Советский историк Даниил Натанович Альшиц, стоявший на марксистских позициях, жестко критиковал источниковедческую базу карамзинской «Истории»: «Число источников объективных — актового и другого документального материала — долгое время было крайне скудным. В результате источники тенденциозные, порожденные ожесточенной политической борьбой второй половины XVI века, записки иностранцев — авторов политических памфлетов, изображавших Московское государство в самых мрачных красках, порой явно клеветнически, оказывали на историографию этой эпохи большое влияние… Историкам прошлых поколений приходилось довольствоваться весьма путаными и скудными сведениями. Это в значительной мере определяло возможность, а порой и создавало необходимость соединять разрозненные факты, сообщаемые источниками, в основном умозрительными связями, выстраивать отдельные факты в причинно-следственные ряды целиком гипотетического характера. В этих условиях и возникал подход к изучаемым проблемам, который можно кратко охарактеризовать как примат концепции над фактом».
На протяжении двух столетий не затихает полемика с последователями Карамзина, которых, к сожалению, достаточно и среди церковных, и среди светских историков: митрополит Макарий (Булгаков), А.П. Добро-клонский, А.В. Карташев, М.М. Щербатов, М.П. Погодин, Н.Г. Устрялов, Н.И. Костомаров, Д. И. Иловайский, С.М. Соловьев, В.О. Ключевский, С.Ф. Платонов, С.Б. Веселовский. Из советских историков — противников царя Иоанна можно назвать известного (и весьма компетентного) ученого Р.Г. Скрынникова, Зимина и Хорошкевич, Кобрина, С.О. Шмидта. По форме объективную, но, по сути, антицарскую позицию занимает в своих книгах Б.Н. Флоря. Все они, так или иначе, склоняются к негативной оценке личности царя Иоанна Грозного.
С другой стороны, и тех ученых, которые противостояли огульному очернительству державной политики Иоанна Грозного, было немало. В той или иной мере к таковым можно отнести Н.С. Арцыбашева, И.Е. Забелина, Е.Е. Голубинского, К.Д. Кавелина, К.Н. Бестужева-Рюмина, М.Е. Салтыкова-Щедрина, Л.А. Мей, А.И. Сумба-това, Р.Ю. Виппера. В сталинский период благодаря личным симпатиям Иосифа Виссарионовича к царю Иоанну появилась возможность публиковать объективные исторические работы о Грозном. В частности, можно отметить труды историков С.В. Бахрушина и И.И. Смирнова.
Однако после начала хрущевской «оттепели» правда о царе Иоанне вновь оказалась под запретом. И только после 1991 г. стало возможным открыто заявлять по спорному вопросу точку зрения, отличную от официозной. Сегодня, как уже говорилось, вокруг наследия царя Иоанна IV идет ожесточенная борьба.
Показательным примером ее можно назвать попытку (2005 г.) установить памятник царю Иоанну в г. Любим Ярославской области. Местная администрация согласилась оплатить расходы по проектированию и установке монумента, а за его создание взялся сам Зураб Церетели. Идею установки памятника поддержали и жители города.
Однако решительный протест по этому поводу высказала Ярославская епархия РПЦ МП и лично архиепископ Ярославский и Ростовский Кирилл, который в своем послании губернатору, областному прокурору и главному федеральному инспектору потребовал не устанавливать памятник царю Иоанну IV. Причиной стал абсолютно надуманный предлог, будто установление памятника Грозному приведет «к самым непредсказуемым последствиям, ухудшит криминогенную ситуацию в районе» и может стать «дестабилизирующим фактором».
Такая позиция высокопоставленного церковного иерарха удивительна только для тех, кто «не в теме». Среди многих архиереев РПЦ царят антимонархические настроения, популярные еще со времен февральской (1917 г.) революции, когда почти все представители православного священноначалия приветствовали «новую жизнь» без царя, ожидая некой свободы. Урок послереволюционных гонений явно не пошел им впрок, и они по-прежнему видят главную для себя опасность не в гонениях от безбожной власти, а в по-отечески строгой руке помазанника Божия. Можно назвать, например, митрополита Крутицкого и Коломенского Ювеналия, председателя Синодальной комиссии по канонизации, который выступил на Архиерейском Соборе РПЦ МП (октябрь 2004 г.) с развернутой, но беспомощной критикой сторонников державной политики Иоанна Грозного.