Удивительно, но всего через каких-то пять лет после упомянутого инцидента Иона выбирает своим преемником на Московской митрополии того самого Феодосия, которого недавно наказывал. Это, конечно, говорит об истинно духовном понимании вещей, которое отличало св. Иону. Прещение, наложенное на Феодосия, было следствием того трепетного отношения к аскезе, которое в целом было свойственно для русского монашества того времени, и к которому по своему внутреннему строю принадлежал сам Иона. Это очень показательно для понимания того, каким Православная Русь видела архиерейское служение. Оно не мыслилось здесь, в отличие от Запада, как некое феодальное бытие за счет Церкви. Владыки, принадлежавшие к Московской Церкви, при всей своей значимости в русском обществе того времени никогда не были по своему внутреннему облику горделивыми «князьями церкви».
Св. Иона не мог оставить без внимания нарушение столь важного для духовного облика архиерея аскетического момента, каковым, по его мнению, было строгое соблюдение поста. Отсюда его резкая реакция на послабление, данное Феодосием его пастве. Но когда митрополит лучше узнал Ростовского епископа, он смог убедиться, сколь замечательна в духовном плане эта личность. Иона скорее всего понял, что даже в инциденте с Богоявленским сочельником проявилось человеколюбие Феодосия, а отнюдь не пренебрежение к посту. Иона очень высоко ценил Феодосия, хотя и смирил его для его же пользы железными оковами. В нем митрополит увидел очень чуткого к своей пастве архипастыря, а потому и избрал своим преемником.
Одной из забот митрополита Феодосия стало положение дел в Новгороде. Здесь уже ощущали в полной мере, что Москва в самое ближайшее время объединит вокруг себя всю Русь, и тогда независимости Новгорода придет конец. Поэтому в Новгороде появляется партия сторонников перехода Новгорода под власть Литовского государя-католика. В этом политическом безрассудстве бояр-сепаратистов можно было усмотреть угрозу не только для государственного единства Руси, но и для Русской Православной Церкви. Тем более, что в Новгороде раздавались отдельные голоса и за переход в церковную юрисдикцию униата Григория Болгарина. К счастью, Новгородский архиепископ св. Иона, человек огромной духовной глубины и проницательности, умел обуздывать подобные настроения, за что и бывал нередко порицаем своей буйной паствой. Феодосий всячески поддерживал Иону, направляя свои грамоты в Новгород. В них митрополит также предупреждал новгородцев от уклонения в подчинение Григорию. Чтобы не усугублять и без того сложную обстановку в Новгороде, Феодосий вынужден был вновь отказать псковичам, ходатайствовавшим об учреждении во Пскове отдельной от Новгорода епископской кафедры. Митрополит увещевал псковичей подчиниться Ионе Новгородскому.
Феодосий, взойдя на Московскую Первосвятительскую кафедру, как и в Ростове, старался всячески улучшить быт и нравы клириков и своей многократно увеличившейся паствы. Это, возможно, было связано и с тем, что продолжатели стригольнической ереси, указывая на отдельные примеры, обвиняли русское духовенство в нравственной порочности, из чего делали вывод и о его безблагодатности.
Митрополит Феодосий недолго возглавлял Русскую Церковь, так как столкнулся с сильнейшим против себя возмущением и негодованием, особенно со стороны низшего русского духовенства. Ропот был вызван весьма строгими мерами, которые митрополит предпринимал, дабы оздоровить нравы приходского духовенства. В частности, Феодосий намеревался в очередной раз решить проблему вдовых священников, так как некоторые из них вели себя далеко не самым лучшим образом. Поэтому Феодосий вновь подтвердил правило, которое обязывало овдовевших священников уходить в монастырь и принимать постриг. Тех же, у кого из вдовых попов обнаруживалась сожительница, Феодосий и вовсе, согласно канонам Церкви, велел извергать из сана. Феодосий решил ужесточить каноническую дисциплину, полагая, что тем самым он оздоровит духовно-нравственную атмосферу в Церкви и обществе. Увы, оказалось, что сделать это было невозможно, потому что храмов на Руси было очень много, а подготовленного духовенства крайне мало. Часто на приходах некому было служить, кроме вдового священника, которого теперь необходимо было отправлять в монастырь. В результате народ возмутился против митрополита за его ригоризм. Феодосий очень расстроился, видя, что между ним и его паствой нет единомыслия. Не желая слушать упреков в свой адрес и видеть, что между ним и народом церковным нет взаимопонимания, митрополит добровольно оставил Первосвятительскую кафедру и ушел на покой, считая, что архиерейская совесть предполагает только такое решение проблемы.
