Приступая к этой миссии по раскапыванию (или разворачиванию) предметов прошлого, Феноллоза руководствовался другой западной идеей - не трудами Дарвина и Спенсера, которые он должен был преподавать, а новой наукой прошлого. С этой целью он помог создать Токийскую школу изящных искусств и Токийский императорский музей, тем самым привнеся в Японию эти учреждения XIX века с их особым подходом к прошлому. Движимый аналогичным порывом, он составил реестр национальных сокровищ, разыскивая работы в монастырях и на чердаках, а корейский Будда вдохновил его на поиски новых подобных объектов. Он помог разработать закон о сохранении храмов и произведений искусства. Император Японии, возможно, в знак признания этой новой науки о прошлом, похвалил Феноллозу (согласно собственному рассказу Феноллозы): "Вы научили мой народ познавать свое собственное искусство. Возвращаясь в свою страну, я поручаю вам научить их также".
Но что случилось со всеми картинами и предметами, которые Феноллоза привез домой, вернее, почему они постоянно прибывали, а затем снова уезжали, как вспоминала его дочь? Использовал ли Феноллоза свой дом в качестве склада для будущего художественного музея в Токио? К сожалению, нет. Феноллоза воспользовался временной девальвацией японского искусства для создания собственной коллекции, которую затем продал богатому коллекционеру из Бостона. Коллекция Феноллозы-Вельда, все 948 экспонатов, теперь составляет основу восточноазиатского фонда Бостонского музея изящных искусств. (Другие предметы были проданы в Нью-Йорк.) Таким образом, положение Феноллозы было весьма двусмысленным: днем он был частью притока иностранных идей, которые привели к обесцениванию традиционного японского искусства; ночью он наживался на этом обесценивании, покупая дешево и продавая дорого, хотя он искренне заботился о сохранении, строил музеи и стремился повысить статус японского искусства, применяя к нему новую науку о прошлом, и был уважаем в Японии за свои усилия.
После возвращения из Японии Феноллоза стал куратором отдела восточного искусства в Бостонском музее изящных искусств. Он был уволен после развода (в то время еще скандального). До конца жизни он курировал выставки, читал лекции, перемещался между Японией и Западом и написал всеобъемлющую историю китайского и японского искусства, которая представила этот предмет западной аудитории с беспрецедентной проницательностью и утонченностью. Феноллоза не отвергал такие популярные работы, как "Большая волна" Хокусая - напротив, он включил картину художника в экспозицию, посвященную многоцветной печати, - но он убедился, что это единственное изображение не доминирует и не определяет японское искусство. Если угодно, он установил истину, показав, насколько необычной и отличной от традиций изобразительного искусства Японии была ксилография горы Фудзи.
Все посредники - неоднозначные фигуры. Феноллоза отправился в Азию в рамках модернизационного вторжения, но при этом глубоко погрузился в ее историю. Он покупал и экспортировал сокровища японского искусства и в то же время помогал Японии создавать институты для сохранения собственного наследия в соответствии с западными представлениями XIX века о том, как следует относиться к прошлому. Он обнаружил сокровища, но иногда вопреки сопротивлению их владельцев, которые предпочли бы, чтобы эти сокровища оставались в их святилищах. Он рассказывал японцам о западных деятелях, таких как Спенсер, а затем провел большую часть своей жизни, обучая западную аудиторию истории азиатского искусства. Феноллоза занимался практически всеми видами деятельности, связанными с прошлым во всей их двойственности: он раскапывал произведения прошлого и приобретал их при сомнительных исторических обстоятельствах; он продавал и выставлял свои приобретения; он изучал их с преданностью и тщательностью. Работа всей его жизни демонстрирует все, что достойно восхищения и порицания в этой деятельности.
Феноллоза, переводчик, сыграл еще одну роль - точнее, сыграла его вторая жена. Когда Феноллоза умер в 1908 году, он оставил после себя множество неопубликованных заметок, переводов, наблюдений, лекций и рукописей книг. Что должна была делать с ними Мэри Макнил Феноллоза? Она занималась собственной писательской карьерой, опубликовав под псевдонимом Сидни МакКолл несколько романов, действие которых происходит в Японии. Будучи писательницей, разбирающейся в азиатском искусстве, она подумала, что может попытаться завершить некоторые из незавершенных работ своего покойного мужа. Первым проектом, за который она взялась, был самый большой, его незаконченная многотомная попытка предложить большую историю азиатского искусства. Потратив огромное количество времени и усилий, Мэри Макнил Феноллоза сумела завершить эту работу и даже вернулась в Японию, чтобы проверить фактические детали, прежде чем опубликовать ее с собственным предисловием в 1912 году. Сочетая в себе всемирную историю, частично вдохновленную Гегелем, и подробное обсуждение эстетики, эта работа быстро стала стандартным введением в азиатское искусство и остается таковым по сей день.