Но первоначально правление Иоанново складывалось замечательно, и ничто не предвещало его грядущей мрачной трансформации в опричную тиранию. Иоанн IV стал царем и решительно начал свою государственную деятельность. На это вдохновлял молодого царя св. Макарий. Надежной опорой Иоанна стала и его первая супруга. Венчавшись на царство в январе 1547 г., Иоанн 13 февраля того же года женился на Анастасии Романовне Захарьиной-Юрьевой, породнившись, таким образом, с боярским родом, который чуть позднее стал называться Романовыми. Женился он также по выбору митрополита. Анастасия отличалась необыкновенно кротким, светлым и благочестивым характером. Она в дальнейшем весьма благотворно влияла на своего венценосного супруга, но, к сожалению, прожила очень недолго — лишь 13 лет продолжался этот брак, столь счастливый и для самого Иоанна, и для его царства.
Пока были живы Анастасия и Макарий, Иоанну удавалось обуздывать свои отрицательные склонности, и он действительно добился замечательных успехов на государственном и военном поприще. Иоанн решительно изгнал из своего окружения тех, кто был связан с позорным правлением бояр-временщиков, приступил к мерам, направленным на водворение порядка в государстве. К этому подвиг его и страшный, невиданный по масштабам, пожар Москвы, приключившийся в июле 1547 г., в чем Иоанн увидел напоминание свыше о необходимости решительно взять бразды правления в свои руки. Государь доказал своему народу, что решительно принимается за свое царское служение, когда, как следствие пожара, в столице начался мятеж. Причиной его стал распространившийся по Москве слух о том, что пожар навели на столицу колдовством и волхованием князья Глинские, царева родня. Толпа растерзала князя Юрия Глинского, дядю Иоанна, после чего возбужденный пожаром и кровью народ пришел к загородному царскому дворцу в Воробьеве требовать выдачи княгини Анны Глинской на расправу. Однако Иоанн уже вполне уразумел к этому времени, как необходимо обращаться с народом, чтобы не только слушались, но и благоговейно трепетали перед грозной волей самодержца. Царь велел стрелять в толпу бунтовщиков, а затем вязать рассеявшихся смутьянов. Потом были казни. Но пока что Иоанн творит только необходимую жестокость — придет время, и тотальный опричный террор станет тем средством, благодаря которому уверовавший в Божественный характер своей автократии Иоанн сделает всеобщий страх основой своей безраздельной власти над Россией.
После пожара Москвы вокруг Иоанна появляются новые люди, надолго ставшие его соратниками. В его ближайший кружок, помимо митрополита Макария, вошли Благовещенский протопоп Сильвестр, окольничий Адашев, князь Курбский и ряд других деятелей, которые составили вокруг молодого царя т. н. «Избранную Раду». Именно в этом кружке принимались важнейшие для жизни страны решения, задумывалась программа реформ. Центральной фигурой в Раде был протопоп Сильвестр, переведенный Макарием в Москву из Новгорода и ставший царским духовником. Протопоп имел на молодого царя колоссальное влияние. Именно он убедил Иоанна в том, что пожар Москвы — это грозное знамение, которое послано, дабы убедить государя в необходимости больше радеть о благе державы и народа. Сильвестр постоянно напоминал Иоанну о той громадной ответственности, которую он несет перед Богом за вверенное ему царство, об ответе, который придется держать царю на Страшном Суде. Тогда это, вероятно, очень сильно действовало на сознание молодого Иоанна. Придет время, и погрузившийся в пучину своих кровавых страстей Грозный назовет все это «детскими страшилками».
В один год с царским венчанием состоялся и церковный Собор, первый в ряду так называемых Макарьевских Соборов. Он был посвящен канонизации новых русских святых. Следующий подобный Собор имел место в 1549 г. Оба эти канонизационных Собора, безусловно, находились в тесной связи с венчанием Иоанна IV на царство. Новое положение Русского государства как православного царства заставляло по-новому осмыслить и статус Русской Церкви как автокефальной, а теперь — и в связи с имперским достоинством Москвы. Москва — Третий Рим становилась столицей православного мира и, как первенствующая кафедра Русской Церкви, — духовным центром Православной Ойкумены. Это новое положение необходимо было подтвердить и оформить особыми актами канонизации русских святых, подвиг которых лежал в основании Русской Церкви и Московского православного царства. До святителя Макария в святцах значилось только 22 русских святых. Митрополит Макарий канонизировал 39 новых святых Русской Церкви на этих двух соборах (из них 30 — к общерусскому почитанию, а 9 — к местному). Большинство этих святых было уже известно православным верующим, они давно почитались на Руси как местночтимые. Среди новоканонизированных святых были, например, св. благоверные князья Всеволод Псковский, Александр Невский и Михаил Тверской, св. митрополит Московский Иона, святители Новгородские Никита и Нифонт, св. Стефан Пермский, препп. Зосима и Савватий Соловецкие, Михаил Клопский, Никон Радонежский, Дионисий Глушицкий, Савва Сторожевский, святые мученики Виленские Антоний, Иоанн и Евстафий и целый ряд других великих подвижников. Эти канонизационные Соборы имели огромное положительное значение для жизни Церкви, народа и государства. Помимо того мистического момента, который содержит каждая канонизация, Соборы 1547 и 1549 гг., безусловно, способствовали росту благочестия, оживлению церковной жизни, оздоровлению духовности русского народа.
