Дело о еретиках началось с того, что боярский сын Матвей Семенов Башкин (или Бакшин, по другим спискам) Великим Постом 1553 г. стал ходить на исповедь к священнику Благовещенского собора Кремля Симеону. Встречи Башкина и Симеона продолжались несколько месяцев и привели священника в немалое смущение. Поначалу Башкин просил Симеона как отца духовного учить и назидать его. При этом Башкин всячески восхвалял духовенство, говоря: «Ваше дело великое; больше сея любве никтоже имать, как написано, да кто душу свою положит за други своя; а вы полагаете за нас души свои, и бдите о душах наших». Или: «А все начало от вас: прежде вам, священникам, следует показать начало собою и нас научить…» Однако со временем Башкин стал задавать Симеону разного рода вопросы, которые духовнику показались довольно странными. Придя в смущения от общения со своим «чадом», Симеон пошел консультироваться на этот счет к Успенскому протопопу Сильвестру, царскому духовнику.
Трудно судить, что подвигло Башкина на беседы с Симеоном. Быть может, он действовал искренне в своем заблуждении и в глубине души ощущал, что катится в пропасть, а потому искал духовной опоры. Но если вспомнить о тактике «жидовствующих», то можно заподозрить в действиях Башкина и иное. Возможно, что все его разговоры с Симеоном были лишь тонкой обработкой священника-простеца в надежде посеять в его голове плевелы ереси. Матвей, возможно, рассчитывал что в конце концов предложит Симеону свое учение, став из учимого учителем.
Произошло, однако, иное. Симеон пересказал Сильвестру содержание бесед с Башкиным. В ответ он услышал от протопопа, что о Матвее уже давно ходит дурная слава. Сильвестр передал об услышанном государю, и над взятым под стражу Матвеем было учинено судебное разбирательство. В ходе допросов выяснилось, в частности, что Матвей говорил Симеону: «Христос всех братьею нарицает, а у нас-де на иных кабалы, на иных — беглые, а на иных — нарядные, а на иных — полные. А я-де благодарю Бога моего, у меня-де што было кабал полных, то-де есми все изодрал, да держу-де, государь, своих добровольно. Добро-де ему, и он живет, а не добро — и он куды хочет». Вроде бы ересью пока не пахло: скорее момент социальной смуты, так как Матвей нарушал своими экспериментами традиционный уклад жизни Московской Руси. Но когда его отправили в Волоцкий монастырь, он, поначалу позапиравшись, признал свою принадлежность к еретическому сообществу, плодом чего уже и были его социальные опыты. Причем, произошло это после того, как Матвей сначала стал бесноваться, а затем услышал глас Божьей Матери, повелевавшей ему сознаться и открыть своих единомышленников.
Матвей Башкин стал еретиком под влиянием протестантской пропаганды. В Москве в это время было много литовцев и немцев — кальвинистов и лютеран. Матвей признал, что его в свое учение обратили аптекари-литовцы Матюшка и Ондрюшка Хотеев. Идеи протестантизма, заносимые из Литвы, тесно смыкались на Руси со взглядами «жидовствующих», представители которых еще обретались в некоторых заволжских монастырях, где они когда-то укрылись от наказания. Точек соприкосновения у еретиков и протестантов было немало: отрицание икон и святых, отрицание большинства Таинств Церкви, и в первую очередь — священства, отрицание христианских праздников, упор на Ветхий Завет и т. п. Башкин, как выяснилось, ездил к своим заволжским единомышленникам на своего рода «стажировку». Следствие выявило, что Башкин отрицал деяния Вселенских Соборов и Святоотеческое Предание, называя их баснями. Он не признавал единосущия Сына Отцу. Башкин отрицал Таинства Евхаристии и Покаяния, считал иконопочитание идолослужением. Узнав о еретичестве Башкина, царь Иоанн в августе 1553 г. повелел созвать Собор для рассмотрения этого вопроса, который и приговорил Матвея к пожизненному заключению в монастыре.
