Однако, жестокий и злобный Святополк, несмотря на свое крещение остававшийся в душе все тем же язычником, всех вокруг мерил по себе. Отсюда его опасения за власть. Тестем и союзником Святополка был король Польши Болеслав I. К нему же впоследствии свергнутый князь и бежал. Жестокой душе Святополка ближе был Запад с его особым вариантом христианства, которое допускало крестовые походы, инквизицию и проч. Напротив, Борис и Глеб — это носители истины Восточного Православия во всей его евангельской полноте. Поэтому смерть они предпочитают восстанию на своего государя и брата. Удивительно, но Русь как православное царство как бы на двух полюсах своей истории имеет одинаковый по духу подвиг добровольной жертвы, уподобления Христу: в начале XI века это Борис и Глеб, в начале ХХ — святой царь мученик Николай II и его семья.
Борис и Глеб первыми из числа русских были причтены к лику святых. Официальная их канонизация состоялась в Константинополе в 1072 г. Народное сознание было поражено смиренной кончиной Бориса и Глеба. Их память стала очень дорога русскому христианскому сознанию потому, что их смерть была необыкновенной, она слишком не вязалось с образом князя-язычника. Еще недавно князья на Руси враждовали насмерть, не задумываясь ни о родстве, ни о нравственных преградах. Но вот появляется первое поколение христиан, выросших после крещения Руси святым Владимиром. Для этих молодых князей Евангельский идеал — уже основной ориентир в их жизни. Борьбе со Святополком, греху братоубийства они смиренно предпочитают мученическую кончину. В этом уподоблении добровольной жертве Христовой — свидетельство того, что Русь приняла новую веру не формально, не ради вхождения в культурно-политический ареал европейского христианского сообщества, но глубоко и искренне, всем сердцем. Вспомним, что дружина Святослава смеялась бы, если бы Святослав принял христианство. А теперь, когда князья принимают христианство и умирают по христиански, это производит впечатление на весь народ. Казалось бы совсем немного времени прошло от Святослава до Бориса и Глеба, но налицо огромные изменения в сознании. Культ Бориса и Глеба очень быстро и широко распространился, чему есть масса археологических доказательств: огромное количество т. н. Борисоглебских энколпионов, т. е. крестов-мощевиков, на которых изображались Борис и Глеб; резные по шиферу иконки святых князей-страстотерпцев. Мученическая смерть молодых князей оказала на христианское воспитание русских большее влияние, чем книжное обучение. Был явлен живой пример духовного преображения человека в крещении, его духовно-нравственной победы над злом.
После гибели святых Бориса и Глеба разгорается междоусобица. По приказу Святополка был убит и третий брат — Святослав, — княживший в земле древлян. Однако, он не явил такого подвига смирения, как его святые братья. Святослав пытался бежать в Венгрию, но был настигнут и убит по приказу Святополка, получившего от народа прозвание «Окаянного» за свои зверства. В 1015-1019 гг. между Святополком и Ярославом Новгородским шла война. Ярослав в итоге вышел победителем и стал князем Киевским. Его свергнутый соперник бежал на Запад и где-то там вскоре скончался.
В это смутное для Руси время происходит еще одно событие, сильно повлиявшее на дальнейшую судьбу Русской Церкви. В 1014-1019 гг. между болгарами и греками проходила ожесточенная война. Ее итогом явился полный разгром державы болгарского царя Самуила императором ромеев Василием II, за что он и был прозван «Болгаробойцей». После победы греков Болгария стала провинцией империи, а болгарские архиепископы Охридские, доселе бывшие полностью автокефальными, фактически утрачивают свою самостоятельность и подчиняются Константинопольскому патриарху. Мы уже упоминали о гипотезе Приселкова и Карташева, которые полагали, что при святом Владимире Русская Церковь входила в юрисдикцию Охридской архиепископии, дабы избежать политической зависимости от греков. Теперь же ситуация меняется в корне. Охридский архиепископ Иоанн после падения Болгарского царства теряет свою самостоятельность. Вместе с этим неизбежным оказался и переход Русской Церкви в юрисдикцию Константинополя.
Первой реакцией на подобные перемены стало бегство на Запад Анастаса Корсунянина, который, возможно, был при Владимире епископом или наместником Охридского архиепископа в Киеве, лишь номинально подчиняясь последнему. Во всяком случае, позднейшая летопись, не называя его епископом (быть может, в угоду последующим греческим митрополитам), говорит о том, что именно Анастасу Владимир поручил главный храм Русской Церкви — Десятинный. Анастас бежал в Польшу вместе со Святополком, понимая, что ему придется не только подчиниться грекам, но и ответить за свое «предательство» в Херсонесе.
