Но упомянутое сечевое устройство Черноморского казачества существовало без изменений только до 1801 года, когда войску была дана новая грамота императором Павлом, значительно изменившая прежнее казачье устройство и изгнавшая из употребления даже некоторые названия лиц и учреждений, заимствованных черноморцами из Запорожской Сечи. Напрасно раньше, в 1797 году, кошевой атаман Т. Т. Котляревский хлопотал о том, чтобы дозволено было войсковое правительство «именовать по-прежнему Кошем войска верных черноморских казаков» и заботился о пожаловании войску «бунчука и трости войсковой, поелику сии привилегии были в войске Запорожском жалованными». Атаман, видимо, желал удержать хотя бы одни внешние черты старого сечевого устройства, чтобы по крайней мере они напоминали молодому казачеству о былой автономии его дедов и отцов. Но центральное правительство в свою очередь неизменно шло по раз намеченному пути. В силу упомянутой грамоты, вместо «войскового правительства» была учреждена «войсковая канцелярия», в которой должны были присутствовать от войска атаман и два члена, а от правительства «особа», по назначению от него; при канцелярии же должен был состоять правительственный прокурор. В деловом отношении, согласно с образцами тогдашнего бюрократизма, канцелярия была разделена на шесть «экспедиций» – криминальную, гражданскую, казенную, межевую, полицейскую и сыскную. В следующем за тем году указом императора Павла от 13 ноября, войско было разделено в военном отношении на 20 полков.
В царствование Александра I указом от 25 февраля 1802 года вновь положено было учредить «войсковое правительство с таким же числом присутствующих, как и в Донском войске», а в войсковой канцелярии Донского войска, в силу того же указа, повелено было присутствовать войсковому атаману, двум непременным членам и четырем асессорам, причем учрежденные при Павле экспедиции, за исключением полицейской, положено было совсем уничтожить. По воинским делам Черноморию приказано было подчинить инспектору крымской инспекции, а по части гражданской – таврическому губернскому начальству и «особенно управляющему губернией». Затем участие в войсковом правительстве «особого генерала» также решено было отменить, оставив лишь прокурора. Таким образом, благодаря этому узаконению, был сделан как бы шаг назад к прежнему казачьему устройству. Но вместе с тем деление войска на 20 полков в военном отношении осталось в своей силе.
По словам И. Д. Попко, старые казаки резко отличали то устройство казачества, какое последним было получено в силу узаконений Павла и Александра I, от прежнего, выраженного письменно в «Порядке общественной пользы», обозначая его в своих воспоминаниях лаконически: «до полков». И на самом деле в этом отношении замечалась видимая разница, хотя разница эта началась раньше деления войска на полки. Так, первые три кошевые атамана – Белый, Чепега и Головатый, были еще избраны казачеством по старинному обычаю на войсковой раде и только утверждены правительством; четвертый затем атаман Котляревский был уже прямо назначен правительством, без всякого выбора, и с этих пор войсковые атаманы назначились правительством из среды казаков до 1855 года, с которого назначение войсковых атаманов стало производиться исключительно из лиц не казачьего происхождения. Грамотой императора Павла были совсем уничтожены звания войскового судьи и войскового писаря. Деление на полки, ослабив отчасти у казаков право собственных военных распорядков, наложило на войско узы внешней, сторонней регламентации. Назначение в войсковую канцелярию доверенных от центрального правительства лиц, помимо выраженного самим фактом войску недоверия, связывало казачью администрацию в области самостоятельных ее действий и начинаний. Одним словом, последними правительственными распоряжениями окончательно были стерты следы собственно войскового казачьего самоуправления. От Запорожской Сечи осталось одно куренное, общинное, в тесном смысле, самоуправление.