В конце 1543 г. 13-летний Иоанн впервые показал, что из пережитого в детские годы он ничего не забыл и не простил. Умный отрок прекрасно разобрался к этому времени в рабской психологии бояр и понял, что самым действенным средством против всех этих заносчивых княжат является жестокость, способная поселить в их душах животный страх. Иоанн решил впервые показать всем, кто настоящий хозяин Руси. Когда первый среди бояр — князь Андрей Шуйский — по привычке задумал дерзить молодому государю, Иоанн неожиданно кликнул псарей и велел увести наглеца. Вскоре тело Шуйского было найдено на заднем дворе великокняжеских хором. Ближайшее окружение Шуйского было отправлено в ссылку. С ужасом бояре поняли, что пока они ссорились и дрались у престола, на Руси вырос новый государь, обещавший стать не меньшим самодержцем, чем его дед и отец. Кстати, в эпизоде с Шуйским Иоанн впервые проявил и те черты, которые впоследствии будут постоянно сопровождать все его жестокости — злую иронию и склонность к лицедейству: великий князь объяснил боярам, что псари его, дескать, недопоняли — он-де лишь велел заточить Шуйского, а они его зарезали. Разумеется, от такого пояснения страх перед молодым великим князем стал еще большим. Былые наглость и властолюбие вчерашних хозяев страны мигом улетучились, и они, как и во времена Иоанна III и Василия III, вновь стали по-холопьему пресмыкаться перед тем, кого еще вчера унижали и травили. Страх перед Иоанном становился тем сильнее, чем больше ощущалось непостоянство государевой милости. А примеры были весьма наглядные: боярину Бутурлину был урезан язык «за невежливые слова» (как скромно отмечает автор Львовской летописи под 1545 г.); возвращенный ко двору прежний любимец Иоанна Феодор Воронцов вскоре был обезглавлен вместе с своим племянником Василием Воронцовым и князем Иваном Кубенским. Простому люду Иоанн тоже преподает весьма наглядный урок, когда псковичи вздумали жаловаться на государева наместника князя Турунтая-Пронского, от своеволия которого зело страдали. Вместо наказания боярина последовала расправа с 70-ю жалобщиками: Иоанн «опалился на псковичь, их бесчествовал, обливаючи вином горячим, палил бороды и волосы да свечею зажигал и повелел их покласти нагих по земли».
Однако, надо отметить, что при всей своей природной жестокости Иоанн был необыкновенно одаренной натурой. Генетически это тоже вполне объяснимо — в нем смешалась кровь московских Рюриковичей, греков Палеологов и литвинов Глинских, которые к тому же происходили от татарина Мамая. Столь разноплеменное смешение наследственного материала всегда чревато, с точки зрения генетики, т. н. явлением гетерозиса — особой одаренностью, если говорить применительно к человеку. У Иоанна был незаурядный государственный ум. Бесспорно, он рано начал задумываться над своим положением единственного в мире православного монарха-самодержца, осмыслять прошлое, и в первую очередь — опыт своих деда и отца. Когда государю минуло 16 лет, не без влияния св. Макария Иоанн осознал себя подлинным повелителем всея Руси и преемником православных византийских царей. В конце 1546 г. Иоанн приглашает митрополита Макария к себе. Между ними состоялась очень долгая беседа, после которой митрополит «вышел с веселым лицом»: Иоанн объявил святителю о своем желании венчаться на царство. Скорее всего к этой мысли его исподволь подтолкнул Макарий, убежденный сторонник идеи Третьего Рима, ревнитель престижа Русской Церкви и Русского государства. Можно думать, что у Макария во время его вынужденного бездействия в годы боярского правления вполне сложилась целая программа, направленная на оформление того нового статуса, который обрела Русь за последние полвека. Наследница Византии, Москва — Третий Рим уже реально являлась православным царством, а Русская Церковь — самой значительной в ряду Поместных Православных Церквей. Этот порядок вещей надо было теперь оформить организационно-канонически. Уже Иоанн III и Василий III именовали себя царями, но они не были венчаны на царство по византийскому обряду и не были признаны в царском достоинстве другими державами. Официальное венчание на царство, с которого начал свою деятельность Иоанн Грозный, было актом огромного политического значения. Кроме того, св. Макарий надеялся, что и сам Иоанн после венчания по-новому будет смотреть на свое призвание быть покровителем православных христиан всего мира, более серьезно отнесется к государственным делам.
Венчание на царство состоялось 16 января 1547 г. Святитель Макарий возложил на Иоанна Мономахов венец, крест и бармы. О всем совершившемся в Москве была послана грамота Константинопольскому и другим Восточным патриархам. Царский титул должен был быть воспринят и утвержден всей полнотой Вселенской Церкви. Уже Василия III многие иерархи православного Востока именовали в своих посланиях «царем». Иоанна IV патриарх Константинопольский Дионисий называл царским титулом в грамоте 1556 г. Однако на Руси ждали официального признания, о чем в Царьград ездил хлопотать архимандрит Феодорит. Специальная грамота о признании царского достоинства за Иоанном и его потомками, подписанная Константинопольским патриархом Иоасафом II, была получена в Москве в 1562 г. Православный мир окончательно признавал, что родилось Московское царство, преемствующее погибшей Византии.
Но отмечая огромную историческую значимость этого события, мы не можем закрывать глаза на те отрицательные моменты, которые с самого начала сопровождали появление новой православной монархии. Кому много дано, с того много и спросится: приняв на себя тяжкое бремя православного царства, Русь должна была быть достойна его. Но, увы, уже в лице своего первого царя Российская держава обрела не только установителя, но и нарушителя тех самых принципов, на которых должно основываться православное царство. Начало правления Иоанна, вдохновляемого св. Макарием и кругом ближайших друзей и сподвижников, было поистине блестящим. Но вторая половина царствования Иоанна Грозного, полная жестокостей, казней и всяческих отвратительных явлений, показала, что самые замечательные программы монархической власти не дадут положительного результата, если их претворение в жизнь не будет сочетаться с глубокой православной духовностью, носителем и гарантом которой должен выступать в первую очередь сам самодержец. К сожалению, подлинно духовная жизнь на Руси в это время все более угасала. Благодаря тирании Иоанна Грозного этот процесс духовного оскудения многократно ускорился. Опричнина с ее массовыми казнями и террором катастрофически обесценила человеческую жизнь, которая вопреки Евангелию перестала быть мерилом ценностей. Даже в «духовную пустыню» уже не могла убежать от надвигающейся бездуховности русская святость — она также быстро оскудевает: с этого времени все меньше и меньше имен преподобных видим мы в наших святцах. Зато увеличивается число юродивых, полностью порывающих связь с обществом, его устоями и нормами. Заметно становится и другое: формы обрядового благочестия, замечательные сами по себе и столь ценимые на Руси, уже не находят адекватного соответствия в духовной жизни русского общества, но начинают становится самоцелью. Отсюда и многие беды Руси в XVI–XVII вв., прежде всего — трагедии Смутного времени и старообрядческого раскола.