Однако, можно думать, что последовавшее за разгромом Болгарии возвращение Русской Церкви в юрисдикцию Константинополя первоначально было опосредовано через продолжавшееся на первых порах вхождение Киева в состав Охридской архиепископии. Косвенным подтверждением этому является содержащееся в древнейших редакциях жития свв. Бориса и Глеба сообщение о перенесении мощей святых Бориса и Глеба в храм-усыпальницу, построенный Ярославом Мудрым в Вышгороде. Это событие положило начало местному почитанию князей-страстотерпцев. Рассказ об освящении храма в Вышгороде содержит упоминание о том, что Ярослав тогда «повеле призвати архиепископа Иоанна, тогда пасущу ему Христово стадо разумных овец его. Архиепископ же, остав, постави попы и диаконы ти тако отъиде в свою кафоликани-иклисiа». Очевидно, что архиепископ приглашается на Русь откуда-то извне. Да и название соборной церкви по-гречески скорее всего свидетельствует о том, что архиепископ резидирует вне пределов Руси. Кроме того, предание указывает на митрополита Иоанна I как на автора службы святым Борису и Глебу. В таком случае трудно представить, чтобы митрополит-грек в совершенстве владел славянским и занимался славянской гимнографией. А вот болгарин вполне мог бы написать службу русским святым.
Упомянутый архиепископ Иоанн I часто называется в исследованиях по церковной истории Руси вторым (после Михаила или Леона) или первым митрополитом Русской Церкви. Но возможно, что Иоанн в действительности был Охридским архиепископом, а для Русской Церкви ее номинальным возглавителем. Быть может, Ярослав призвал его для освящения усыпальницы Бориса и Глеба по причине бегства Анастаса и отсутствия в столице Руси своего архиерея. Я. Щапов датирует время правления Иоанна I промежутком между 1018 и серединой 1030-х гг. От времени Иоанна I сохранилась печать с греческой надписью, содержащей его имя и титул.
Иоанн Охридский скончался перед 1037 г., и после его смерти Охридская архиепископия уже полностью подчиняется власти Константинопольского патриарха, который единовластно поставляет на эту, формально по-прежнему автокефальную, кафедру своих кандидатов из числа греков, а не болгар. С этого времени теряет всякий смысл подчинение Русской Церкви Охридской юрисдикции. Правивший в это время Русью Ярослав Владимирович стоял перед трудным выбором. Можно было либо подобно Болгарии провозгласить автокефалию Русской Церкви, либо же принять юрисдикцию Константинополя. Первое было практически невозможно по единственной причине: Русь была еще столь слабо воцерковлена, что ни о каком самостоятельном бытии только что утвержденной Русской Церкви не могло быть и речи. Очень важно для характеристики князя Ярослава, что он в первую очередь думал о духовном аспекте, а не о политике. Поэтому князь, как предполагает Карташев, принял решение о переходе Русской Церкви в непосредственную юрисдикцию Константинополя. В Киев отсюда в 1037 году прислали митрополита-грека Феопемпта, первого, чье имя до нас донесла летопись преп. Нестора. Тогда же в столице Руси начинается возведение храма святой Софии. Даже само его посвящение, соименное главному храму Константинополя, равно как и лишение Десятинной церкви значения главного храма Русской Церкви, свидетельствуют о значительных переменах в церковном устроении при Ярославе. Если действительно еще при Ольге деревянный храм св. Софии был кафедральным, то построение в качестве митрополичьего нового каменного Софийского собора должно было подчеркнуть возвращение Русской митрополии к своему прежнему каноническому положению в Константинопольской юрисдикции. Причем, можно думать, что на решение Ярослава повлияла и благоприятная политическая ситуация: положение Ярослава к этому времени значительно укрепилось. После смерти его брата Мстислава, с которым они прежде поделили Русь по Днепру, Ярослав стал по сути таким же самодержавным князем всея Руси, каким был его отец. Кроме того, почти одновременно с кончиной Мстислава Ярослав наголову разбил печенегов под Киевом, избавив Русь от самого опасного врага. После этого князь мог менее опасаться того, что церковное главенство греков окажет заметное влияние и на политику: Русь была достаточно сильна, чтобы не страшиться политической зависимости от Империи Ромеев.