Однако Никифор не видел за собой никакой вины и потому спокойно явился на сейм 10 марта 1597. Но католики нашли зацепку для того, чтобы привлечь Никифора к суду и погубить его. Повод к судебному преследованию экзарха дали следующие обстоятельства.
Некий слуга Константина Острожского — Ян Волошанин — был отправлен князем в Валахию для покупки турецких коней. В имении польского гетмана Яна Замойского Шаргороде посланец Острожского, будучи пьяным, обронил свою сумку, в которой оказались четыре написанных по-гречески письма некоего монаха к своим родным и знакомым, проживавшим в Османской империи. Письма доставили Замойскому, которого весьма заинтересовало содержание писем. В одном из них говорилось: «Хищные волки, то есть псы ляхи, принуждают наших христиан на свою папежскую веру и бьются между собой, уже их до двадцати тысяч полегло». В ином письме грек отмечал: «Але наш цесарь, Бог дай, был здоров, если бы он хоте на Польшу, теперь бы самое время».
Гетман Замойский, несмотря на то, что Никифор когда-то спас ему жизнь, проявил по отношению к нему черную неблагодарность. Симпатизируя делу Брестской унии, Замойский, к тому же находившийся в личной вражде с Острожским, решает использовать анонимные письма как повод для репрессий против Никифора, объявленного без всяких на то оснований автором этих посланий.
С помощью обвинений экзарха в шпионаже в пользу Турции можно было представить перед королем в весьма невыгодном свете и самого князя Константина.
Св. Никифор прибыл в Варшаву, где начались судебные слушания. Экзарх и его защитники на суде категорически отвергли обвинение в шпионаже. Тогда Никифору были предъявлены еще более обширные обвинения, изложенные по пунктам. К шпионажу в пользу турок добавили нелепые, но крайне опасные обвинения в убийстве, чернокнижии и даже прелюбодеянии с матерью султана. Впрочем, все это выглядело столь неубедительно, что было очевидно: никаких серьезных улик против Никифора у короля нет.
Экзарх подробнейшим образом рассмотрел все пункты возводимых на него обвинений и дал на них опровержение. Судьи так и не смогли найти в действиях Никифора ничего, за что его можно было бы привлечь к ответственности. После триумфальной речи Никифора в свою защиту участники судебных слушаний покинули зал заседаний и собрались в помещении, где ожидал исхода королевского суда и князь Острожский. Сюда же вышел король Сигизмунд III. И тогда у старого князя, очевидно, произошел нервный срыв, причиной которого стали все пережитые православными горести и жестокое унижение, которому Острожский подвергся лично во время суда над св. Никифором.
Князь Константин в своей гневной речи обрушился на короля-утеснителя православных, «отца Брестской унии». Но, к сожалению, чувство оскорбленного самолюбия магната в душе Острожского затмило все. Взорвавшись яростной речью, обращенной против короля, Острожский в приступе гнева произнес слова, которые по сути обрекали Никифора на смерть: «Оставляю вам эту духовную особу, а крови его на Страшном суде Божием искать буду».
Князь покинул королевский дворец. Сигизмунд послал за Острожским вдогонку его зятя — виленского воеводу Радзивилла — с приказом во что бы то ни стало вернуть разъяренного старца. Радзивилл от имени короля даже обещал Острожскому, что Никифор будет освобожден. Но в запале из уст князя Константина вырвалось: «Пусть себе и Никифора съест». Вслед за этим Острожский выехал из Варшавы в свои владения.
Теперь защитники унии могли бессрочно держать Никифора в заточении, не смущаясь отсутствием доказательств его вины — бунт Острожского против Сигизмунда и его фактический отказ от защиты Никифора давали королю и судьям-католикам возможность действовать без оглядки на могущественного православного магната. Теперь, чтобы тихо и без огласки погубить Никифора, достаточно было лишь объявить, что его будут содержать под стражей до тех пор, пока не будут найдены новые улики.
Вскоре Никифора перевели в одну из самых надежных тюрем Польши — бывший замок Тевтонского Ордена в Мариенбурге (ныне — Мальборк): бежать отсюда шансов практически не было. В крупнейшем памятнике духовной литературы Западной Руси времени Брестской унии — «Перестороге» — говорится о его гибели в заточении: «А так з сейму ни з чим ся розъехали, а Никифора за вязня в невинности до Мальборку отослали и скилько лет у вязенью держали, наконец аж уморили голодом».
