Таким образом, в лице митрополита Даниила мы видим первого в истории Русской Церкви Предстоятеля, который целиком подчиняется государственной власти, становится ее слугой. Его церковное правление — это поворотный пункт во взаимоотношениях Церкви и государства на Руси. Ни о какой симфонии уже не было и речи. Власть государя не совладала с искушением подчинить себе власть митрополита. Авторитет Первоиерарха также очень сильно упал в глазах русских людей. Как это бывало всегда, прекращение внешних испытаний оказалось чревато для Церкви внутренним ослаблением и застоем. Государство довершило дело установлением диктата над Церковью. Именно это привело к появлению на Руси такого рода иерархов, каким был митрополит Даниил.
Не более радостными были в правление Даниила и его деяния, касавшиеся непосредственно церковных вопросов. Главным, в чем он проявил завидную энергию и упорство, явилась его борьба со всеми, кого он считал своими противниками — идейными или личными (Даниил, впрочем, этих понятий не разделял). Среди жертв митрополита на первом месте стоят его оппоненты — нестяжатели. И хотя иосифлянство Даниила — это по сути уже пародия на убеждения преп. Иосифа, — в нем не осталось ничего подвижнического, но гнать и бить нестяжателей Даниил считал своим прямым долгом. Тем более, что личные мотивы здесь играли не меньшую роль. Подробнее на этом вопросе мы еще остановимся несколько позже, когда речь пойдет о преп. Максиме Греке и Вассиане Патрикееве.
В декабре 1533 года великий князь Василий Иоаннович скончался. Он оставил регентшей при 3-летнем наследнике, будущем Иоанне Грозном, его мать — Елену Глинскую. Даниилу Василий поручал опеку над Еленой и Иоанном, что заключалось в формальном поставлении его во главе боярской думы. Однако парадокс заключался в том, что Василий сначала с помощью Даниила лишил Русских митрополитов реального влияния и даже авторитета, а при кончине своей взвалил на Предстоятеля Русской Церкви такое тяжкое бремя правления, понести которое было под силу лишь личностям уровня св. Алексия, время которых давно минуло. Быть может, если бы Русскую Церковь возглавлял не Даниил, а кто-то другой, авторитет митрополичьей власти в такой ситуации еще удалось бы поднять. Но Даниил остался верен себе: привыкший угождать и интриговать, он неминуемо включился в борьбу боярских партий, и в итоге все закономерно окончилось его низложением. Власть Елены Глинской была слаба, начался период полнейшего боярского своеволия. Различные боярские партии боролись в думе за власть, а митрополит, не привыкший к самостоятельной деятельности, лишь пассивно решал, к кому из бояр примкнуть, чтобы удержаться. Митрополит стал потворствовать их самым неприглядным делам, желая заручиться поддержкой великой княгини Елены, ее фаворита — боярина князя Овчины-Оболенского и других сильных бояр. Так, например, Даниил не сказал ни слова в защиту Дмитровского князя Юрия Иоанновича, брата Василия III. Князь некогда много помогал Иосифо-Волоцкому монастырю, игуменом которого был Даниил, но даже память об этом не подвигла митрополита защитить опального Юрия, которого посадили в тюрьму и там уморили. Еще менее достойно повел себя Даниил в деле изведения другого брата Василия III — князя Андрея Иоанновича Старицкого. Митрополит, идя навстречу пожеланиям Елены и ее бояр, звал князя Андрея прибыть в Москву, обещая, как и в случае с Шемячичем, полную неприкосновенность. Мало того, Даниил угрожал князю церковным отлучением в случае неявки. Но Андрей уже прекрасно знал, с кем имеет дело, а потому ударился в бега, но был пойман и заточен в темницу.
