Поборники униатства, сознательно уводя полемику в сторону от догматической проблематики, лукаво заявляли, что уния ничего не изменила в Православной Церкви Западной Руси, ибо полностью сохранила восточный обряд.
Однако православные полемисты нашли весьма действенные аргументы в своем споре с католиками.
Прежде всего, православные авторы отмечали, что иерархи, принявшие унию, отступили от своей Церкви и архиерейской присяги, тем более, что сделали это без согласования с клиром, паствой и Восточными пхами, за что и были справедливо извергнуты из сана.
Наиболее вескую отповедь дал приверженцам унии в своем антикатолическом трактате «Апокрисис» автор, скрывшийся под псевдонимом Христофор Филалет. В действительности это был шляхтич-протестант Бронский (или Броневский), сочувствовавший православным.
Вообще в это время между православными и протестантами наметилось сотрудничество, обусловленное необходимостью совместно противостоять натиску католицизма.
Так, православные и протестанты в 1599 провели общий съезд в Вильне, на котором было решено совместно защищаться от происков католиков. Однако в дальнейшем этот союз постепенно распался, так как протестантизм в Речи Посполитой вскоре сошел на нет.
В «Апокрисисе» острие полемики направлено против католического искажения экклезиологии в клерикальном духе. Здесь подчеркивается принцип царственного священства, к которому призваны все христиане и утверждается не менее значимая, чем у клира, роль мирян в церковной жизни. Тем самым оправдывался православный Брестский Собор и, напротив, выражалось сомнение в правомочности епов-униатов без народа церковного решать вопрос о воссоединении с Римом.
В ответ на «Апокрисис» иезуиты издали свой трактат — «Антиррисис». Однако серьезных аргументов в нем не содержалось: католикам нечего было ответить по существу, поэтому они ограничились нападками на автора «Апокрисиса», открыв его псевдоним и подвергнув осмеянию факт помощи протестанта православным.
Вскоре православные ответили католикам еще одним крупным полемическим сочинением: в 1605 Львовское братство издало в своей типографии знаменитую «Пересторогу» (иначе — «Предостережение»), в которой содержалась практически вся история подготовки, заключения и насильственного внедрения Брестской унии.
Затем в 1610 был издан знаменитый «Тренос» или «Плач Церкви Восточной», написанный талантливым православным писателем Мелетием Смотрицким. Это было красочное описание бедствий, обрушенным католиками на голову православных. Король Сигизмунд был в такой ярости от этого полемического трактата, что приказал закрыть виленскую типографию, его напечатавшую, а весь тираж книги уничтожить. Мелетий был вынужден скрываться от королевского гнева. К сожалению, впоследствии он был сломлен и перешел в унию.
Большую поддержку оказали православным русинам и единоверцы с Православного Востока.
Еп. Александрийский (впоследствии — Кипрский) Мелетий Пигас присылал в Речь Посполитую свои грамоты, которыми призывал стоять за православную веру и противиться унии.
Поддержало гонимых православных Западной Руси и афонское монашество, среди которого было немало русских.
В это время на Афоне подвизался один из самых талантливых духовных писателей Западной Руси — монах Иоанн Вишенский, уроженец Галиции. Характерно, что в своих посланиях на родину он не только выступал против унии и латинства, но и вскрывал те причины, которые во многом обусловили успех униатства. Вишенский, в частности, обличал пороки высшего духовенства, его магнатские нравы и нерадение о делах церковных. Он призывал православную шляхту держаться веры отцов, не прельщаясь западной латинской культурой и привилегиями, получаемыми от короля в обмен за измену своему народу и вере. Вообще для Вишенского характерен призыв к простоте, духовному трезвению, аскезе, который он обращает ко всему народу Руси. Однако такие устремления, характерные для монашеского максимализма Вишенского, изначально во многом были утопичными: противостоять латинянам одной лишь простотой духа уже было невозможно. Понадобится долгие годы, чтобы понять необходимость вооружить православных образовательным потенциалом, равным по силе тому, что имели тогда католики — эту мучительно трудную и подчас неблагодарную культурно-просветительскую работу осуществит св. мт Петр Могила, при котором православной Киевской митрополии будет суждено, очистившись в испытаниях, подняться на новую высоту.
