В страшных условиях Опричнины митрополит Афанасий пытался смягчить сердце погрязшего в казнях и оргиях царя. Вопреки уговору с Иоанном он все же продолжал печаловаться за опальных. И хотя митрополиту удалось избавить от царева гнева князя М. Воротынского и боярина Яковлева, радикально изменить обстановку в стране Афанасий не мог. Добиться ликвидации Опричнины ему было не под силу, поэтому митрополит в конце концов решает отказаться от управления Русской Церковью. В 1566 году Афанасий ушел на покой в Чудов монастырь, не желая разделять моральную ответственность за творимое на Руси беззаконие, хотя официально было объявлено, что митрополит оставил Первосвятительскую кафедру «за немощию велию». Демонстративный уход с митрополии в разгар опричного террора — это поступок, который требовал исключительной порядочности и мужества. Вообще же следует отметить, что Афанасий был человек незаурядный. Известно, что он был широко образован, являлся талантливым писателем и иконописцем. Его перу принадлежит Житие преп. Даниила Переяславского. Афанасий также считается наиболее вероятным автором Степенной Книги. В последний раз Афанасий упоминается в источниках в 1566 г., когда он уже после ухода на покой по приказу царя поновлял Владимирскую икону Божией Матери. Что было с Афанасием далее — неизвестно: никаких более поздних упоминаний о нем не сохранилось.
Согласно сообщению Курбского, Иоанн Грозный первоначально пожелал, чтобы преемником оставившего митрополию Афанасия стал Казанский архиепископ Герман (Садырев-Полев). Однако св. Герман, едва лишь водворенный царем в митрополичьих палатах московского Кремля, дерзнул обратиться к Иоанну, воззвав к его разуму и совести, обличив злодеяния Опричнины и напомнив царю о грядущем Страшном суде и ответе пред Богом за свои жестокие деяния. Курбский утверждает, что после того, как Иоанн сообщил опричникам о разговоре с Германом, царевы наперсники уговорили его прогнать нареченного Первоиерарха с митрополичьего двора и не поставлять его на Первосвятительскую кафедру. Митрополит Макарий (Булгаков) выражал сомнение в достоверности сообщения Курбского, ссылаясь прежде всего на такой факт: вопреки сказанному князем о скоропостижной смерти Германа через два дня после изгнания, Казанский святитель в действительности был еще жив в ту пору, когда проходило избрание на митрополию Филиппа (Колычева), и умер лишь в ноябре 1567 г. Однако неточность сообщения Курбского еще не означает того, что его свидетельство полностью недостоверно.
Иоанну был нужен послушный митрополит, который не перечил бы его воле и не вмешивался в государевы дела, не обличал опричных порядков. Но парадоксальным образом царь все же хотел при этом, чтобы Русскую Церковь возглавлял святой подвижник, молитвенник за него и его начинания. Иоанн еще не понимал, что в одном лице ему не найти сочетания этих двух противоположностей. Разочаровавшись в обличившем его Германе, царь вспомнил о том, кого он знал еще в детстве, кто некогда был близок ко двору, но выгодно отличался от большинства буйствовавших в годы его малолетства бояр, — о Филиппе (Колычеве), игумене Соловецкого монастыря. Именно он по воле царя стал следующим митрополитом Московским и всея Руси в 1566 году.
Это был выдающийся подвижник. Св. Филипп (в миру Феодор Колычев) родился в 1507 г. в семье боярина Василия Ивановича Колычева. Феодор получил очень хорошее по тем временам образование. Знатное происхождение позволило будущему святителю получить доступ ко двору. Однако бесчинства и распри бояр в годы малолетства Иоанна IV вынудили 30-летнего Феодора в 1537 г. порвать с придворной карьерой и тайно бежать из Москвы на Север. Он приходит в Соловецкий монастырь, где, скрыв свое происхождение, принимает постриг. Через 10 лет Филипп, зарекомендовавший себя не только настоящим подвижником монашеской жизни, но и блестящим хозяйственником, был избран игуменом обители. Его 18-летнее управление монастырем привело монастырь в состояние расцвета. Он воздвиг на Соловках каменные храмы удивительной красоты и необычного инженерного решения — церковь Успения Божией Матери с трапезной палатой и собор Преображения Господня. Филипп завел колокольный звон, построил келии, больницу, мельницу и множество других нужных в монастырском хозяйстве построек. При Филиппе монахи осушили болота на Большом Соловецком острове, соединили каналами озера, проложили дороги. Игумен отличался большим человеколюбием: он завел на Соловках коров и кур, чтобы молоком и яйцами улучшить скудную северную трапезу своих монахов. Талантливый инженер, Филипп устроил в монастырском хозяйстве множество хитроумных технических приспособлений, которые поражали современников. При всем этом Филипп был строгим подвижником, периодически уединялся в пустыньку и предавался умной молитве.