Весьма красноречиво о заслугах священномученика Никифора перед Православной Церковью свидетельствует та ненависть, которую питали к нему приверженцы униатства. Показательно в этом плане письмо одного из епов, низложенных Никифором на православном Соборе в Бресте, — Ипатия Поцея, который писал в 1605 к литовскому канцлеру Льву Сапеге о том, как он был лишен сана «изменником Никифором, издохшим в Мальборке». Этот документ также подтверждает факт мученичества св. Экзарха Никифора, уморенного поляками в тюрьме. О мученической кончине архидиакона Никифора свидетельствует и запись в рукописном сборнике XVII в., сообщающая о его смерти»… у Мальборку року 159?».
Подвиг стояния в православной вере вплоть до мученичества, явленный священномучеником Никифором, поразительным образом находит близкие параллели в житиях ряда других святых Православной Церкви, близких ему по времени.
Подобно преп. Максиму Греку архидиакон Никифор, также получивший в ренессансной Италии блестящее образование, отвергает соблазн католицизма и секулярной по духу западно-европейской культуры, а затем полагает все свои силы и дарования на служение Православной Церкви Руси.
Подобно святителю Марку Ефесскому протосингел Никифор своими решительными и мужественными действиями сорвал происки униатов и свел на нет сговор, затеянный в Бресте изменниками Православия.
И наконец, подобно священномученику Ермогену, пху Московскому и всея Руси, св. экзарх Никифор явил во образ Христов пример исключительного самопожертвования, засвидетельствованный мученическим подвигом.
Причем, поразительным образом совпадают даже обстоятельства мученичества обоих ревнителей Православия — и Экзарх Никифор, и Пх Ермоген католиками-поляками были уморены голодом в заточении. Поэтому православные имели все основания почитать Никифора как первомученика Брестской унии.
Его местная канонизация была совершена Мтом Киевским и всея Украины Владимиром (Сабоданом) во Львове в ноябре 2001 по благословению Пха КПлского Варфоломея и Пха Московского и всея Руси Алексия.
После утверждения определений униатского собора в Бресте Сигизмундом III королевские власти начали открытое гонение на православных как противящихся воле польско-литовского монарха.
Магистраты городов Речи Посполитой, в которых доминировали католики, ввели дискриминационные меры против не принявших унии: их не только не допускали к должностям в городском самоуправлении, но даже чинили препятствия в занятиях торговлей и ремеслами.
Еще хуже было положение крепостных крестьян, принадлежавших панам-католикам или униатам. Их, как и приходских священников церквей, расположенных на господской земле, в приказном порядке обязывали принять унию.
Не признавших унию священнослужителей изгоняли и заменяли униатами. Нередко православные храмы передавались католиками-помещиками в аренду иудеям, которые взимали плату за совершение богослужений и треб, а в случае неуплаты денег могли присвоить церковное имущество, в том числе — богослужебные предметы и облачения.
Это вызывало возмущение верующих и становилось почвой для роста антисемитских настроений в Западной Руси. Впоследствии в годы Казацких войн XVII в. гнев на евреев-арендаторов выплеснется в многочисленные погромы иудеев, которые вплоть до ХХ века, будут временами вспыхивать на Украине как следствие долгой исторической памяти.
Православные верующие активно протестовали против Брестского беззакония и решительно защищали православную веру.
Одним их важнейших средств борьбы с навязываемым народу Западной Руси униатством стала литературная полемика, которая завязалась между православными и католиками вскоре после заключения Брестской унии.
Начало ей было положено памфлетом Петра Скарги, который в своей книге тщился доказать, что православный Брестский Собор 1596 был незаконным. Такое утверждение основывалось на искаженных экклезиологических принципах католической церкви. С точки зрения католицизма, участие мирян в решении принципиальных вопросов бытия Церкви абсолютно невозможно: это дело иерархии, т. н. «церкви учащей». Поэтому, по мысли Скарги, уния является законной и с необходимостью должна быть принята народом, если большинство епата во главе с мтом вошли в общение с папским Римом.