Настоятелем Свято-Духовой обители стал выдающийся духовный писатель архмт Леонтий Карпович, один из главных вождей православных в борьбе против унии. Духовский мрь стал крупнейшим центром Православия в Западной Руси — он так никогда и не подчинился унии, пережив самые трудные времена в жизни Православия в Речи Посполитой и став основой возрождения Православной Церкви в Литве после ее присоединения к Российской империи.
Активность Поцея в Вильне была столь велика, что в конце концов вызвала взрыв гнева православных против агрессивных действий мта-униата. На Ипатия было совершено покушение: православный по вероисповеданию гайдук ударил униатского мта саблей, но его спасла толстая золотая цепь — Поцей, защищаясь от удара, лишился лишь двух пальцев на руке, которые впоследствии были положены униатами как реликвия на престоле Троицкой церкви. Гайдука казнили.
По приказу Поцея кампании по захвату православных храмов и мрей проводились по всей Речи Посполитой. Особенно успешными были действия униатов в тех областях, где православные кафедры были заняты перешедшими в унию архиереями. Даже в отдаленном Киеве, где власть польского короля была достаточно зыбкой, осмелевшие при Поцее униаты заняли Софийский собор. Приверженцы унии пытались захватить и Киево-Печерскую Лавру, но получили отпор от монахов и казаков. Попытка униатов завладеть киевским Михайловским Златоверхим мрем также не увенчалась успехом.
Ипатий Поцей при водворении унии в Западной Руси не ограничивался одними лишь организационными мерами. Он также известен своими литературными трудами, содержавшими апологию унии. В частности, им была издана книга «Гармония», в которой Ипатий достаточно откровенно заявлял, что уния не является целью сама по себе, но служит лишь средством для перехода к полному латинству. Именно так на униатство смотрели и в Ватикане, где изначально считали греко-католичество чем-то неполноценным и подлежащим постепенному вытеснению римо-католичеством. Аналогичное отношение к унии демонстрировали и польские власти. Для них уния оставалась все той же «холопской верой», какой ранее они считали Православие. Отсюда пренебрежение, с которым римо-католики Речи Посполитой всегда относились к своим собратьям восточного обряда. Кстати, несмотря на свое предательство епы-униаты так и не получили тех привилегий, на которые надеялись, переходя в унию. В частности, так и остались несбывшейся мечтой униатских архиереев обещанные королем места в сенате. Положение греко-католического епата в социальной структуре Польского королевства всегда оставалось весьма приниженным в сравнении с тем, которое занимало высшее римо-католическое духовенство.
Ипатий Поцей был весьма озабочен тем, чтобы представить Брестский сговор епов-униатов как восстановление исторической справедливости. Чтобы доказать, что в 1596 была лишь возрождена Флорентийская уния, якобы ранее повсеместно принятая церковным народом Западной Руси, Поцей организовал публикацию документов, нередко полностью или частично подложных, которые должны были убеждать в правоте организаторов унии. Так впервые увидели свет послания в Рим мтов Мисаила Пеструцкого, Иосифа Болгариновича и ряд других документов, о подлинности которых историки спорят до сих пор.
Мту Ипатию в его латинизаторской деятельности нужны были грамотные и деятельные помощники. Для того, чтобы обеспечить себе действенную поддержку со стороны униатского духовенства, Поцей решил реформировать немногочисленное греко-католическое монашество, имевшееся в его распоряжении. С этой целью он создал по образцу римо-католических орденов униатский орден монахов-базилиан (или василиан). Свое название они получили от имени св. Василия Великого, правила которого якобы должны были стать основой деятельности ордена. В реальности базилиане в гораздо большей степени руководствовались теми принципами, на которых основывался орден иезуитов. Фактически это и были иезуиты восточного обряда, с самого начала ставшие подлинной «гвардией» греко-католического мта и важнейшим орудием латинизации униатов. Даже сегодня базилиане остаются наиболее латинизированной частью Украинской греко-католической церкви и проводниками римо-католического влияния.
Главным помощником Поцея в организации ордена и его первым руководителем в сане протоархмта (в латинской традиции — генерала) стал Иосиф Вельямин-Рутский. Он был сыном представителя родовитой московской фамилии Вельяминовых, бежавшего при Иоанне Грозном в Литву. Здесь Иосиф принял латинство и проходил выучку у иезуитов, которые направили талантливого юношу для продолжения образования в Рим. Учеба Иосифа в Риме совпала по времени с заключением Брестской унии, и молодому русину было предложено вернуться из латинства в восточный обряд, оставшись при этом католиком. Иезуиты рано разглядели в Рутском дарования, обещавшие ввиду его преданности папству принести богатые плоды на поприще униатского прозелитизма. Вскоре Иосиф стал настоятелем отобранного у православных виленского Троицкого мря. Обитель стала центром базилианского ордена и важнейшей кузницей кадров высшего униатского духовенства. Троицкому мрю и его архмту были подчинены все остальные униатские обители Речи Посполитой, которые отныне были четко организованы в структуру базилианского ордена. Характерно, что подобно римо-католическим орденским мрям, базилианские также были изъяты из юрисдикции своих епархиальных архиереев. В число базилиан влилось немало римо-католических миссионеров, перешедших на восточный обряд, особенно — иезуитов.
Вельямин-Рутский зарекомендовал себя столь деятельным помощником Поцея, что после кончины Ипатия именно его решено было поставить новым главой униатской церкви. Иосиф был греко-католическим мтом в 1613-1637 гг. При нем униатство оказалось в еще большей степени подверженным латинизации, а базилиане заняли в униатской церкви наиболее привилегированное положение. Они руководили делом духовного просвещения — в большинстве униатских мрей были созданы школы по образцу иезуитских. Лучшие их выпускники получали возможность продолжать учебу в крупнейших католических университетах и коллегиях Западной Европы. В период митрополичьего правления Велямин-Рутского базилиане не только были изъяты из подчинения греко-католическому священноначалию, но и поставили униатских епов под свой контроль. Назначение епов и самого мта отныне должно было согласовываться с орденским начальством. Фактически базилиане стали управлять всей униатской церковью.
Тем не менее, несмотря на внешнее усиление униатской церкви, сопровождавшееся яростными гонениями на православных, число приверженцев унии было невелико. Повсеместно православные боролись за сохранение своих прежних прав. Причем, специфика польской государственности давала им ряд преимуществ. Так, православные активно использовали те элементы парламентаризма, которые существовали в Речи Посполитой, прежде всего — трибуну сейма, а также принцип свободы вероисповедания, законодательно закрепленный со времен Сигизмунда II Августа. После неоднократных попыток поставить на сейме вопрос о незаконности униатской иерархии и ее антиправославных действий православные депутаты в 1606 потребовали от сейма кассации Брестской унии в целом. Пойти на столь радикальную меру сейм, разумеется, не мог. Однако на сейме было постановлено, что и православное, и униатское вероисповедания должны сосуществовать в Речи Посполитой, взаимно уважая гражданские права и не уничтожая друг друга. Такое постановление сейма было на пользу православным, т.к. лишало лидеров унии возможности говорить от имени всех русинов, утверждая себя в качестве единственно законной иерархии и церкви восточного обряда в Речи Посполитой, а не принявших унии квалифицировать как раскольников. Но ощутимых перемен в положении Православной Церкви сеймовое постановление так и не принесло: на практике католики не желали с ним считаться и по-прежнему продолжали гонение на православных.