Петр был поставлен на митрополию в 1308 г. А в 1309 он приехал на Русь. К разочарованию Юрия Галицкого он отправился туда же, где резидировал митрополит Максим, — во Владимир на Клязьме. Однако, здесь его ожидал весьма прохладный прием. Святой князь-мученик Михаил был, конечно же, недоволен тем, что митрополитом стал Петр, а не отправленный им на поставление Геронтий. Вероятно, угождая неприязни своего князя к Петру, епископ Тверской Андрей, сын литовского князя Герденя, отправилв Константинополь клеветнический донос на Петра. Этому делу в Царьграде дали ход, так как, видимо, весьма серьезные обвинения содержались в послании Андрея. В первую очередь, Петра обвиняли в симонии, с которой так боролся митрополит Кирилл. Для разбирательства в Переславле-Залесском был около 1311 г. созван Собор, в котором приняли участие, кроме митрополита Петра, епископы Андрей Тверской и Симеон Ростовский, множество игуменов монастырей, представители приходского духовенства, князья и бояре. Замечательно в этом Соборе столь активное участие мирян в разбирательстве важнейшего вопроса церковной жизни. Оно было весьма бурным. В конечном итоге Петр был полностью оправдан, а Андрей изобличен как клеветник. Все его обвинения строились на том, что Петр действительно при поставлении духовенства взимал какую-то небольшую денежную сумму, что было предусмотрено Правилами Кирилла II. Речь шла не о плате за поставление в священный сан, а о возмещении издержек, связанных с хиротонией: оплата проезда архиерея и его свиты, средства на их содержание (если речь шла о выездах в другие города), оплата всего необходимого для богослужения и хиротонии. Ведь и сегодня в случае хиротонии кого-либо во епископа, ставленник сам приобретает облачение, панагию, посох и т. д. Это вполне нормально. До революции, например, даже всякий награжденный каким-либо орденом Российской империи заказывал его за свои деньги на «Монетном Дворе». Так что проводивший независимое расследование представитель патриарха Константинопольского признал, что Петр ни в чем не погрешил против Кириллова правила о симонии.
Житие святого Петра говорит о том, что он простил клеветника Андрея и оставил ему Тверскую кафедру. Однако, на этом попытки очернить Петра не прекратились. Вероятно, Андрей продолжал интриговать против Первосвятителя, надеясь занять его место, ибо епископствовал в Твери, князь которой — св. Михаил — был в ту пору великим князем Владимирским и всея Руси. Наверное, именно Андрей умело подогревал в Михаиле Тверском неприязнь к Петру, возникшую поначалу из-за того, что митрополитом стал не ставленник князя — Геронтий, — а галицкий кандидат. Иначе трудно объяснить себе эту долговременную вражду св. Михаила против святителя Петра. Тверской князь, без сомнения, искупил ее своим мученичеством в Орде. Однако, митрополит, что естественно в такой ситуации, стал искать себе союзника среди других князей. И нашел его в лице Московского княжеского дома.
Это, конечно же, был огромный политический промах Михаила Тверского. Беспочвенной враждой оттолкнув от себя митрополита, он дал возможность своему пока еще слабому сопернику — Москве — обрести союзника, авторитет которого обеспечивал грядущую победу этому новому политическому центру Руси. Опора святителя Петра на Москву была закономерной. Родной Галич был далеко, его князья слабели с каждым днем, и Петру было очевидно, что их губительная политическая стратегия приведет в скором времени к полному исчезновению Галицко-Волынского княжения. На Северо-Востоке Руси, где уже стал клониться к упадку Ростов, а Ярославль, Суздаль или Рязань не представляли большой политической силы, основное соперничество развернулось между Москвой и Тверью. Поэтому Московский князь Юрий Данилович, человек, надо заметить, абсолютно по-макиавеллиевски беспринципный, тут же замечательно уловил, какую ошибку допускает Михаил. И Юрий мгновенно протянул, пусть из самых корыстных побуждений, свою руку Петру. Именно Юрий на Переславском Соборе выступил наиболее горячим защитником Петра. Конечно, сделано это было Московским князем не случайно: он «спал и видел» стать великим князем Владимирским, отобрав престол у Михаила. Авторитет Петра, как умно рассчитал Юрий, мог ему в этом помочь. Святитель Петр принял эту руку дружбы, протянутую ему князем Московским. Вскоре он отплатил взаимностью Москве: когда в 1311 г. тверская рать во главе с сыном Михаила Димитрием пошла войной на Москву, Петр отлучил его от Церкви за разжигание междоусобицы.
