В конце 1564 г. Иоанн покинул Москву и вместе с семьей, узким кругом приближенных, казной и архивом отъехал в неизвестном направлении. Лишь через месяц царь, остановившийся в Александрой Слободе, прислал в столицу две грамоты. В первой, адресованной митрополиту Афанасию, Иоанн, как и в письмах к Курбскому, оправдывал свои действия необходимостью искоренения боярской крамолы и измены. В грамоте содержался список влиятельных лиц, которые, по мнению Иоанна, были наиболее виновны пред ним. Причем, укорял самодержец не только бояр, но также архиереев и духовенство за то, что вступаются за государевых врагов, пользуясь правом печалования. В то же время другая грамота, обращенная к народу, объявляла, что на простых людей царь гнева не держит. Иоанн затеял очередное лицедейство: он заявил, что из-за боярских измен более не желает оставаться в Москве. Расчет был верный — всех объял ужас, так как народ боялся остаться без государя, тем более во время войны, идущей в Ливонии, и непрекращающихся набегов крымских татар. Как и следовало ожидать, к Иоанну в Александрову Слободу было отправлено всенародное посольство — умолять государя вернуться в Москву. В составе делегации были архиепископ Новгородский Пимен и 4 других архиерея, бояре, служилые люди и горожане. Царь принял посольство и дал «уговорить» себя вернуться в Москву, поставив при этом условие, ради которого Иоанн собственно и затевал всю комедию с отъездом из столицы — отныне Иоанну никто не должен был препятствовать казнить виновных в измене. На боярство и «служилых людей» царь наложил опалу, а духовенство не должно было вмешиваться в суд государев и вступаться за казнимых, досаждая царю своим печалованием.
В начале 1565 г. по возвращении царя в Москву последовало учреждение Опричнины. Все государство было разделено на две части: Опричнину и Земщину. Лучшие земли отошли к Опричнине. Начались казни и преследования, дотоле неслыханные на Руси. Причем, вопреки обещанию царя, казнили не только бояр и дворян, но и множество простого люда. Полились потоки крови, каких не было со времен татарского нашествия. Увидеть во всех этих ужасах какой-то определенный государственный смысл трудно. Не выглядит вполне соответствующим истине предположение ряда историков о том, что опричным террором Иоанн якобы сокрушал остатки прежних удельных порядков и крупное боярское землевладение, что должно было способствовать объединению и укреплению Российского государства. Высказывалась даже такая оригинальная гипотеза (ее авторы — г. Григорьев и А. Никитин): опричный террор объясняли опасением Иоанна за свой престол в связи с тем, что у первой жены Василия III Соломонии Сабуровой после ее пострижения якобы родился сын Георгий, тайно отданный на воспитание неизвестным лицам. Последний в таком случае, будучи старше Иоанна, мог (если бы он вдруг объявился) считаться более законным претендентом на престол. Однако ( чаще всего), лишенное логики, и абсурдное поведение царя Иоанна в период Опричнины — это скорее конвульсивные проявления работы пораженного психическим недугом мозга, которому повсюду мерещатся заговоры и измены. Выражаясь современным языком, Иоанн как будто все время борется с каким-то виртуальным противником. Трудно объяснить ту войну на истребление, которую он вел с собственным народом. Это особенно ярко проявилось при разгромах Новгорода Великого и Твери, которые учинил Иоанн со своим опричным воинством. Полнейшим абсурдом выглядит и такая широко практиковавшаяся царем мера, как уничтожение имений, дворовых людей, скота, запасов хлеба и даже храмов, принадлежавших казненным боярам (так, например, в течение почти целого года Иоанн вместе с своими опричниками громил и богатейшие вотчины конюшего Федорова-Челяднина).
Ничем иным, кроме как психической патологией, не объяснить и того, что в душе Иоанна самым непостижимым образом уживались совершенно полярные черты: он мог часами молиться, а затем предаваться разврату и пьянству, собственноручно пытать и убивать; Иоанн любил звонить в колокола, составлял тексты церковных служб и одновременно вступал в противоканонические прелюбодейные браки; делал богатые вклады в одни храмы и монастыри и мог при этом ограбить и разорить другие; утонченный эрудит и книжник уживался в нем с суеверным приверженцем астрологии, знахарства и чародейства. О психическом срыве и надломе в душе царя свидетельствовал и его внешний облик: когда учредивший Опричнину царь вернулся в Москву, он поразил подданных своим состарившимся видом, безумно горящим взором и почти полной потерей волос на голове и бороде.
