Уже вскоре после кончины царицы Анастасии резко изменилось поведение Иоанна: горе помутило поврежденный тяжкими впечатлениями детства разум, остро ощущалось отсутствие близкого человека, которому царь мог бы доверять, повсюду государю виделись крамолы и измены, иногда реальные, но чаще мнимые. В ожесточенном сердце царя как будто вспыхнул пожар страстей. Этому немало способствовало и новое окружение Иоанна: вместо членов «Избранной Рады» рядом с царем теперь были холопски угодливые и на все готовые Алексей и Федор Басмановы, Василий Грязной, князь Афанасий Вяземский, Чудовский архимандрит Левкий и проч. Позже к ним присоединился и Григорий Скуратов-Бельский по прозвищу «Малюта», которому впоследствии суждено будет стать одним из самых усердных и кровавых палачей царя Иоанна. В этой компании Иоанн стал предаваться пирам и потехам, которые становились день ото дня все более безобразными и буйными, превратившись со временем в настоящие оргии. Пьянство до бесчувствия, разврат и убийства становятся непременными атрибутами царских забав.
Ожесточению нравов царя немало содействовал и новый брак Иоанна — в 1561 г. он женился на дочери Черкесского князя Темрюка, которую в крещении нарекли Марией. Современники отзывались о ней как о женщине недоброго нрава и жестокой души. Новая кавказская родня царя, дикая и необузданная, вошла в его ближайшее окружение и немало повлияла на перемену обстановки во дворце. Особенно благоволил Иоанн к брату Марии Темрюковны — Михаилу, который стал одним из новых наперсников царя и соучастником его буйств и жестокостей. В это же время в характере прежде «пресветлого в Православии царя» появляется и такая отвратительная черта, как любовь не только к разного рода шутам и скоморохам, но и к кудесникам и колдунам. Став мнительным и подозрительным, Иоанн становится и суеверным. Даже из далекой Лапландии выписывает он в Кремль колдунов и ведьм. Недоистребленная языческая стихия через колдовство и скоморошество проникает в самое сердце православного царства и поселяется в Кремле рядом со святынями Русской земли. Не довольствуясь своими доморощенными волхвами, царь впоследствии приблизил к себе англичанина Елисея Бомелия, который исполнял при Иоанне обязанности астролога и медика, одновременно составляя для царя гороскопы и ядовитые снадобья для отравления заподозренных в измене. Страшная метаморфоза происходит с Иоанном, а вместе с ним и с его царством.
С кончиной митрополита Макария и первыми неудачами в Ливонии совпадает по времени всплеск репрессий, которые царь Иоанн обрушил на головы подозреваемых в измене представителей знати. Боярская дума пыталась воспротивиться царю, но результатом стал лишь серьезный конфликт между государем и членами думы, что в итоге только усугубило гнев царя и привело к новым опалам и казням. Иоанн, столь полюбивший свирепое лицедейство, нередко обставляет казни отвратительными сценами. Они превращаются в своего рода садистские спектакли. Так, например, погиб знаменитый военачальник князь Михаил Репнин-Оболенский, которому царь повелел на своем пиру надеть скоморошью маску и плясать вместе с своими холуями. Князь отказался от участия в богомерзком действе и за то был убит по приказу царя. Причем, Репнина умертвили в его домовом храме во время Всенощной. Сходным образом был убит на пороге церкви и другой видный воевода — князь Юрий Кашин-Оболенский. Царь казнил заподозренных в измене княжат и бояр целыми семьями. Например, князь Курлятев был казнен вместе с женой и детьми. При этом не смущался Иоанн и тем, что кто-либо из намеченных им жертв пребывал в монашеском чине. От царева гнева монастырская келья не спасала. Боярин Никита Казаринов-Голохвастов, принявший великую схиму — «чин ангельский», — несмотря на это обстоятельство был предан казни. Иоанн предварил ее традиционной для него злой шуткой: дескать, боярин теперь ангел, и подобает ему взлететь на небо — после этого Голохвастова усадили на бочку с порохом и подорвали.