Став послушным орудием в руках бояр, Даниил не решался защищать и интересы Церкви, на которые все более посягали временщики. Елена Глинская и ее бояре издали распоряжение, согласно которому монастырям запрещалось покупать новые земли или принимать их в качестве вкладов без разрешения правительства. Митрополит, несмотря на свою видимую принадлежность к кругу иосифлян, вновь исправно молчал. При Данииле впервые с духовенства начинают собирать подати. В частности, в 1534 г. сбор денег с митрополита и духовенства был осуществлен в Москве и Новгороде, что объяснялось якобы имевшейся необходимостью строительства новых городских укреплений. Также впервые собираются с Церкви средства якобы на выкуп пленных из татарской неволи. В 1536 г. была предпринята новая попытка конфискации церковных земель. Это опять случилось в Новгороде, где у монастырей и приходских храмов были отписаны на казну пожни, которые тут же были сданы прежним владельцам в аренду. В конце концов, митрополит своим сервилизмом заслужил себе презрение даже со стороны тех, чью благосклонность он намеревался заслужить. С ним просто перестали считаться.
Однако Даниил еще держался на кафедре, пока была жива Елена Глинская, которая продолжала покровительствовать ему, ибо не могла забыть услуги — благословения Василия III на второй брак. Но она умерла в 1538 г., будучи по всей вероятности отравленной кем-либо из бояр. 8-летний Иоанн IV, естественно, не мог еще править самостоятельно, и вся власть была Еленой перед кончиной передана боярской думе. Поэтому после смерти великой княгини борьба бояр приняла особенно острый характер, и Даниилу нужно было выбирать — на чью сторону встать. Соперничество развернулось главным образом между партиями князей Шуйских, с одной стороны, и князя Ивана Бельского — с другой. Сначала возобладал князь Василий Шуйский. Затем соперником ему стал Иван Бельский. Даниил должен был определиться, с кем ему быть. Митрополит сделал ставку на Бельского, но победили Шуйские, отправившие Бельского в тюрьму. Так что при всей своей изворотливости на этот раз Даниил потерпел фиаско. Правда, Василий Шуйский не успел сместить Даниила, так как сам вскоре умер. Но взявший в свои руки бразды правления брат Василия — князь Иван Шуйский сместил Даниила в феврале 1539 г. Низложенный митрополит был отправлен туда, откуда был взят на первосвятительскую кафедру — в Иосифо-Волоцкий монастырь, где он ранее столь успешно держал в заключении своих противников.
На место Даниила был поставлен митрополит Иоасаф (Скрипицын). При этом отречение Даниила было оформлено задним числом. Уже в монастыре его принудили написать грамоту, в которой он отрекался от митрополичьей кафедры. Даниил написал: «Рассмотрех разумения своя немощна к таковому делу и мысль свою погрешительну и недостаточно себя разумех в такых святительских начинаниях, отрекохся митрополии и всего архиерейского действа отступих». Но прежде, нежели Даниил написал все это, в течение двух месяцев на Руси юридически было два митрополита — Даниил и Иоасаф. Показательно, сколь мало сильных мира сего смущало в эту ужасную пору боярского произвола беззаконие, которое творилось теперь уже не только в государстве, но и в Церкви. Даниил пожал плоды своего неумеренного угодничества перед властями. В Иосифо-Волоцком монастыре бывший митрополит скончался в 1547 г., дожив до венчания на царство Иоанна Грозного. Это тоже в известной степени символично: поставлена последняя точка в иосифлянской идеологии Третьего Рима. Но сказалось вырождение самого иосифлянского направления в лице Даниила — величие православной монархии парадоксально соседствует с ее трагедией, и первый русский православный царь становится первым тираном Русской земли.
Справедливости ради следует признать все же одно положительное качество за Даниилом — его бесспорный литературный талант. Он был весьма одаренным и плодовитым духовным писателем, хотя учил, по словам Голубинского, не делами, а словами. Он также являлся редактором так называемого Никоновского летописного свода. Доказано, что Даниил лично редактировал эту летопись. Митрополит Даниил был весьма высоко образованным для своего времени человеком. Сохранилось до двух десятков его проповедей, написанных мастерским слогом.