Стремясь предотвратить перерастание раздоров между Писарро и Альмарго в гражданскую войну между завоевателями, Карл V согласился удовлетворить претензии последнего на важный титул «аделантадо», т. е. верховного правителя новой территории, и на предоставление ему такой новой территории под названием Новое Толедо, которая должна была простираться к югу от земель под управлением Писарро вплоть до конца всего континента. Такое неопределённое разграничение не могло быть тогда более точным, поскольку никому не было известно, где именно кончалась территория Писарро и где начинались владения Альмарго. Другими словами, конфликт между бывшими партнёрами удалось смягчить, но не устранить.
Ссылаясь на решение короля, каждый из соперников теперь выдвинул претензии на главный приз империи инков — её столицу город Куско. Более хитрый Франсиско Писарро уговорил более доверчивого Альмарго оставить на время спор из-за Куско и отправиться на завоевание его новых неизвестных территорий, выделенных ему Карлом V. После нескольких месяцев труднейших переходов через Анды, хотя этот путь проходил по проложенной королевской дороге инков, хорошо вооружённый отряд Альмарго в сопровождении массы индейцев достиг южной оконечности владений перуанских императоров в суровой пустыне на побережье Тихого, или, как его тогда называли, Южного океана.
Дальше на юг простирались бесконечные земли племён арауканос — самых физически крупных и бесстрашных индейцев Американского континента. Даже прекрасно подготовленные и хорошо вооружённые воины инков, покорившие многие народы, отказывались воевать со своими южными соседями. Все попытки испанцев продвинуться дальше здесь столкнулись с совершено непреодолимым сопротивлением со стороны арауканос. Некоторое время конкистадорам не удавалось даже взять кого-либо из арауканос в плен, поскольку эти отважные воины предпочитали самим лишать себя жизни, нежели сдаваться живыми в плен. Но однажды ночью испанцы смогли захватить нескольких спавших арауканос и доставить их в свой лагерь. Под страшными пытками пришельцы заставили пленных признаться в том, что именно их племена так самоотверженно защищали. Их ответом было «Чили», что на языке арауканос означало «край Земли». На этот раз испанцам не удалось прорвать оборону бесстрашных арауканос, и изможденный голодом пустыни и холодом Анд отряд Альмарго был вынужден вернуться назад во владения братьев Писарро. Возвратясь из тяжелейшего похода с пустыми руками, эти воины во главе со своим командиром считали себя обманутыми и жаждали мести. В начавшейся между конкистадорами гражданской войне вокруг Куско группировка Альмарго получила название «людей из Чили», или «чилийцев», а та земля, которую испанцам после длительной и кровавой войны в итоге удалось захватить у арауканос, так и сохранила за собой это арауканское название.
После гибели Диего Альмарго в междоусобной войне Франсиско Писарро передал право на завоевание Чили Педро де Вальдивиа, который вступил в эти земли в 1540 году, где через год основал форт Сантьяго, но вынужден был остановиться в своём продвижении на юг перед лицом ожесточённого сопротивления арауканос на рубеже реки Био-Био. В течение десяти последующих лет Вальдивиа даже не решался продолжить свои завоевания, и лишь после 1550 года ему с большим трудом и ценой немалых потерь удалось основать несколько изолированных фортов, в том числе и Консепсьон. Но уже в 1553 году непокорные арауканцы во главе со своим талантливым военным вождём Лаутаром снова поднялись против испанцев. Эта война была очень подробно и поэтично описана в большом классическом произведении испанской литературы эпохи Ренессанса «Лраукапа», автор которого Хуан дель Энсина, хотя и был её непосредственным участником на стороне завоевателей, со всей силой своего огромного таланта воспел в стихах благородство и бесстрашие арауканос.