Через некоторое время Иоанн в сопровождении опричников вновь пришел на митрополичье богослужение в Успенский собор — царь и его присные были в традиционном черном одеянии опричников, пародировавшем монашеские одежды. Царь трижды просил у митрополита благословения, но Филипп не отвечал. Когда же сопровождавшие Иоанна лица обратили внимание Первосвятителя на то, что государь требует благословения, св. Филипп вновь произнес обличительную речь: «Царь благой, кому поревновал ты, приняв на себя такой вид и изменив свое благолепие? Убойся суда Божия: на других закон ты налагаешь, а сам нарушаешь его. У татар и язычников есть правда — в одной России нет ее; во всем мире можно встречать милосердие, а в России нет сострадания даже к невинным и правым. Здесь мы приносим Богу Бескровную Жертву за спасение мира, а за алтарем безвинно проливается кровь христианская. Ты сам просишь прощения во грехах своих пред Богом, прощай же и других, согрешающих пред тобою…» Филипп, продолжая обличать Иоанна, сказал, что готов принять мучительную смерть. после чего царь пришел в крайний гнев. Недруги Филиппа мгновенно сориентировались в ситуации: здесь же в соборе они подговорили некоего отрока — чтеца домового митрополичьего храма — выступить с обличениями Первосвятителя в содомии. Пимен Новгородский при этом лицемерно заметил: «Царя укоряет, а сам творит такие неистовства». На это Филипп ответствовал архиепископу: «Ты домогаешься восхитить чужой престол, но скоро лишишься и своего». Филипп простил оклеветавшего его отрока, и тот отказался от своих слов. Попытка опорочить святителя не удалась, и тогда по приказу царя были арестованы наиболее приближенные к митрополиту лица, от которых под пыткой стали домогаться сведений, порочащих Филиппа. Однако никто из митрополичьих служителей не оклеветал Первосвятителя.
Затем последовала еще одна публичная стычка царя с митрополитом. Она произошла 28 июля 1568 г. во время праздничного богослужения в Новодевичьем монастыре, куда царь прибыл вместе с своими опричниками. Филипп совершал после литургии крестный ход. Перед чтением Евангелия, преподавая «Мир всем!», он увидел, что один из опричников стоит в тафье. Филипп сказал на это царю, что Писание подобает слушать с непокрытой головой. Однако, когда Грозный обернулся, чтобы увидеть, о ком идет речь, опричник успел снять головной убор. Тут же царю стали нашептывать о том, что Филипп умышленно лжет, дабы досадить государю. Взбешенный Иоанн поносил Филиппа как мятежника и злодея.
После этого эпизода Первосвятитель покинул митрополичий двор в Кремле и перебрался в монастырь Николы Старого в Китай-городе. Полный разрыв между царем и митрополитом стал очевидным. Иоанн окончательно укрепился в намерении низложить Филиппа с митрополичьего престола. Однако он не стал сводить его с митрополии сразу. Едва ли причина этого была в том, что царь всерьез оглядывался на мнение народа и хотел сначала убедить всех в том, что Филипп — не праведник, но грешник и преступник. Скорее всего Иоанн, верный своей болезненной привычке к лицедейству, вновь хотел обставить расправу, как очередной глумливый спектакль. Чтобы найти повод к расправе, царь (вероятно, уже в конце зимы 1568 г.) направил специальную комиссию на Соловки, чтобы расследовать на месте обстоятельства жизни бывшего игумена — в Москве все бытие митрополита протекало настолько на виду у всех, что нельзя было найти ничего предосудительного, тем более после неуклюжей первой попытки оклеветать Филиппа. Комиссия состояла из послушных наперсников царя — в нее входили князь Василий Темкин, архимандрит Спасо-Андроникова монастыря Феодосий и др. Во главе ее царь поставил ярого врага святителя Филиппа — Суздальского епископа Пафнутия. Увы, среди соловецкой братии нашлось несколько клеветников, которых разными посулами и угрозами удалось вовлечь в интригу против митрополита. Преемник Филиппа — игумен Паисий, которому обещали епископский сан, также дал показания против Первосвятителя, бывшего его духовным наставником.
Незадолго до суда над святителем Филиппом Иоанн казнил вместе с Федоровым-Челядниным и рядом других видных бояр также и окольничего М.Колычева и троих его сыновей — родственников митрополита. Голову окольничего царь велел зашить в мешок и прислать святителю в Никольский монастырь. Эта расправа должна была устрашить Филиппа накануне задуманного судилища над ним. Однако, как повествует житие, Филипп с любовью облобызал главу убиенного сродника и передал ее обратно опричнику, принесшему царев «подарок», оставаясь по-прежнему невозмутимым. Святитель прекрасно понимал, что его ждет и, сделав свой нравственный выбор, смиренно ожидал мученического конца.