Видя, какого размаха достигли преследования и казни заподозренных в измене, бежал от царского гнева в Литву последний видный деятель «Избранной Рады» князь Андрей Курбский. Над головой князя уже давно сгущались тучи, и бегством он лишь спасал свою жизнь. Но Иоанн увидел в побеге прежнего любимца еще более веское подтверждение своих подозрений о тотальной боярской измене. В душе Иоанна совершился окончательный перелом, и террор после бегства Курбского разгорелся еще пуще, вылившись в конце концов в учреждение Опричнины.
Поселившись в Литве, в пожалованных королем Сигизмундом II Августом обширных владениях с центром в Ковеле на Волыни, Курбский написал Иоанну Грозному свое первое послание, в котором обличал тиранию царя. Иоанн ответил не менее едким письмом — началась знаменитая переписка царя с Курбским, которая дошла до наших дней и является ценнейшим историческим и литературным памятником той эпохи. Вообще же следует отметить, что князь Курбский был одним из самых образованных людей на Руси того времени. В Литве князь Андрей повел себя весьма достойно. Он не враждовал против своего бывшего Отечества и вообще не запятнал себя никакими неблаговидными поступками. Напротив, Курбский, видя в сколь бедственном положении оказалась Православная Церковь в Литве и Польше, занялся просветительской деятельностью. Князь, самостоятельно изучивший латынь, переводил святоотеческие труды, устраивал школы, писал полемические трактаты. Праведная жизнь Курбского в Литве уже сама по себе является гарантом того, что такой человек не стал бы лгать, повествуя в своих трудах об ужасах второй половины Иоаннова правления. Особенно ярко они описаны Курбским в его «Истории о великом князе Московском». Так что отнюдь не только якобы стремившиеся очернить Россию современники-иноземцы повествуют о тирании царя Иоанна IV, как уверяют сегодня некоторые авторы, пытающиеся оправдать Грозного. Однако даже самые лучшие патриотические побуждения не должны вести к фальсификации истории. Имеется достаточно достоверных источников, подтверждающих со всей очевидностью, что 1560-1580 годы стали для Российского государства временем кровавого кошмара. И самое яркое доказательство этого — многочисленные списки казненных из составленного самим Иоанном Грозным Синодика опальных, в которых отмечены многие тысячи людей, ставших жертвами царя и его палачей.
На фоне такой страшной метаморфозы царя Иоанна происходят перемены и в церковной жизни Руси. После смерти св. Макария, в феврале 1564 г., в Москве состоялся церковный Собор. Прежде, чем приступить к избранию нового митрополита, Собор постановил, что митрополит должен отныне носить белый клобук. Ранее Московские святители из русских — свв. Петр и Алексий — носили именно клобук белого цвета. Позднее под влиянием митрополитов-греков, Предстоятели Русской Церкви вновь стали носить черный клобук. Белый клобук оставался лишь у Новгородских владык. Макарий, прежде бывший архиепископом Новгородским, сохранил белый клобук и после поставления на митрополию. Теперь эта прерогатива (как и право печатать грамоты красным воском) была закреплена за митрополитами всея Руси специальным соборным актом.
Преемником св. Макария на митрополии был избран иеромонах Чудова монастыря Афанасий — бывший протопоп Благовещенского собора Андрей. Афанасий происходил из Переславля-Залесского, был учеником преп. Даниила Переяславского. Он какое-то время являлся духовником Иоанна Грозного. В 1552 г. протопоп Андрей благословил царя на Казанский поход, в котором и сам принимал участие. Андрей причащал Иоанна в день штурма Казани, закладывал во взятом городе первый православный храм. Он был, вероятно, очень близок к семье Иоанна, о чем свидетельствует факт крещения Андреем царевича Иоанна Иоанновича в 1554 г. и царевны Евдокии Иоанновны — в 1556 г. В 1561 г. протопоп оглашал перед крещением Марию Темрюковну. Так что отцы Собора надеялись, по-видимому, что Афанасий будет иметь влияние на царя, и это позволит хоть как-то умерять все возрастающую жестокость Грозного государя. Однако этого не произошло: правление митрополита Афанасия совпало с развитием самых мрачных свойств характера Иоанна Грозного, в то время, как Предстоятель Русской Церкви был бессилен изменить поведение царя в лучшую сторону.