р.р. Бугом и Днестром, в пределах нынешнего Одесского уезда. Казаки, несмотря на военное время, стали деятельно устраиваться на указанных землях. Однако главные казачьи силы все-таки были отвлечены от мирных занятий военной службой. С осени 1790 года Потемкин снова решился повести деятельно войну с турками. Чтобы нанести существенное поражение туркам, решено было взять первоклассную турецкую крепость Измаил. По совету Суворова, первоначально следовало для лучшего обеспечения главной цели овладеть устьями Дуная и взять крепость Килию, охранявшую проход в Дунай. Привести в исполнение этот предварительный план поручено было русской гребной флотилии под начальством генерала де-Рибаса и казачьему отряду на судах под командой Антона Головатого. Поручение было исполнено, Килия и два сильно укрепленных замка Тульча и Исакча были взяты русскими войсками и казаками. Тогда Потемкин приказал де-Рибасу истребить турецкий флот, стоявший на Дунае под стенами Измаила. После предварительных подготовлений с устроенных батарей и с обеих флотилий – русской и казачьей, 20 ноября была открыта усиленная канонада по Измаилу. С одной стороны подвели свои баркасы к турецкому флоту русские моряки, а с другой повел атаку на казачьих судах Антон Головатый, нанесший туркам сильнейшее поражение, потопивши и сжегши до 90 судов. Истребление турецкого флота было произведено 20 ноября, а 11 декабря Суворов взял приступом Измаил, причем казаки были в числе самых деятельных виновников этой победы и потеряли 160 человек убитыми и 345 человек ранеными, количество по тогдашнему времени и по малому составу казачьих войск очень значительное. Наконец, в 1791 году черноморские казаки под начальством своего кошевого атамана Харька Чепеги, нанесли два сильных поражения отдельным частям турецкой армии под Бабадагом, именно: турецкой коннице и войскам татарского хана. Разбитием турок под Мачином русскими войсками черноморцы закончили свое боевое участие в этой войне. В то же время Россия заключила мир с Турцией.