Однако Даниилу нужно было гарантированно уничтожить Максима, поэтому на обвинениях в ереси мстительный митрополит не остановился. В добавление ко всему Максим был обвинен еще и в колдовстве. «…Волшебными хитростьми еллинскими писал еси водками на дланех своих и распростирал длани свои против великого князя, также и против иных многих, волхвуя». Это обвинение в использовании магии было, безусловно, самым несуразным, но при этом почти наверняка смертельным — подсудимого после этого вернее всего мог ждать только костер. Однако нелепость этих обвинений в отношении преп. Максима Грека, их явная несообразность со всем его духовно-нравственным обликом были столь очевидны, что Собор, признав его еретиком и политическим преступником, тем не менее, не дерзнул осудить грека на казнь как чернокнижника. Решено было ограничиться отлучением от Церкви и пожизненным тюремным заключением, хотя и это было не только несправедливостью, но и большой жестокостью по отношению к очевидно невиновному монаху.
Печально, но к этому времени Русь к подобным вещам начинает привыкать. Трагическая участь Максима показала, что на Руси при Василии III начинает исчезать адекватное православное представление о соборности. Соборы формально созывают, но на деле они, как в случае с Максимом Греком, уже являются чистой фикцией, послушно штампуя те решения, которые угодны государю и раболепствующему пред ним митрополиту.
Осудив Максима столь жестоко, Даниил, однако, не утолил вполне своей жажды мести. Вероятно, желая как можно полнее и жестче претворить в жизнь соборное осуждение и в дальнейшем всегда иметь удобный повод для новых нареканий на Максима, митрополит определил местом заключения ученого инока свой Иосифо-Волоколамский монастырь. Там Максим Грек претерпел, как он впоследствии писал, «мразы и дымы, и глады», находясь в монастырской тюрьме в тяжелейших условиях. Подельщик Максима — архимандрит Савва — тоже был заключен неподалеку, в Волоколамском Возмищенском монастыре.
Максим пробыл в своем первом заточении почти 7 лет. А в 1531 г. состоялся новый соборный суд, к которому Максим Грек первоначально был привлечен в качестве свидетеля по делу князя-инока Вассиана Патрикеева. Великий князь наконец-то отдал своего бывшего любимца и родственника на расправу митрополиту. Вассиан, бывший идейным и личным противником Даниила, однако, ранее избегал его мести за счет благоволения, которое ему по-родственному оказывал Василий III. Но как только Вассиан позволил себе неодобрительные отзывы о разводе и втором браке государя, поддержку в лице монарха Патрикеев мгновенно потерял.
Вассиан Патрикеев (род. около 1470 г., умер после 1531 г.) был очень знатным боярином из княжеского рода, который вел свое происхождение от Гедимина и состоял в родстве с правящей Московской династией. Оказавший поддержку внуку Иоанна III Димитрию Иоанновичу Патрикеев был насильно пострижен в Кирилло-Белозерском монастыре после того, как Димитрий был подвергнут заточению, а наследником престола объявлен сын Софьи Палеолог Василий. Вассиан со своим новым модусом бытия вполне смирился, хотя, как утверждали современники, и в монашестве отличался вполне боярскими чертами поведения. Иван Грозный позднее иронически замечал, что «нестяжатель» Патрикеев ел на серебре и пил мальвазию. Но теоретически он был сторонником учения преп. Нила Сорского и других нестяжателей, хотя обусловлено это было скорее всего чисто политическими мотивами. Сам смиренный старец-исихаст Нил политикой никогда не занимался. Но его последователи — нестяжатели позднейшего времени активно включились в политическую борьбу и встали в оппозицию линии уже столь же политизированных иосифлян. Государь сначала благоволил к нестяжателям, не без дальней мысли использовать их взгляды как идейную платформу для столь желанной секуляризации церковных земель. Однако вскоре великий князь переменил свои симпатии. Среди идеологов нестяжательства было немало тех, кто поддерживал старые удельные порядки. Иосифляне же, напротив, были приверженцами единодержавной линии, иногда вплоть до готовности подчинить Церковь власти государя, как это наглядно показал Даниил. Поэтому Василий в конце концов склонился на сторону иосифлян. Князь-инок Вассиан, правда, еще долго сохранял хорошие отношения с великим князем, будучи его родственником, и продолжал при этом выступать против митрополита Даниила и церковного землевладения.
