Наступает печальной памяти 1937 год. В стране начинаются массовые репрессии, в том числе и в среде писателей. Как вел себя в то время Фадеев? По свидетельству очевидцев, он пытался спасти некоторых своих коллег по перу от ареста, но ему это не удалось. К примеру, он публично поклялся своим партийным билетом, что Юрий Либединский — честный коммунист, но с его мнением не посчитались (Либединского исключили из партии). Фадеев выступил в защиту венгерского коммуниста Антала Гидаша, но вновь неудача — того посадили. Отмечу, что в мясорубке сталинских репрессий погибли многие из друзей и соратников Фадеева по Гражданской войне, в том числе Гриша Билибенко, Петя Нерезов (двое из четырех «мушкетеров»), Паша Цой, арестовали и командира партизанского отряда, в котором сражался Фадеев, Иосифа Певзнера, послужившего прообразом Левинсона в «Разгроме».
В конце 1938 года произошла следующая история. Тогда арестовали известного публициста Михаила Кольцова. Фадеев на правах секретаря Союза писателей стал активно дознаваться, на каком основании арестовали честного человека. Когда об этом стало известно Сталину, он вызвал Фадеева к себе.
— Значит, вы не доверяете нашим органам НКВД, если ставите под сомнение арест Кольцова? — спросил Сталин Фадеева.
— Я просто хочу разобраться, Иосиф Виссарионович, — стоя навытяжку перед генсеком, отвечал Фадеев. — Я знаю Михаила Кольцова много лет, и у меня ни разу не возникало мысли, что он может быть врагом народа.
— Не стоит слишком доверяться своим чувствам, товарищ Фадеев. Ознакомьтесь лучше вот с этим, — и Сталин протянул гостю серую папку с личными признаниями Кольцова.
Это теперь мы знаем, каким образом добывалось большинство из этих «признаний», а тогда это была тайна за семью печатями. Поэтому Фадеев, ознакомившись с показаниями арестованного, поверил в их правдивость. А может быть, сделал вид, что поверил. Кольцова расстреляли.
Могли посадить и самого Фадеева. Известны несколько случаев, когда на него писались доносы, в которых подробно вскрывались факты его дружбы и сотрудничества с бывшими рапповцами, а ныне «врагами народа» Л. Авербахом, В. Киршоном (в 1937–1938 годах их расстреляли) и другими. Но ни один из этих доносов не нашел должной реакции со стороны НКВД. Более того, один из доносчиков — писатель Леонид Соловьев (автор книги «Повесть о Ходже Насреддине») — сам был арестован и отправлен в ГУЛАГ. Почему же Фадеева пощадили? На этот счет существует несколько версий, но самая правдоподобная из них — его не дал посадить сам Сталин, которому он очень нравился. За что? Видимо, за преданность. Позднее И. Эренбург так отзовется о Фадееве: «Он был смелым, но дисциплинированным солдатом, он никогда не забывал о прерогативах Главнокомандующего». Любопытно еще одно признание. Первая жена Фадеева, Валерия Герасимова, Сталина ненавидела и еще в 30-е годы считала истинным виновником творившегося произвола (многие ведь думали, что он ничего не знает). В те годы она встретилась с Фадеевым и, к своему изумлению, узнала, что он совершенно искренне любит Сталина.
Именно Сталин в 1938 году предложил отныне именовать руководителя Союза писателей СССР генеральным секретарем и повелел избрать на этот пост именно Фадеева. Год спустя Фадеева избрали и членом Центрального Комитета партии. В декабре того же года писатель удостоился огромной чести — Сталин пригласил его на свое 60-летие, которое справлялось в узком кругу соратников.
Об одном из интересных случаев, произошедших в том же году, рассказывает первая жена Фадеева В. Герасимова:
«Когда в 1939 году группу писателей представляли, по рекомендации руководства СП, к орденам, докладывал Сталину Фадеев… Лишь много позднее я узнала от Саши, что, когда при чтении списка представленных к награждению черед дошел до меня, Сталин, глядя на него так, как, очевидно, он в нужные моменты умел глядеть, спросил: «А что, товарищ Фадеев, представляет собой эта Герасимова?» Было поразительно, невероятно, что ОН мог даже поинтересоваться мной. Но вопрос был зловещим. Саша никогда не говорил мне, как мужественно и благородно поступил он под этим взглядом, рискуя многим. Но П. Павленко, игравший в ту пору видную роль в Союзе писателей и присутствовавший на этом заседании, рассказал мне, что Саша, весь, правда, при этом покраснев (такая была у него особенность!), твердо ответил, что это «одаренный писатель». И еще что-то, опровергающее возможную клевету. Сталин, не спуская с него глаз, выждал паузу… И Саша ее выдержал…»