Несмотря на бедствия, вызванные введением Брестской унии и насилием со стороны католиков, Православная Церковь в Западной Руси не была уничтожена. Она сохранила свою каноническую полноту благодаря тому, что продолжали свое служение два архиерея, отвергшие унию: Львовский владыка Гедеон Балабан (ум. в 1607) и еп Перемышльский Михаил Копыстенский (ум. в 1612).
Благодаря сравнительно неплохо поставленному в Польше судебному делу им удалось отстоять право оставаться на своих кафедрах несмотря на попытки королевской власти заменить их униатами.
Эти епы фактически руководили духовной жизнью православных Речи Посполитой, поставляя клириков и в те епархии, где епы уклонились в унию. Если же такой возможности не было по причине происков униатов, то ставленники нередко, перебежав границу, ездили на поставление к молдо-валахским православным архиереям.
К сожалению, из-за препятствий, чинимых властями, епы Гедеон и Михаил так не смогли поставить новых архиереев на те кафедры, которые оставались, с точки зрения православных, вакантными после низложения епов-униатов.
Огромные трудности возникли у православных епов даже с поставлением собственных преемников. После кончины Михаила Копыстенского Перемышльскую кафедру захватили униаты.
Однако Львовскую епархию после смерти Гедеона Балобана православные в конце концов все же сумели отстоять, хотя и не без хитрости. По сговору с Гедеоном его преемник Евстафий (в монашестве — Иеремия) Тиссаровский обещал королю принять унию и даже произнес униатское исповедание веры, после чего получил от Сигизмунда разрешение занять Львовскую кафедру.
Однако перед своей архиерейской хиротонией, совершенной в Валахии, Тиссаровский отрекся от унии и стал, таким образом, новым православным епом Львовским. После кончины Михаила Копыстенского он почти целое десятилетие оставался единственным православным архиереем Западной Руси.
В отличие от православных униаты, напротив, благодаря поддержке властей сумели хорошо организовать свою деятельность.
Особенно активной она стала после кончины в 1599 мта Михаила Рогозы. На его место был поставлен Ипатий Поцей, который был, пожалуй, единственным среди епов-организаторов унии, кто радел о ней не из корыстных побуждений, а по идейным соображениям.
Поцей стал еще более рьяно насаждать унию, повсеместно изгоняя из храмов и мрей не признававших папского главенства священников и монахов и поставляя на их место униатов.
Особую активность Поцей развил в Вильне, где отнял у православных к 1609 все приходские храмы. Изгнав из Троицкого мря православное Виленское братство и передав обитель вместе с типографией и школой католикам, Поцей образовал здесь новое братство — теперь уже униатское. По мысли мта Ипатия, оно должно было сделаться оплотом греко-католичества в Западной Руси.
И все несмотря на репрессии против православных же число униатов в Вильне оставалось весьма незначительным. Поэтому большинство захваченных приспешниками Поцея храмов пришли в полное запустение и были заброшены (как, например, древнейшая в Вильне Пятницкая церковь), а то и вовсе уничтожены. Некоторые церкви впоследствии были проданы униатами и кощунственно использовались не по назначению (так, кафедральный Пречистенский собор был спустя некоторое время куплен под анатомический театр Виленского университета).
Ипатий жестоко преследовал своих противников. Особую ненависть греко-католического мта вызывал такой стойкий борец с унией, как дидаскал братской школы Стефан Зизаний. Поцей ополчился против него с невероятной яростью и добился изгнания Стефана из города. Тем не менее, несмотря на репрессии, православные жители Вильны не покорялись мту-униату. Изгнанные из Троицкой обители братчики основали новый мрь — Свято-Духов, — а при нем новое братство, которые расположились на той же Остробрамской улице, что и Троицкий мрь — через дорогу от него. На эту обитель Поцей покуситься не мог, что вызывало его особую ярость, так как Свято-Духов мрь стоял на частной земле, принадлежавшей магнатам Воловичам. А частную собственность в Речи Посполитой уважали настолько, что даже король не имел права вторгаться в личные владения магнатов.