После возвращения комиссии в Москву, куда с Соловков были привезены Паисий и 10 других монахов-клеветников, состоялся собор, на котором над митрополитом был учинен суд. В нем помимо архиереев принимали участие и члены Боярской думы. Приговор собора явился позором для русского епископата той поры — все без исключения архиереи, присутствовавшие на соборе, безропотно согласились с заранее вынесенным по указке царя приговором о низложении праведного митрополита. Несмотря на очевидную нелепость обвинений в безнравственности и волховании, которые инкриминировались Филиппу, ни одни иерарх не дерзнул вступиться за оклеветанного святителя. Страх перед жестоким царем заставил епископов забыть о своей архиерейской совести и запятнать себя грехом соучастия в расправе над невинным.
Еще до вынесения окончательного приговора св. Филипп, полагая, что главная цель суда — его низложение, хотел прервать недостойный спектакль, объявив, что слагает с себя сан. Однако царю этого было недостаточно — он уже придумал сценарий, который должен был надолго запомниться всем и отбить у запуганных преемников митрополита охоту выступать против Опричнины и вообще перечить государю. Иоанн велел святителю совершить богослужение в Успенском соборе 8 ноября — в день св. архистратига Михаила. Едва лишь собрался народ, и митрополит начал богослужение, как в храм ворвались опричники во главе с А. Басмановым и Малютой Скуратовым. Басманов зачитал приговор суда, которым Филипп признавался виновным в «скаредных делах» и объявлялся низложенным. После этого Малюта сорвал с Первоиерарха святительские облачения. С оскорблениями и поруганием опричники бросили митрополита в простые сани и отвезли в «злосмрадную хлевину» — темницу в Богоявленском монастыре. Имеются свидетельства о том, что опричники предлагали казнить Филиппа через сожжение, но принявшие участие в неправедном суде архиереи все же убоялись дойти до такой крайности и упросили царя заменить казнь вечным заточением. Св. Филипп был отправлен отбывать его в тверском Отроче монастыре.
Уже через неделю после низложения св. Филиппа преемником ему был избран по указанию царя игумен Троице-Сергиева монастыря Кирилл. Митрополит Кирилл уже не решался вслух обличать царя и исправно молчал, несмотря на то, что в период его пребывания на митрополичьем престоле опричный террор в стране достиг невиданного прежде масштаба. Царь Иоанн казнил уже не отдельных подданных, не семьи, а подвергал разорению и казням целые города. Истребляя свою собственную страну, обезумевший от подозрений царь опустошил Коломну, Клин, Тверь, Вышний Волочок, Торжок и, наконец, Великий Новгород. Возможно, что и в этот раз причиной вспышки террора и репрессий стало обострение психическогой болезни царя под влиянием новых тягостных для него известий.
Прежде всего, на Грозного произвело сильное впечатление сообщение о перевороте в Швеции. Ранее там королевский престол занимал король Эрик XIV — тиран и безумец, который также погрузил свою страну в атмосферу террора и казней. Эрик был до крайности сходен с Иоанном тем, что также чрезвычайно опасался заговоров и даже просил у русского царя убежища, не на шутку решившись бежать из Швеции в Россию. Быть может, именно эти просьбы Эрика о предоставлении ему военной помощи или убежища в России позднее подвигли Иоанна Грозного на то, чтобы обратиться со сходной просьбой к английской королеве Елизавете Тюдор. В конце концов Эрик XIV был свергнут своими братьями и заточен, что было воспринято мнительным Иоанном как еще один повод для опасений и за свою дальнейшую судьбу. Вероятно, окончательно царя подкосил другой удар — в сентябре 1569 г. скончалась Мария Темрюковна, и он опять оказался вдовцом. Грозный считал, что и вторая его супруга стала жертвой бояр-отравителей. Пережитые волнения вновь взвинтили Иоанна до крайности, возбудив в нем еще большие подозрения и стремление предварить возможные удары со стороны врагов, действительных и мнимых. Прежде всего он решает окончательно расправиться со Старицкими. Уже через месяц после смерти царицы Иоанн умертвил князя Владимира Андреевича, его жену и даже 9-летнюю дочь. Вскоре участь сына разделила и старая княгиня Евфросинья Старицкая, ранее постриженная в монахини — ее уморили вместе с несколькими близкими к ней инокинями. Затем последовали казни и множества иных лиц, якобы причастных к заговору Старицких.