Свой новый центр митрополии и одновременно новую столицу великого княжения Феогност обильно украшает каменными храмами. Святитель знал цену зодчеству как средству влияния на сознание современников. При нем деревянный Кремль Иоанна Калиты украсился храмом Иоанна Лествичника (небесного покровителя князя; позже на его месте встал столп Иоанна Великого), Архангельским собором, церковью Спаса на Бору с обителью при ней, куда были переведены иноки Свято-Данилова монастыря. Не менее значимым для престижа Москвы явлением стала канонизация митрополита Петра после многочисленных чудес, отмеченных у мощей святителя. Феогност, в отличие от митрополитов Домонгольского времени, не слишком склонных к прославлению русских святых, выступает ревностным поборником канонизации святителя Петра. В 1339 г. он получил согласие на это от патриарха Иоанна Калеки. Начинало сбываться предвидение св. Петра, который своим погребением в Москве предвещал ей великое будущее.
Подобно своим предшественникам, Феогност много путешествовал по Руси. Известно, что он бывал в Брянске, Костроме, дважды ездил в Новгород и на Волынь. Подобные первосвятительские поездки уже воспринимались как неотъемлемая часть митрополичьего служения. Новгородцы, правда, встретили митрополита не слишком ласково. Уже сказывался страх перед возвышением Москвы, поддерживаемой Первоиерархом. Тем более, что новгородцы были недовольны тем, что на их деньги Москва украшается новыми церквами.
Отношения митрополита Феогноста с Ордой складывались тоже не безоблачно. Дважды он ездил в Сарай. Впервые, еще в правление Узбека. А во время второй поездки в 1342 г. был оклеветан пред ханом Джанибеком. Какие-то лица, по всей вероятности удельные князья (в первую очередь Тверские), недовольные союзом митрополита с Москвой, донесли хану, что митрополит обладает огромными денежными средствами. Джанибек, бывший уже мусульманином, был, естественно, менее терпим к Православной Церкви, чем его предшественники. Он чуть было не лишил Русскую Церковь ее привилегий, требуя дани и от духовенства. Феогност проявил весь свой дипломатический талант и чисто византийскую изворотливость, но все же сумел отстоять свободу Русской Церкви от выплаты «выхода» в Орду. Сообщали, что Феогност израсходовал на взятки монгольским чиновникам и придворным около 600 рублей, чтобы сохранить привилегии митрополии. Так что видно, куда шли деньги, которые копил митрополит. В результате мнимой «скупости» своего Предстоятеля вся Русская Церковь могла спокойно продолжать свою деятельность, не заботясь о выплате дани для Орды.
Много неприятностей святителю Феогносту причиняли проблемы, связанные с новыми попытками нарушения единства Русской Церкви. Едва лишь он добился в самом начале своего правления закрытия Литовской митрополии, как вновь Галицкие князья уже в последние годы существования своего княжества вновь добиваются от патриарха Исайи открытия Галицкой митрополичьей кафедры. Это произошло при последнем князе из дома галицких Даниловичей — Юрии II Андреевиче (1324-1336). В 1331 г. под актами Константинопольской патриархии ставит свою подпись новый митрополит Галицкий Феодор. Голубинский полагал, что это была инициатива не слабовольного Юрия, а его тестя — Гедимина Литовского, — в державе которого митрополия была закрыта с мотивировкой немногочисленности христиан в Литве и отсутствием надобности в самостоятельной митрополии. В то же время Гедимин не оставил попыток оторвать своих православных подданных от Москвы. Тем более, что хищный Литовский князь, вероятно, имел виды и на Галицию после того, как он завоевал большую часть Волыни.
Феогност энергично принялся за дело ликвидации Галицкой митрополии. В 1330-1332 гг. он сам побывал в этой «горячей точке». Здесь митрополит Киевский при участии почти всех архиереев Западной Руси Владимиро–Волынского, Холмского, Перемышльского, Галицкого и Полоцкого — поставил епископов Новгородского и Тверского. Тем самым он подтвердил свою юрисдикцию над всей Русью. Отсюда, с Волыни, Феогност отправил в Константинополь послов с требованием упразднения митрополии Галича. В 1332 г. он по этому поводу самолично прибыл в Царьград и добился своего: митрополит Галицкий вновь был низведен до степени простого епископа в юрисдикции Феогноста.
