Однако, продолжения похода Батыева войска не последовало. Орда была измотана длительным походом. Русь, принявшая на себя основной удар, по сути спасла Европу от повторения своей участи. Кроме того, на свертывание похода повлияло еще одно обстоятельство: в Монголии в декабре 1242 г. неожиданно умер великий хан Угэдэй. Батый поспешил назад, чтобы принять участие в выборах нового великого хана, намереваясь повлиять на их исход.
Вернувшись в 1243 г. на Южную Русь, Батый основывает на покоренных им землях свое государство, которое называлось «ханство Кипчакия», так как земли половцев-кипчаков — южнорусские степи и Поволжье — составили ядро владений Бату. Государство это также известно под названием «Золотая (или Синяя) Орда». Оно простиралось от Хорезма на Востоке до Болгарии на Западе, от Руси на Севере до Крыма и Кавказа на Юге. Первоначальные же территории улуса Джучи в Средней Азии и Казахстане отошли брату Батыя — Орде. Русь, разгромленная и обескровленная, а потому практически не способная к сопротивлению, вошла в состав державы Батыя на правах подконтрольных монголам земель с правами частичной автономии. Конечно, это было насилием над Русской землей, а отнюдь не ее добровольным вхождением в состав Золотой Орды, как это представляет Гумилев. У русских князей просто не было выхода. Можно было либо признать Батыя своим верховным государем, «царем», как позже стали называть его на Руси, либо, в случае непокорности и попыток сопротивления, русские княжества просто обрекались на полное уничтожение, а русский народ — на истребление.
В устье Волги, на берегах одного из ее рукавов — Ахтубы, в ста километрах от нынешней Астрахани, Батый построил свою столицу — город Сарай-Бату (ныне городище Селитряное). Сюда он вызывает русских князей, обязанных отныне прибывать к хану с выражением своей вассальной зависимости и покорности. С государственной самостоятельностью Руси надолго покончено. Северо-Восточная Русь и юго-западные княжества смогли, признав Батыя свои верховным государем, сохранить прежнюю структуру княжеского управления и местные династии Рюриковичей. Но южные земли с Киевом, Переяславлем, а также часть Черниговского княжества и Подолия стали территориями, непосредственно управляемыми монголами, которые держали там свои войска. Эти земли наиболее пострадали от монголов, а после нашествия более всего испытывали на себе их насилие. Поэтому большая часть населения отсюда бежала на Северо-Восток или в Галицию. Укрываться от монголов в почти безлесой Киевской земле было очень сложно.
Князья, сохранившие свои уделы, отныне получали от хана ярлык на управление своими княжествами. Уже в 1242 г. князь Ярослав Всеволодович, отец св. Александра Невского, отправившись в ставку Батыя, был утвержден великим князем Владимирским. Ярослав также должен был отправиться и в Каракорум, ко двору великого хана монголов Гуюка. Подобные визиты в Орду или в Монголию на первых порах после завоевания Руси должно было совершать большинство русских князей.
Поездку в Орду, на поклон к Батыю, вскоре был вынужден совершить и Даниил Романович Галицкий. В 1246 г. в Орду прибыл и св. князь Михаил Черниговский. Он ехал фактически на верную смерть, так как его активная борьба с монголами и убийство послов в Киеве не давали никаких шансов на помилование. Михаилу было предложено пройти через очистительные языческие огни и поклониться идолу Чингисхана, что православный князь с негодованием отверг. Михаил проявил себя не лучшим образом в борьбе с Даниилом Галицким и в годы нашествия Батыя. Известно, что на Лионском соборе он пытался заручиться помощью западных католических держав в борьбе с монголами. Но в конечном итоге князь Михаил на исходе жизни многое переосмыслил как православный христианин и возвысился над своими духовными немощами. Его жизнь была увенчана мученическим подвигом: за отказ совершить языческий обряд Михаил и его верный боярин Феодор были казнены по приказу Батыя. Святые мощи Черниговских чудотворцев впоследствии были привезены из Орды в Москву и положены в монастыре св. Иоанна Предтечи под Бором, в Замоскворечье. Позже их перенесли в Архангельский собор Кремля, где они почивают и доныне. На месте первоначального погребения мучеников построена церковь Черниговских чудотворцев, по имени которой и переулок назван Черниговским.
Однако, нужно отметить, что казнь Михаила Черниговского носила скорее политический характер, а религиозно-обрядовый момент был использован как повод. Это, впрочем, нимало не принижает подвига святого князя и не уменьшает его святости. Но в целом, монголо-татары, при всей их жестокости, были очень терпимы по отношению к любой религии. Уважение ко всякой религии монголы строили на признании единого Божественного начала. Сами они таковым почитали Небо. Монголы проявляли большую терпимость и к христианству. Одной из причин этого было также и то, что в эпоху завоеваний Чингисхана и его потомков в Монголии большое влияние имели христиане-несториане. Несторианство исповедовали многие тюркские и монгольские племена, в частности, уйгуры и кераиты, крещеные миссионерами-монахами из Персии. Несторианками были жены многих монгольских ханов. Сын Батыя Сартак также принял несторианство. Известно, что великие ханы Гуюк, Мункэ и Хубилай очень симпатизировали христианам. Хубилай на Пасху и Рождество приказывал несторианским священникам приходить во дворец с Евангелием и совершать богослужение с каждением Евангелия, которое Хубилай почтительно целовал. Точно также поступали и приближенные хана, не будучи христианами. Правда, одновременно с христианами при дворе хана отправляли свои обряды мусульмане, язычники и даже иудеи.
Толерантное отношение к религии было одним из принципов политики Чингисхана. Понятно, что это было одним из условий, при котором Чингис мог надеяться создать мировую империю. Основным законодательным сборником, которым руководствовались преемники Чингисхана была его «Книга запретов» или «Ясса», в которой предписывалось уважительное отношение ко всем религиям. И все ханы должны были клятвенно обещать исполнять эти предписания, в том числе — быть терпимыми ко всем религиям. Великий хан монголов Мункэ в ответ на предложение монаха-францисканца Рубруквиса принять католичество заявил: «Все люди обожают одного и того же Бога, и всякому свобода обожать Его как угодно. Благодеяния же Божии, равно на всех изливаемые, заставляют каждого из них думать, будто его вера лучше других». Чем не экуменист XIII века?
Отношение Батыя к Русской Православной Церкви естественным образом вытекало из этой устоявшейся монгольской традиции терпимости и даже покровительства к христианам. Конечно, Церковь и духовенство пострадали в Батыево нашествие точно так же, как и весь русский народ. Храмы и монастыри были разграблены и преданы огню. Множество священнослужителей перебито. Погиб или, как полагают, бежал в Грецию и митрополит грек Иосиф. Однако, как только монголы ушли, утвердив зависимость Руси от Золотой Орды, так сразу же утвердилось в русских землях основанное на Яссе Чингисхана покровительственное отношение монголов к Русской Церкви. Она осталась фактически единственным свободным установлением на покоренной Руси. Когда в 1246 г. по приказу ханов Гуюка и Батыя была произведена перепись населения с целью обложения его данью, все духовенство было освобождено от любых выплат монголам. Отношение к священнослужителям у монголов помимо идеологически обусловленной терпимости в то же время имело и некоторый оттенок суеверия. Православные священники воспринимались язычниками-монголами отчасти, как и свои собственные шаманы, которых, как считалось, лучше не обижать. Церковь была освобождена от выплаты дани, а церковный суд остался неприкосновенным. Это стало одной из причин значительного роста церковного землевладения — чем более земель переходило в собственность Церкви, тем большее число людей освобождалось от уплаты дани Орде.