Но в конечном счете пал и Вассиан. Даниил, наконец, успешно привлек к суду и его. Митрополит не стал придумывать нового сценария для осуждения князя-инока, а употребил уже опробованный на Максиме и вполне оправдавший себя способ — Вассиана тоже обвинили в ереси, колдовстве и преступлениях политического характера. Правда, справедливости ради следует отметить, что в творениях Вассиана действительно обнаружились серьезные заблуждения. Обвинив Вассиана, привлекли к суду как свидетеля Максима Грека. А привлекая, заодно еще раз обвинили и самого Максима. К этому времени умер турецкий посол Скиндер, и в его бумагах, изъятых великокняжеской администрацией, обнаружились письма Максима с довольно нелестными для Москвы отзывами. И хотя вроде бы ничто не свидетельствовало о шпионаже, но все новые материалы успешно присовокупили к делу. Ставили Максиму в вину и отсутствие покаяния после первого осуждения. Это было действительно так, ибо никакой вины за собой ученый инок не чувствовал. Максим до крайности раздражал Даниила своим упорством и нежеланием просить пощады, и в монастырском заточении утверждая, что «заключили его без вины, что он не знает за собой ни одного греха».
На суде 1531 г. Максиму добавили и за обнаруженные дополнительно к прежним новые грамматические ошибки, которые опять-таки громко объявлялись ересью. То он вместо выражения «бесстрастное Божество» писал «нестрашное Божество», то вычеркивал из славянского текста книги Деяний слова, которых не было в греческом подлиннике, то опять-таки по аналогии с греческой грамматикой оплошно пропускал повторное отрицание «не» в одном из анафематизмов св. Кирилла Александрийского. Вероятно, Максим попытался на суде защищаться и вновь по наивности затронул вопрос о допущенных на Руси ошибках, а, возможно, и о невежестве митрополичьих судей. Во всяком случае, соборный суд 1531 г. обвинил грека в том, что он «возводит хулу на русских чудотворцев и на Русскую Церковь».
Новым, однако, при повторном судилище было то, что Максима теперь обвиняли в проповеди нестяжательства. При этом ему было приписано многое из того, что в реальности говорилось отнюдь не им, а Вассианом. И хотя конечная формула нового приговора Максиму неизвестна, но представление о том, что взгромоздили на бедного грека, можно сделать из укора, который Даниил сделал судимому вместе с Максимом русскому переводчику Михаилу Медоварцеву. Даниил говорил ему, что он написал писания «хульная и еретическая и во многие люди и народы сеюща и распространяюща жидовская и эллинская учения и арианская и македонианская и прочая пагубная ереси». Подобные несуразные и взаимоисключающие обвинения, конечно, не свидетельствовали о высоте богословского уровня самого Даниила. Те же участники собора, кто был на голову выше остальных, увы, тоже принуждены были молчать: наступили новые для Русской Церкви времена (в частности, это можно сказать об архиепископе Макарии Новгородском, который станет потом митрополитом). Так что на соборе 1531 г. все единогласно постановили, что Максим и Вассиан виновны. Причем то, что за Вассианом действительно можно было найти немало достойных осуждения моментов, придавало суду видимость справедливости.
После разбирательства 1531 г. Вассиана Патрикеева заточили в Волоколамский монастырь. Максима же, чтобы «заговорщики», «чародеи» и «враги Церкви» не могли общаться, переводят в другое место — в Тверской Отрочь монастырь, под надзор Тверского епископа Акакия. Там он пробыл еще 20 лет в заточении, но в условиях более мягкого, чем прежде, режима. Акакий был человеколюбивым архиереем. Купно с другими епископами осудив Максима, он едва ли всерьез верил в его виновность. Акакий разрешил Максиму писать, что было запрещено в течение первых 7 лет его заточения. В Тверском Отроче монастыре Максим закончил написание канона Святому Духу Параклиту (работу над ним он начал еще в волоцкой тюрьме, где писал углем на стене). Всего Максим, собиравшийся в Москву ненадолго, прожил в России 38 лет. Из них почти 27 — в заключении. Только в 1551 году его перевели в Троице-Сергиев монастырь и освободили, но из России так и не выпустили. Впрочем, он уже был настолько стар, что это едва ли было возможно.