Дело его успешно продолжал Захария Копыстенский, также ставший в конце своей жизни Киево-Печерским архмтом. Захария прославился и как составитель знаменитой «Палинодии» — книги, явившейся по сути первым сводом знаний по церковной истории Руси со времени ее крещения. Труд Захарии сыграл большую роль в развитии полемики православных с униатами. Другое произведение Копыстенского — «Книга о вере единой» — было посвящено обличению протестантизма.
Православное монашество Западной Руси наряду с братствами сыграло колоссальную роль в противостоянии унии. Несмотря на отторжение униатами значительной части крупнейших мрей, западно-русское иночество находилось в начале XVII в. на стадии духовного подъема, очистившись от наименее стойких элементов. Взамен отобранных униатами возникает множество новых обителей, которые становятся оплотом Православия. В их числе прежде всего следует назвать знаменитую Почаевскую Успенскую Лавру. Считается, что начало монашеской жизни в Почаеве было положено во время Батыева нашествия, когда сюда бежали иноки из Киево-Печерского мря (местное предание относит появление первых монахов на горе Почаевской к еще более раннему времени — Х в.). С тех пор здесь постоянно подвизались монахи-отшельники.
Однако общежительной обителью Почаевский мрь становится благодаря величайшему подвижнику Православной Церкви Западной Руси — преп. Иову Почаевскому. Уроженец Галиции, постриженик прикарпатского Угорницкого мря, преп. Иов (в миру православный шляхтич-русин Иоанн Железо) был игуменом в Дубенском мре, куда он пришел по просьбе князя Константина Острожского. Однако после кончины Острожского его наследники, перешедшие в католичество, передали мрь в городе Дубно униатам. Решительно отвергший унию Иов вынужден был удалиться. Он пришел на Почаевскую гору, где некоторое время подвизался как отшельник. Вскоре он стал настолько знаменит среди местных иноков, что по всеобщему настоянию был принужден принять игуменство и заняться устроением Почаевской обители на принципах общего жития. Преп. Иов построил здесь величественный Троицкий собор, учредил типографию, которая сыграла выдающуюся роль в истории Православия Западной Руси в первой половине XVII века. При Иове Почаевском в обитель была возвращена ее величайшая святыня — Почаевская икона Божией Матери, прославившаяся многими чудесами. Великий преподобный, принявший в схиме имя Иоанн, скончался в Почаеве в 1651 в столетнем возрасте. Мощи его были обретены совершенно нетленными мтом Киевским Дионисием Балобаном и доныне поражают своей исключительной сохранностью.
Тезоименитый преп. Иову Почаевскому Иов Княгининский (ум. в 1621), приобретший опыт монашеской жизни на Афоне, активно возрождал иноческую жизнь в Галиции. Он основал неподалеку от Львова пять новых мрей. В их числе — Креховский, позднее занятый базилианами и им же переданный в настоящее время. Другой афонский инок западно-русского происхождения — Исаакий Борискович — содействовал оздоровлению православного монашества в обителях Волыни. В отторгнутой поляками от Московского государства Смоленской земле, откуда в Москву ушло все православное духовенство и куда на смену ему ринулись римо- и греко-католики, укреплял в православной вере русское население и возобновлял монашескую жизнь уже упоминавшийся Исаия Копинский. На Левобережной Украине благодаря его трудам появились знаменитые впоследствии Густынский и Мгарский мри. Новые православные мри были основаны и в Минске.