Само новое учреждение Иоанна — Опричнина — выглядит также, как один из множества его традиционных маскарадов. Прежде всего необычным казалось само слово «Опричнина», которым доселе в завещаниях называли вдовью долю, оставляемую умиравшим супругом своей жене. Иоанн, вновь лицедействуя, изображал из себя гонимого и жалкого просителя, который подобно вдове ищет своей «опричной» доли в боярском государстве. Но этим зловещий театр не ограничивался. Ужасающим маскарадом выглядела сама форма приближенных к царю опричников: они носили похожие на рясы черные кафтаны (под которыми, впрочем, были надеты яркие и богатые наряды), черные шапочки-тафьи, ездили на вороных лошадях. К поясу были привязаны изображение собачьей головы и метла — символ преданности царю и непрестанной борьбы с врагами. Опричнина приобрела откровенно кощунственный характер: в своей опричной резиденции — Александровой слободе — Иоанн Грозный создал пародийный «монастырь», в котором он называл себя «игуменом» (при этом Иоанн последовательно был женат, как минимум, 5 раз и монашества, связанного с отречением от власти, принимать не собирался), Вяземского — «келарем», а Малюту Скуратова — «пономарем». В опричной «обители» совершались продолжительные богослужения, в промежутках между которыми царь вместе с присными палачами пытал подозреваемых в измене, перемежая молитву и пытку буйными оргиями.
После учреждения Опричнины казни, совершаемые по приказу царя над заподозренными в измене, приняли массовый характер. Иоанн Грозный в это время являет собой пример монарха с сознанием скорее ветхозаветного типа. Евангельское понимание того, что мерилом всего для христианина является человеческая жизнь, а законом — любовь к ближнему, ему совсем не свойственно. Он был абсолютно уверен в том, что, как Помазанник Божий, царь имеет право карать и миловать, кого пожелает. Иоанн считал, что казнить крамольников и заговорщиков — его прямая обязанность, дело правое, за которое никакой ответственности он нести не будет. Борьбу с изменой царь возводил на уровень религиозного долга. Беда для России заключалась в том, что в заговорах Иоанн подозревал едва ли не каждого своего подданного.
Иоанн прежде всего принялся истреблять цвет русской аристократии. Причем, расправы чинились с неслыханной жестокостью, имевшей целью не только уничтожить потенциальных заговорщиков, но и устрашить остальных: по Иоаннову приказу казнимых рассекали на части, резали из кожи ремни, варили кипятком, жгли огнем и т. д. Княжеские и боярские семьи зачастую уничтожались полностью — опричники не щадили даже грудных младенцев и стариков. Истреблялась и вся дворня опальных. Иоанн принимал личное участие в этих расправах. Так, он собственноручно заколол своего старого конюшего — боярина Федорова-Челяднина, которого перед этим заставил надеть царское облачение и усадил на трон (Иоанн предъявил престарелому боярину нелепое обвинение в намерении узурпировать престол). От царя не отставало и его ближайшее окружение, выполнявшее в угоду Иоанну работу палача: например, шурин Иоанна — князь Михайло Черкасский — рассек на части казначея Тютина вместе с женой и малолетними детьми.
Не лучшим, чем у бояр и дворян, было положение горожан и крестьян Земщины. Опричники постоянно совершали карательные рейды по городам и весям, повсюду грабя, убивая, насилуя и мародерствуя. По сути вся Земщина была поставлена вне закона и представляла собой подобие завоеванной страны, в которой опричники, как победители-чужестранцы, с ведома царя творили полнейший произвол. Не случайно князь Курбский изобрел трагический каламбур, которым назвал опричное воинство царя Иоанна. «Опричь» — синоним слова «кроме», отсюда «опричники» = «кромешники», то есть вышедшие из ада кромешного. В среде опричников оказалось множество самого разного люда, не отличавшегося нравственной щепетильностью, но почуявшего возможность через новое начинание царя выслужиться и нажить состояние. Среди опричников появились даже иностранные авантюристы, такие, как, например немец Генрих Штаден, печально известный мемуарами о своих зверствах на службе у царя Иоанна.