Бесспорно, в соборных инициативах митрополита Макария, в его программе оживления церковной жизни сказалась личная святость Московского митрополита. Но преодолеть реалии времени наметившегося духовного упадка Руси было уже невозможно даже при всей удивительной активности великого святителя. И все же разносторонняя деятельность митрополита поражает. Макарий ревнует о возрождении соборного начала в церковной жизни. Макарьевские Соборы собирались регулярно — практически через каждые два года, а то и чаще. Митрополит стремится к соблюдению канонических норм. Даже в более ранние и более духовно здоровые периоды церковной истории Руси мы не видим такой регулярности в направлении реализации принципа соборности. Интересно также отметить, что по времени проведения канонизационные Макарьевские Соборы 1547 и 1549 годов совпадают со столетним юбилеем автокефалии Русской Православной Церкви. И хотя тогда на Руси специальные юбилеи еще не были приняты, обширные канонизации как бы подводили итог столетнему независимому бытию Московской митрополии. Кроме того, общерусские канонизации отражали и факт объединения русских земель в Московское царство, утверждали и скрепляли единство Церкви, государства и народа.
Продолжая в делах государственных начатое Макарием в сфере церковной, Иоанн, в свою очередь, проводит реформу местного управления, исправляет Судебник, начинает преобразования в военно-служилой и финансово-податной областях: это позднее приведет к отмене системы «кормлений» и упорядочению поместного землевладения. В 1550 г. Иоанн IV созвал Земский Собор — предприятие по тем временам исключительное. Царь держал речь к народу на Красной площади — это рождало невиданное доселе впечатление единения всего народа вокруг своего монарха. Впрочем, в это время это именно так, вероятно, и было — русский люд любил своего молодого, энергичного, жесткого (пока еще не жестокого), но справедливого царя и многого от него ожидал. Тем более, что свою речь Иоанн начал с обличения боярского своеволия и лихоимства. Расправы, однако, не последовало — царь призвал всех по-христиански простить друг другу обиды и впредь блюсти справедливость. Сам Иоанн обещал стоять на ее страже и призывал митрополита и иерархов обличать его, государя, если в чем он будет не прав. Адашев был приставлен царем к разбору челобитных, которые царь обещал принимать от каждого в случае утеснений и несправедливости.
Продолжением деяний Земского Собора, проведшего реформу государственную, по мысли царя, должен был стать Церковный Собор 1551 года (именуемый по традиции «Стоглавым» — по количеству глав в его соборном деянии), призванный подобным же образом упорядочить жизнь церковную. Иоанн IV в своей соборной речи так и формулировал задачу, поставленную перед Стоглавом — «исправление и утверждение веры и церковного благочиния в связи с царским благозаконием и земским устроением». После того, как на Соборах 1547 и 1549 гг. были решены вопросы чисто духовного порядка, нужно было заняться делами земного устроения Церкви, вопросами ее организации, проблемами утверждения церковного благочестия среди паствы. Карташев отмечает, что, утвердив на предыдущих Соборах духовное величие Русской Церкви, Стоглав мог теперь критически рассмотреть вопросы ее внутренней жизни, не опасаясь, что это вызовет соблазны и нестроения. Все эти вопросы церковной жизни одновременно были связаны и с государственными задачами времени утверждения православного царства. Поэтому Стоглавый Собор имел не только церковное, но государственное значение. Хотя сегодня, надо отметить, Стоглавый Собор вызывает весьма двойственное отношение к себе. В нем отразились одновременно и величие, и трагизм положения Русской Церкви и Русского государства той эпохи. Собор этот вызывал и доныне вызывает восторженное отношение историков к себе. Голубинский и Карташев, всегда настроенные остро критически, также восторгаются Стоглавым Собором, который впоследствии, в XVII в., был попросту отменен Церковью. Собор этот, пожалуй, можно сравнить с героическими усилиями, которые вызывают восхищение, хотя ясно, что сами по себе они не способны что-либо радикально изменить и привести к серьезным результатам. Так и Стоглав выглядит гигантским, но по большей части, к сожалению, «Сизифовым» трудом. Наверное, иначе в ту пору уже и быть не могло.