Титанические труды этих ревнителей Православия привели к тому, что несмотря на непрекращающиеся гонения со стороны католических властей Речи Посполитой в Западной Руси постепенно смогла наладиться полноценная церковная жизнь. Однако живой дух Православия не находил соответствия в канонических формах устроения Церкви. После смерти Гедеона Балобана и Михаила Копыстенского на всю Западную Русь оставался фактически лишь один православный архиерей — еп Львовский Иеремия Тиссаровский. Однако даже с ним общение для православных из многих областей Речи Посполитой было затруднено в силу происков католиков. По-прежнему православных выручала близость Молдавии и Валахии, куда зачастую отправлялись для поставления в священный сан ставленники из Западной Руси. Но все более ощущалась потребность в восстановлении полноценной иерархической структуры и возобновлении православной Киевской митрополии, что само по себе явилось бы огромной моральной победой православных над униатами. Постепенно стал вызревать план воссоздания православной иерархии в Речи Посполитой, большую роль в оформлении и реализации которого сыграло реестровое казачество во главе с гетманом Петром Сагайдачным. Именно он выступил инициатором приглашения в Киев пха Иерусалимского Феофана, прибывшего на Русь для того, чтобы испросить милостыню у царя Михаила Феодоровича. Возвращавшийся 1620 из Москвы, где он принял участие в поставлении на пшество Филарета Романова, Феофан, имел полномочия от КПлского пха совершить в Речи Посполитой деяния, необходимые для нормализации там церковной жизни, поврежденной Брестской унией. Феофан получил от короля Сигизмунда III разрешение совершить инспекторскую поездку по православным мрям, приходам и братствам Западной Руси.
В марте 1620 Феофан прибыл в Киев. Его приезд необычайно воодушевил православных, которые стали стекаться в Киев со всей Западной Руси в надежде, что появление здесь Пха изменит к лучшему их положение в Речи Посполитой. Пх Феофан утвердил своими грамотами уставы новообразованных братств, в том числе — Могилевского, Слуцкого, Луцкого, а также подтвердил все ранее дарованные права прежних братств. И вот, наконец, православными верующими было принято решение ходатайствовать перед Феофаном о поставлении нового православного мта Киевского и епов — взамен уклонившихся в унию. Сагайдачный при этом выступил гарантом того, что за свои действия Феофан не будет подвергнут преследованию со стороны польских властей. Казачество обещало охранять пха и обеспечить ему беспрепятственный выезд с территории Речи Посполитой. Феофан дал свое согласие на возобновление иерархии Киевской митрополии в день престольного праздника Киево-Печерской Лавры — Успения Пресвятой Богородицы. После этого Феофан предложил православным русинам самим избрать кандидатов на архиерейские кафедры.
Первая хиротония состоялась 6 октября 1620 — во епа Перемышльского был рукоположен игумен опекаемого казаками Межигорского мря Исаия Копинский. Рукоположение было совершено в Богоявленской церкви Киево-Братского мря тайно — ночью, при закрытых вратах и занавешенных окнах, при тихом пении единственного певчего. Вместе с Феофаном в хиротонии участвовали Софийский мт-грек Неофит и еп Стагонский Авраамий. Через три дня — 9 октября — там же при аналогичных обстоятельствах состоялась хиротония нового мта Киевского, которым стал Иов Борецкий.
Епом Владимиро-Волынским должен был стать знаменитый Леонтий Карпович, архмт виленского Свято-Духова мря, выдающийся духовный писатель-полемист. Однако к этому времени он был уже смертельно болен. Леонтий послал к Феофану с выражением признательности своего послушника дидаскала виленской братской школы Мелетия Смотрицкого, который так покорил своей ученостью православных, собравшихся в Киеве, что они ходатайствовали о его поставлении на Полоцкую кафедру. В течение семи недель (с августа по октябрь 1620) Мелетий последовательно был рукоположен во диакона, пресвитера и епа, после чего был поставлен на Полоцкую архиепию.
Выехав из Киева в январе 1621, Феофан продолжал по дороге рукополагать новых архиереев. В Трахтемировском мре он хиротонисал во епа Владимиро-Волынского и Брестского тамошнего игумена Иезекииля (Иосифа) Курцевича. Правда, выбор этот оказался неудачным: Курцевич зарекомендовал себя как крайний мздоимец и сторонник унии и позднее бежал от гнева православных верующих Западной Руси в Москву. Представив себя жертвой католиков, он исхлопотал себе у пха Филарета Суздальскую кафедру, но повел себя в новой епархии столь безобразно, что вскоре был при пхе Иоасафе I извержен из сана и отправлен в ссылку.