Однако Башкин был далеко не одинок в своем еретичестве — это стало ясно во время проведения следствия. Еретиков велено было разыскивать повсеместно и привозить в Москву на соборный суд. Начавшийся в 1553 г. Собор, получивший впоследствии название «Собора на еретиков», был весьма представителен — помимо председательствовавшего на нем митрополита Макария, в соборе участвовали 6 архиереев, представители духовенства, царь и бояре. На Соборе Башкин вновь исповедовал свои заблуждения и стал называть своих единомышленников. Многие из них запирались и не признавали своего еретичества. Для обличения вольнодумцев принесли на Собор книгу преп. Иосифа Волоцкого «Просветитель» — это весьма показательно, ибо Собор явно уловил во взглядах новых еретиков нечто, подобное прежде бывшему «жидовству». К удивлению многих, епископ Рязанский Кассиан стал заступаться за еретиков, в особенности — за своего старца Исаака Белобаева, которого привезли на Собор с Соловков. Более того, Кассиан стал хулить книгу преп. Иосифа, но вскоре за это последовало вразумление: епископа хватил удар, у него отнялись рука, нога и язык. Парализованный иерарх был отправлен на покой в монастырь.
К сожалению, от «Собора на еретиков» сохранилось очень мало документальных свидетельств. До нашего времени дошла лишь соборная грамота на одного из осужденных, который, однако, в действительности не был еретиком. Речь в ней идет о бывшем игумене Троице-Сергиева монастыря Артемии. Это был псково-печерский постриженик, позднее живший в заволжских монастырях. Здесь он, очевидно, имел контакты с еретиками, что, впрочем, еще не означало того, что он разделяет их взгляды. Затем Артемий был вызван в Москву. Протопоп Сильвестр нашел его весьма книжным и добронравным иноком, а потому в ответ на просьбу Троицкой братии повелением самого государя Артемий был в 1551 г. поставлен игуменом Троице-Сергиева монастыря. Однако вскоре ученик Артемия Порфирий был уличен в некоторых крамольных мыслях, которые якобы были замечены и за Артемием. Артемий добровольно покинул игуменство и ушел «в пустыню». О нем и его ученике вспомнили, когда в Москве начался «Собор на еретиков». Первоначально Артемия и близких к нему старцев привезли в качестве книжников для обличения вольнодумцев. Но Башкин дал против игумена показания, и Артемий бежал из Москвы на Белое озеро. Тогда его доставили на Собор вторично, уже как обвиняемого. Башкин свидетельствовал, что Артемий разделял его взгляды — отрицал иконы, хулил Евхаристию и Святых Отцов и т. д. Однако Артемий отверг эти обвинения и объявлял, что верует православно. Но недоброжелатели Артемия предъявили к нему новые претензии: не проклинал новгородских еретиков, не хранил поста, ездил к немцам для каких-то разговоров и пр. Артемий отвечал, что пост нарушал, будучи в гостях, ради любви (в том числе — в царском дворце), а к немцам ездил, дабы поговорить с учеными людьми, чтобы лучше узнать об их вере и ее отличии от Православия. Свидетельства бывшего Ферапонтовского игумена Нектария о якобы им слышанных богохульных и еретических речах Артемия другие свидетели не подтвердили.
Тем не менее, Артемий был, вероятно, из разряда тех людей, которые уже одними своими нестандартными взглядами и деятельностью умеют настроить против себя многих окружающих. Это был человек живой, любознательный, независимый во взглядах. Он, как видно, интересовался религиозной жизнью Запада, критически относился ко многим специфическим чертам церковной жизни Руси. Артемий принадлежал к нестяжателям, что, вероятно, определяло его оппозиционный настрой по отношению к иосифлянскому кругу митрополита Макария. Острый на язык, Артемий имел немало личных недругов, которые использовали соборный суд как возможность отомстить ему, обвинив его в ереси. Артемий, правда, действительно допускал некоторые не в меру вольные высказывания, но, конечно, квалифицировать их как ересь никак нельзя. Так, например, он признался на Соборе 1553-1554 гг., что утверждал: на Стоглаве «о крестном знамении не доспели ничего». В сущности это было правдой, если иметь в виду постановление об обязательном двуперстии. Артемий, вероятно, ощущал, что Русь начинает коснеть в своем обрядовом благочестии и возмущался обрядоверием. В ответ на обвинение в том, что он якобы отрицал молитвы за умерших, старец отвечал, что имел в виду лишь бесполезность моления за «тех, которые жили растленным житием и грабили людей». Но это также поставили Артемию в вину — отнимает-де у грешников надежду на спасение. Многие другие вины, возводимые на Артемия, на деле оказались лишь превратным истолкованием его слов. В частности, Артемий вовсе не хулил канонов и акафистов Спасителю и Божьей Матери, как утверждалось, но лишь возмущался тем, что повторяющие имя Иисусово или поющие Богородице «радуйся» на самом деле живут беззаконно и не по заповедям Божиим.