Эпизод с осуждением Новгородского владыки показателен и в том смысле, что он уже весьма выпукло выявил новую расстановку акцентов в отношениях между властями светской и духовной. Внутрицерковное дело, казалось бы, разбиралось в соответствии с канонами — соборно и по справедливости, но во всем этом инциденте уже совершенно явственно проявляется со стороны великого князя тенденция к диктату в церковной жизни. Государь требует суровой кары для Новгородского епископа не только за обиду, нанесенную преп. Иосифу, но более за то, что тот дерзнул пойти против монаршей воли. Отсюда и жестокость, с которой обошлись с Серапионом, ничуть не меньшая той, которую он сам ранее проявил в отношении Иосифа. В этом деле Василий не столько ратовал за справедливость, сколь утверждал свое единодержавие, распространяемое уже и на сферу внутрицерковную.
Дело владыки Серапиона было последним наиболее значительным событием времени правления митрополита Симона. После 16 лет первосвятительского служения на Московской кафедре он скончался в 1511 г. Преемником митрополита Симона стал Варлаам, бывший прежде архимандритом московского Симонова монастыря. Митрополитов Зосиму и Симона как указанных великим князем кандидатов пусть и формально, но все же избирали епископы на соборе. Поставление митрополита Варлаама было осуществлено уже простым назначением его на кафедру, которое осуществил великий князь Василий Иоаннович. Ни о каком избрании в данном случае источники не упоминают вообще. Искаженное понимание византийского преемства Василием III привело к тому, что в отношении государя к Церкви окончательно закрепился стиль диктата, начало которому положил еще Иоанн III. Вообще же Василий Иоаннович уже вполне сознает себя самодержцем, царем всея Руси, хотя этот титул еще и не закреплен за ним официально. К сожалению, становление имперского сознания на Руси почти одновременно приводит помимо бесспорно позитивных моментов и к тем осложнениям в отношениях Церкви и государства, которые были характерны и для империи Ромеев. Самодержец не желает видеть рядом с собой сильного и авторитетного митрополита. И едва лишь Русь оформляет идею Третьего Рима (о ней еще будет сказано подробнее позже), как проявляется и оборотная сторона этой великолепной медали — политика государя в отношении Русской Церкви становится по-византийски гораздо более жесткой. Проблема заключается здесь не в самом желании монарха принимать участие в делах церковного управления, что в общем-то вполне нормально, а в том, что государство стремится подчинить себе Церковь, бюрократизировать ее, сделать своей подконтрольной частью вопреки православному экклезиологическому принципу: Церковь есть царство не от мира сего. Как показывает пример Иоанна III и Василия III, покушение государства на церковную жизнь началось задолго до Петра Великого. Петр не был новатором в этом вопросе, он лишь многократно ускорил темпы и увеличил масштабы принуждения, которому государство подвергало Церковь.
Василий III во время своего правления уже не только по своей воле поставлял Предстоятелей Русской Церкви, но и дерзал самочинно смещать митрополита всея Руси. Тем более это касалось епископов. Митрополит Макарий (Булгаков) в своей «Истории Русской Церкви» сделал такое замечание: при Иоанне III государем был удален с кафедры только один митрополит — еретик Зосима Брадатый. Причем вполне оправданно и без возражений со стороны иерархии. Василий III удалил также одного, но уже целиком своей волей, без согласия епископата. Иоанн IV Грозный свел с кафедры уже трех (причем один из них был умерщвлен по указу царя!), не считая тех двух, которые удалены были при его малолетстве происками бояр. И даже при кротком и набожном царе Феодоре Иоанновиче по внушению Бориса Годунова был сведен с митрополичьей кафедры владыка Дионисий. То есть весь XVI век проходит под знаком нарастающего давления государства на Церковь. Так что с беспрецедентного поставления Василием III митрополита Варлаама без соборного избрания по сути начался совсем новый этап во взаимоотношениях государей и Предстоятелей Русской Церкви.
Митрополит Варлаам возглавил Русскую Церковь в 1511 г. О нем сохранилось совсем немного сведений, но все же можно полагать, что это была личность незаурядная. Варлаам, бесспорно, был настоящим монахом-аскетом. Посол императора Максимилиана Габсбурга Сигизмунд Герберштейн называл митрополита «мужем святой жизни». Варлаам был близок по своим убеждениям к «нестяжателям» — заволжским старцам, к традиции преп. Нила Сорского. Василий III, по всей вероятности, остановил свой выбор именно на Варлааме, так как надеялся повторить предпринятую Иоанном III попытку изъятия церковных земель. Митрополит-нестяжатель мог, по мысли Василия III, поспособствовать государю в этом деле. Укрепление и расширение своего самодержавия, в том числе и в церковной жизни, для Василия было важнее секуляризации монастырских вотчин. Но в этом государь и новый митрополит так и не смогли найти общего языка. Варлаам, как показало его десятилетнее правление, четко разграничивал духовную и государственную сферы и отнюдь не желал идти на поводу у великого князя.
Время правления Василия III (1505-1533 гг.) было характерно тем, что процесс объединения русских земель вокруг Москвы практически завершился. Во многом это стало возможно благодаря той активной поддержке, которую оказывала государству Церковь. Величие и мощь Московской державы столь возросли, что не только земли Северо-Восточной Руси объединились под властью московской династии, но ряд областей был отвоеван у Литвы в ходе войн 1507-1508 и 1512-1522 гг. В целом же при Василии III к Москве удалось окончательно присоединить Псков (1510 г.) и Рязань (1521 г.), а также отнять у Литовского княжества Смоленск (1514 г.) и установить власть Московского государя над рядом северских княжеств. Смоленская епархия, соответственно, была вновь присоединена к Московской митрополии.
Во время святительства Варлаама несколько смягчилось недоверие русских к грекам, уже почти традиционное после Флорентийской унии и разрыва с Константинополем. Вообще для нестяжателей как монахов преимущественно созерцательного направления характерно было возрождение контактов с афонскими исихастами: это, вероятно, восходит отчасти к давней традиции такого центра нестяжательства, как Кубенский монастырь (здесь с XIV в. подвизались греческие иноки), отчасти к традиции преп. Нила, учившегося у афонских старцев непосредственно. Многим позднейшим иосифлянам, напротив, была свойственна известная доля грекофобии. На ее фоне, в антитезе поверженным турками грекам, мыслится некоторыми иосифлянами представление о Москве как Третьем Риме. Однако при митрополите-нестяжателе Варлааме расширяются связи с Афоном и другими духовными центрами Православного Востока. Именно при Варлааме в Москве задумывается грандиозный цикл переводов произведений святоотеческой письменности, и с этой целью сюда прибывает с Афона в 1518 г. преп. Максим Грек.