О Петре его житие свидетельствует, что он, подобно своим предшественникам, много ездил по Руси, окормляя духовно даже самые отдаленные епархии. В том числе бывал он и на родной Волыни. Пребывать в стольном и кафедральном Владимире Петру было, наверное, не слишком уютно, опять-таки из-за враждебности к нему Михаила Тверского. Поэтому он нередко подолгу жил в Москве, которая принадлежала его митрополичьему округу, не имея своего епископа. Поскольку интриган Юрий Московский почти все время пребывал в Орде у своего родственника — хана Узбека, — то Москвой управлял его младший брат Иоанн Данилович Калита. С ним у святителя Петра завязываются самые дружественные отношения. Иоанн был мало похож на брата Юрия. Это был князь благочестивый и нищелюбивый. Калитой его прозвали будто бы за кошелек для денег — калиту,- который он носил на поясе, чтобы в любой момент подать милостыню нищим. Другие полагали, что князя так прозвали за его прижимистость, даже скупость. Скорее всего, было и то, и другое. Только не врожденная скупость как порок отличала князя Иоанна, а бережливость ради накопления сил Московского княжества, ради возрастания мощи Руси для борьбы с Ордой. В этом была огромная мудрость Иоанна. Он ведь по сути закладывал сад, плодов которого, как он понимал, ему не суждено было дождаться. Но он как скромный труженик работал на будущее Руси, не заботясь о кривотолках по поводу своего скопидомства.
Как святой прозорливец Петр это понимал, а потому весьма благоволил к Калите. Уже с 1322 г. митрополит практически безвыездно живет в Москве. В 1325 г. здесь, в Москве, св. Петр рукополагает на Новгородскую кафедру архиепископа Моисея. Однако, об официальном переносе церковного центра речи пока нет, ибо нет повода переносить ее из крупного, вполне процветающего Владимира в куда менее значительный городок Москву. К тому же Владимир — это стольный град Руси, хотя Михаил, а позже его дети — Димитрий и Александр — как великие князья лишь титулуются Владимирскими, проживая в своей Твери.
Между тем, в Москве Петра окружают почетом и уважением. Митрополит отвечает дому московских Даниловичей искренней дружбой. В 1325 г. он погребает в московском Кремле убитого в Орде Димитрием Тверским Юрия Даниловича. Юрия сменяет на Московском княжении Иоанн Калита. Своему любимцу Петр оказывает всемерную поддержку. Чувствуя приближение смерти, святитель решает, что должен быть погребен здесь, в Москве. Его мощи должны как бы освятить будущую столицу Руси. Поэтому по совету Петра Калита в августе 1326 г. (то есть в конце строительного сезона — полное «неразумие» с точки зрения технологической по меркам того времени!) спешно закладывает первый в Москве каменный храм — Успенский собор в Кремле. Здесь святой митрополит собственноручно устраивает свою гробницу — в алтаре строящегося храма, вблизи жертвенника. Святитель Петр скончался 20 декабря 1326 г. и был погребен в еще недостроенном Успенском храме. Конечно, во всей истории взаимоотношений святителя с Московским и Тверским княжескими домами налицо сложная политическая коллизия. Но вместе с тем нельзя не видеть в обращении митрополита к Москве и Промысла Божьего об этом граде, которому скоро суждено будет стать новой духовной и политической столицей Руси.
Необходимо отметить и такое важное обстоятельство: митрополита Петра погребал епископ Луцкий Феодосий, земляк святителя. То есть очевидно, что с упразднением Галицкой митрополии в 1305 г. она более не возобновлялась, а епархии Западной Руси подчинялись святителю Киевскому, пребывавшему в Москве.
В то же время, в правление святого Петра имел место еще один прецедент дробления Русской Церкви. На сей раз инициатором отделения от Киево-Владимирской Церкви новой независимой митрополии выступил князь Гедимин, великий объединитель Литвы.
Уже во II половине XIII столетия Литва, прежде дикая, не имевшая своей государственности и платившая дань русским князьям, объединяется под властью князя Миндовга. Миндовг (Миндаугас), создавший сильное государство и притворно принявший католичество ради королевского титула, дарованного папой, начал захват соседних русских земель. Анархия и разброд, царившие на Руси после Батыева нашествия, а также некоторая обособленность Полоцкой и других земель Белой Руси от других русских княжеств, сделали возможным приглашение литовских князей на княжение в северо-западные русские города. В этой необычной мере многие видели возможность спасения от татар. В Полоцке, например, сначала русские утвердили на княжение не Рюриковича, а литовского князя Товтотила. И даже Псков принял в качестве князя крещеного литовца Довмонта-Тимофея, впоследствии прославившегося своими подвигами против немцев и литовцев и причтенного к лику святых (ум. в 1299 г.).