В то же время Екатерина разделяла старообрядцев на «хороших» и «плохих» в зависимости от их готовности к компромиссу. Она надеялась, что при помощи кнута и пряника удастся сделать то, чего не удалось добиться одним только кнутом: присоединить старообрядцев к господствующей церкви. Эту мысль она выразила в манифесте от 3 марта 1764 г., которым освободила старообрядцев от двойного налога. В то же время в манифесте были предусмотрены не только «кроткие» меры: «С потаенными же раскольниками поступать по всей строгости законов». Под «потаенными» имелись в виду те, кто отказывался иметь какое-либо общение с господствующей церковью, в то время как были и другие, которые готовы были идти в новообрядческий храм, лишь бы им разрешали креститься двуперстно. Этих последних манифест даже повелевал «не считать раскольниками».
Особое значение в истории старообрядчества приобрел манифест императрицы от 4 декабря 1762 г. о свободном возвращении «беглецов» на родину, в котором объявлялась «амнистия» за все прежние дела. Этим манифестом она открыла путь на родину огромной массе русских людей, бежавших за рубеж от преследования за религиозные убеждения. В манифесте говорилось: «Ея Императорского Величества указом всем живущим за границей российским раскольникам объявить, что им позволяется выходить и селиться особыми слободами не только в Сибири, на Барабинской степи и других порожних и отдаленных местах, но и в Воронежской, Белгородской и Казанской губерниях на порожних и выгодных землях, где полезнее можно быть». Всего для этой цели правительством было отведено 70 000 десятин земли. С этого времени начинается открытое заселение Поволжья и Иргиза старообрядцами.
Затем последовали и другие указы о льготах. Эти льготы и послабления были вызваны не одними экономическими причинами – в то время в Россию проникли новые веяния с Запада. Там под влиянием новой философии уже давно прекратились гонения на веру. С другой стороны, на правительство подействовали и события внутри страны – крестьянское восстание под предводительством Емельяна Пугачева (1773—1775). Пугачев, живший одно время среди старообрядцев в ветковских и стародубских слободах и сам являвшийся старообрядцем, в своих манифестах жаловал народ не только землей, но и «крестом и бородою», то есть свободой старой веры.
Именно в царствование Екатерины II были основаны два знаменитых духовных центра старообрядчества в Москве – Преображенское и Рогожское кладбища (1771), «на долгое время становящиеся митрополиями, получающие значение двух кремлей, объединяющих огромные массы старообрядцев»[16]. Один из этих кремлей – Рогожское кладбище – стал культурным и экономическим оплотом поповской половины старообрядчества. Другой кремль – Преображенское кладбище – превратился в культурный, экономический и религиозный оплот беспоповской половины старообрядчества.
Сменивший Екатерину II на императорском престоле Павел I (правил с 1796 по 1801) во многом продолжал внутреннюю политику своей матери, однако его действия порой отличались непредсказуемостью. При нем была введена строжайшая цензура, закрыты частные типографии, запрещен ввоз иностранных книг. Придерживаясь учения господствующей церкви, император, тем не менее, показал себя весьма либеральным в религиозных вопросах. Указом от 12 марта 1798 г. старообрядцам было разрешено строить церкви во всех епархиях, а 27 октября 1800 г. по соглашению с московским митрополитом это решение было распространено и на старую столицу. В царствование Павла I указом от 18 марта 1798 г. фактически была объявлена свобода вероисповедания. В то же время, за какое-то незначительное нарушение правил Павел I приказал полностью срыть все строения на Преображенском кладбище, и лишь его смерть помешала осуществить этот приказ.