Едва затихшая галицкая церковная смута вновь вспыхнула через пятнадцать лет. Около 1346 года епископ Галицкий вновь приходит в Царьград и, воспользовавшись нестроениями в самой Византии, добивается своего утверждения митрополитом. Этому немало способствовали споры о фаворском свете, которые велись между сторонниками св. Григория Паламы и Варлаама Калабрийского. Скорее всего патриарх Иоанн XIV, сторонник Варлаама и его рационалистической теории, открыл вновь митрополию в Галиче в пику исихасту Феогносту. Кроме того, здесь могло сказаться и влияние Рима: не сумев ввести унию при Данииле Галицком, латиняне не могли не сознавать, что постепенный отрыв Галиции от Руси в церковном отношении облегчит впоследствии ее совращение в католичество. Подобную схему Ватикан в будущем еще не раз применит на Западе Руси. Влияние католицизма в Галиции в 1330-40-х гг. сильно возросло. Этому в немалой степени способствовал последний самостоятельный Галицкий князь Юрий III. Он был потомком Даниловичей по линии матери — княжны Марии, правнучки Даниила Галицкого. Отцом Юрия, носившего ранее в католичестве имя Болеслав, был польский князь Тройден Мазовецкий. Болеслав перешел в Православие ради наследования Галицкого княжения после смерти последних прямых наследников династии Даниловичей. Но в душе Болеслав-Юрий оставался все тем же католиком. Он наводнил Галицию поляками, чехами и немцами, привел ксендзов и католических монахов, открыто попирал все русское. Это в конце концов стоило ему жизни: около 1339 г. Болеслава-Юрия отравили заговорщики-бояре. В 1340 г. Галиция была захвачена королем Польши Казимиром III Великим. Но удержать новые земли король не смог: поднялось антипольское восстание. Затем почти целое десятилетие за право обладания Галицией вновь борются различные группировки бояр, некоторые из которых в погоне за властью вступают в тесный союз с поляками и венграми. Во время этой смуты и происходит вновь образование Галицкой митрополии. Возможно, что этому поспособствовал также и новый великий князь Литовский Ольгерд, сын Гедимина (княжил с 1345 по 1377 гг.).
В состав Галицкой митрополии (открываемой уже в третий раз) вошли епархии на территории Галиции и Волыни, а также земли Литовской Руси, подвластные Ольгерду, а именно: Владимиро-Волынская, Холмская, Перемышльская, Луцкая, Туровская и Полоцкая епископии. Феогност вновь протестовал против нового разделения Русской Церкви. Митрополита поддержал князь Московский Симеон Гордый, сын Калиты. Однако, добиться успеха Киевский митрополит смог лишь после того, как в Константинополе к власти в 1347 г. пришел император Иоанн Кантакузен, а патриархом стал паламит Исидор Вухир. Они отменили решение об открытии Галицкой митрополии. Особым хрисовулом император, а затем и патриарх утверждали на вечные времена незыблемость единства Русской Церкви. Галицкая митрополия называлась в этих документах нововведением, нарушающим обычай. Послания с изложением вопроса об упразднении Галицкой митрополии были отправлены в Москву Симеону Гордому и Феогносту, а также Любарту в Луцк. Последнего просили впредь почитать своим единственным митрополитом Феогноста. Смута вновь улеглась. А сам митрополит Феогност приезжал на Волынь для устроения церковных дел.
К подобным прецедентам, к сожалению, стали постепенно привыкать. Смуты в Константинополе и на Западе Руси много этому способствовали. Тем более, что вскоре Галиция была окончательно захвачена Польшей. Польские короли-католики были заинтересованы в отрыве православных галичан от единой Русской Церкви, чтобы затем легче было навязать им католицизм.