Оставив митрополию и вновь ведя жизнь простого монаха в Чудовом монастыре, где он когда-то был игуменом, бывший митрополит почти всю свою оставшуюся жизнь (прожил он еще 11 лет) посвятил уходу за неким немощным старцем, что весьма высоко характеризует Феодосия в духовном плане. Скончался Феодосий в 1475 г. в Троице-Сергиевой Лавре, куда он перешел незадолго до смерти. Бесспорно, Феодосий (Бывальцев) был выдающейся личностью. К сожалению, о нем мало что известно: быть может, вновь-таки в силу его исключительного смирения и краткости митрополичьего служения. Феодосий не был причислен к лику святых, но оставил по себе весьма добрую память.
Преемник Феодосию был избран на Архиерейском Соборе в Москве в ноябре того же 1464 г., когда прежний Первосвятитель покинул митрополию. Новым митрополитом Московским и всея Руси стал Филипп I, ранее занимавший Суздальскую кафедру. Последняя была именно Филиппом по его избрании на митрополию передана бежавшему от униата Григория епископу Черниговско-Брянскому Евфимию. Филипп возглавлял Русскую Церковь в 1464-1473 гг.
При митрополите Филиппе I вновь резко обозначились нестроения в Пскове и Новгороде. Псковичи снова требовали себе епископа, и их волнение с трудом удалось унять св. Ионе Новгородскому. В самом Новгороде с 1470 г., после смерти св. Ионы, также началось брожение. Ионе был традиционно, по жребию, избран преемник — ризничий почившего архиепископа Феофил, который и должен был отправиться в Москву на поставление. Однако в Новгороде в это время к власти пришла партия знаменитой посадницы Марфы Борецкой, которая держалась пролитовского курса и намеревалась отложить Новгород от великого князя Московского. К Марфе примкнул один из неудачливых кандидатов на архиепископство монах Пимен, бывший ключник Ионы. Пимен успел изрядно наворовать из архиерейской казны, а потому сумел купить себе расположение многих новгородцев. Беспринципный карьерист, он заявил, что готов ехать на поставление к Григорию Болгарину в Киев. Между тем, в том же 1470 г. Григорий отрекся от унии и был признан Константинопольским патриархом Дионисием в качестве митрополита всея Руси, так как Московских Первосвятителей патриарх не признавал. Дионисий направил в Литву, Новгород и Москву грамоты с требованием признания Григория законным митрополитом Константинопольской юрисдикции. Иоанн III написал в Новгород знаменитое послание, в котором приводил уже ставшими традиционными аргументы, подкреплявшие сомнение в истинности Православия греков и обосновывавшие необходимость перехода Русской Церкви к независимости от Константинополя-Стамбула. Иоанн III написал Ионе слова относительно патриарха Дионисия, ставшие впоследствии «крылатыми»: «…не требую его, ни его благословенья, ни его неблагословенья, имеем его от себя, самого того патриарха, чюжа и отреченна».
О восстановлении Православия в Литовской Руси у нас еще будет отдельный разговор. Пока же заметим, что угроза перехода Новгорода в юрисдикцию Григория после его отречения от унии тем самым еще более возросла. При этом отказ самого Григория от унии еще не означал, что угроза обращения Новгорода в католичество исчезала: признав над собой власть монарха-католика, Новгород скорее всего рано или поздно был бы совращен в унию, как это позднее произошло с западно-русскими землями.