Узнав о намерении царя возвести его на митрополию, Филипп долго отказывался. Затем, согласившись, ставил условием своего поставления уничтожение Опричнины. Филипп сказал, что даже если его принудят к поставлению, он покинет митрополию. Иоанн впал в гнев, но вскоре после челобитья архиереев, уговоривших Филиппа принять митрополию, успокоился. Однако, повелев соловецкому игумену принять бразды правления Русской Церковью, Иоанн взял с Филиппа слово, что он не будет вступаться в «опричнину и в царский домовый обиход». За митрополитом, правда, было оставлено довольно неопределенное право «советовать» государю.
Став в 1566 году митрополитом, св. Филипп в течение года пользовался уважением и расположением царя. Между государем и Первосвятителем, казалось, установились долгожданный мир и взаимопонимание. Казней в течение этого года почти что не было. Воцарившийся мир, однако, был неустойчив. Через год, когда Иоанн заявил, что он обнаружил свидетельства сношения ряда бояр с польским королем, начались новые расправы над заподозренными в измене. Вновь кровь полилась рекой. Многих казнили без суда и следствия, и никто не смел заступиться за опальных. В такой ситуации св. Филипп не мог остаться в стороне. Не имея возможности печаловаться за казнимых, он, однако, решил воспользоваться своим правом «советования» царю. «Совет» и «совесть» — слова созвучные, и митрополит попытался воззвать именно к совести православного царя. Первоначально Филипп решил побеседовал с ним наедине. Однако результатов это не принесло. Вероятно, святитель писал царю, увещевая его, но ответа также не последовало. Общеизвестно, ставшее поговоркой, выражение Иоанна по поводу посланий Филиппа — «Филькина грамота».
Видя, что царь не внял увещеваниям с глазу на глаз, св. Филипп, согласно апостольскому совету, решился публично обличить Иоанна. Митрополит не мог не понимать, чем это чревато для него лично, но долг и совесть архипастыря побуждали его действовать именно так. В одно из воскресений Великого Поста (22 марта 1568 г.) митрополит обратился к царю, пришедшему на богослужение в Успенский собор Кремля. Филипп выступил с речью, в которой были такие слова: «Ты облечен самым высоким саном от Бога и должен чтить Его более всего. Тебе дан скипетр власти земной, чтобы ты соблюдал правду в людях и царствовал над ними по закону: правда — самое драгоценное сокровище для того, кто стяжал ее. По естеству ты подобен всякому человеку, а по власти подобен Богу — как смертный, не превозносись, а как образ Божий, не увлекайся гневом. От века не слыхано, чтобы благочестивые цари волновали свою державу, и при твоих предках не бывало того, что ты творишь, у самих язычников не случалось ничего такого…» Филипп советовал царю прогнать от себя лжецов и льстецов, а приблизить людей достойных. Но реакция Иоанна на речь митрополита, как и следовало ожидать, была гневной. Однако царь пока еще не смел тронуть Первосвятителя.
В то же время недоброжелатели св. Филиппа поняли, что избранная Филиппом линия неуклонно приведет митрополита к падению. Желая скорее погубить его и одновременно угодить Иоанну, недруги Филиппа стали злоумышлять против него. Печально, но среди этих лиц оказалось несколько архиереев, которые сначала из угождения царю избрали Филиппа на митрополию, а теперь, видя перемену в отношениях государя и Первоиерарха, старались избавиться от неудобного для них митрополита-праведника. Это были: архиепископ Новгородский Пимен, мечтавший занять место Филиппа, епископ Суздальский Пафнутий, епископ Рязанский Филофей. К ним примкнул и духовник царя — Благовещенский протопоп Евстафий, обиженный на митрополита, который запретил его в служении за недостойное поведение.