Результатом новой вспышки Иоанновой подозрительности стал опустошительный поход опричников на Новгород. Поводом для него послужил донос на новгородцев, будто бы вновь умысливших податься под власть Польско-Литовского короля. Подобные слухи, разумеется, не имели под собой никакой почвы — Новгород давно и прочно был привязан к Москве, от былого сепаратизма здесь не осталось и следа, да и сами новгородцы со времен Иоанна III почти все были московскими переселенцами. А более послушного — до раболепства — слуги, нежели Новгородский архиепископ Пимен, среди всего русского духовенства у Иоанна, пожалуй, не было. Тем не менее, царь поверил в новгородскую измену и жаждал наказать жителей города. Опричники, выслуживаясь, потакали подозрительности Иоанна, распаляли его мнительность, имея к тому же умысел поживиться за счет этой карательной акции. Есть данные о том, что уверенность Иоанна в новгородской измене укрепилась благодаря сфабрикованной в Польше подложной грамоте, составленной якобы от лица новгородцев, просившихся в подданство короля Сигизмунда II Августа.
Опричное воинство царя Иоанна выступило в поход на исходе 1569 г. Весь путь до Новгорода был сплошной чередой погромов и казней — опричники уничтожали на своем пути все города, селения и их жителей. Смысл этого кровопролития был в том, чтобы ни одна живая душа не успела предупредить новгородцев о приближении карателей. Была разгромлена и лежавшая на пути опричников Тверь. Здесь царь и его воинство остановились в Отроче монастыре, где уже около года находился в заточении св. Филипп (Колычев). Иоанн послал к низложенному митрополиту Малюту Скуратова за благословением на новгородский поход. Трудно понять, на что рассчитывал Грозный. Вероятно, пребывавший в мятежном состоянии духа царь хотел заручиться в этом предприятии поддержкой Филиппа потому, что теперь Иоанн подозревал в измене архиепископа Пимена — одного из главных врагов Филиппа. Однако низложенный Первосвятитель, разумеется, не стал сводить счеты с Пименом, но вновь обличал опричный произвол. Тогда Малюта задушил святителя подушкой. Выйдя от Филиппа, Скуратов объявил, что бывший митрополит умер от «неуставного келейного зноя». В тот же день — 23 декабря 1569 г. — тело Филиппа было поспешно погребено. Святитель Филипп был прославлен как священномученик в 1591 г., уже при сыне Грозного Феодоре Иоанновиче, который этой канонизацией стремился искупить грех отца. Мощи святителя Филиппа, перенесенные при святом патриархе Иове из Отроча монастыря на Соловки, были в 1652 г. привезены оттуда в Москву будущим патриархом Никоном и положены в Успенском соборе Кремля, откуда святителя некогда с бесчестьем изгнали опричники. Величайшее значение подвига святителя Филиппа заключается прежде всего в том, что он не убоялся обличать бесчеловечность, нечестие и деспотизм, преподносившиеся под видом православной монархии, тогда, когда вокруг царило всеобщее молчание. Митрополит Филипп не побоялся отдать за правду Христову и свою жизнь, и свое доброе имя.
Святитель Филипп стал отнюдь не единственной жертвой Иоанна Грозного среди духовенства. Во время карательных рейдов опричников погибло множество приходских священников, игуменов и монахов. Убиенных было столь много, что нередко Синодик опальных сообщает о них не поименно, а приводит лишь общее число погибших при совершении той или иной карательной акции. Особенно жестокому разгрому подвергся в январе-феврале 1570 г. Великий Новгород. Население древнего города, который не был разорен даже в страшные годы Батыева нашествия, теперь было почти наполовину истреблено своим же собственным государем. Террор в Новгороде был неслыханным по масштабу. При этом царь не только не пощадил новгородское духовенство, но начал расправу именно с него. Архиепископ Пимен, недавно оклеветавший и погубивший св. Филиппа, теперь должен был испить ту же чашу. Владыка был взят под стражу как изменник (безусловно, при всех своих отвратительных чертах он таковым не был) прямо на пиру, который архиепископ Новгородский давал в честь царя после литургии в Софийском соборе. Пимен по приказу царя был подвергнут публичному поруганию — его нарядили скоморохом и, посадив задом наперед на кобылу, отправили в Александрову Слободу. После расправы над архиепископом было казнено множество владычних бояр, дворян и слуг, обвиненных в заговоре. Были разграблены не только архиепископские казна и двор, но и сам Софийский собор, из которого опричники вывезли утварь, иконы и даже старинные медные врата (они доныне находятся в Троицком храме бывшей опричной столицы — Александровой Слободы).
Сообщения современников о зверствах, творимых опричниками во время новгородского погрома, леденят кровь. Палачи Грозного топили в водах Волхова даже женщин с грудными младенцами, а разъезжавшие в полыньях на лодках подручные добивали всплывавших топорами и рогатинами. Число казненных новгородских «изменников» исчислялось тысячами (по некоторым оценкам — около 40 тыс.). Опричники ограбили все новгородские монастыри. Несколько сот новгородских игуменов, соборных старцев, иноков и священников было поставлено на правеж. Священнослужителей ежедневно пытали, требуя от них выплаты астрономических сумм в опричную казну: архимандриты должны были внести по 2 тыс. рублей, игумены — по тысяче, простые приходские попы платили по 40 рублей с человека. Многие из клириков при правеже были забиты до смерти. В последние дни погрома Новгорода Иоанн расправился с купцами и простыми жителями. Опричники разгромили посад, уничтожив большую часть городских построек. Ценные товары с купеческих складов были конфискованы, а то, что было трудно увезти — сожжено. Напоследок Иоанн решил кардинально решить вопрос с бродяжничеством. Поскольку по причине морозной и голодной зимы в городе скопилось множество бедноты, царь велел выгнать за пределы Новгорода всех нищих. Большинство их погибло от голода и сильных морозов. Вероятно, имели место случаи каннибализма, так как затем царь обвинил оставшихся в живых бродяг в людоедстве и велел утопить их в водах Волхова.
Участь Новгорода разделили и другие города Новгородского края: Ладога, Ивангород, Орешек, Корела, а также села и деревни, монастыри и поместья северо-западного края. Никто не смел противиться безумной воле самодержца. Запуганное и затерроризированное духовенство после смерти св. Филиппа надолго замолчало и не решалось обличать Опричнину. В это страшное время свой голос в защиту невинно страждущего от своего царя народа могли возвысить лишь юродивые. Не случайно, именно эта эпоха — II половина XVI в. — дала небывалое доселе количество блаженных. Это время, когда подвизались свв. Василий Блаженный, Иоанн Большой Колпак, Николай Салос и множество иных Христа ради юродивых. Подвиг юродства становится единственным в условиях того времени способом уйти из не умещавшегося в православном сознании кровавого кошмара, в который превратил христианскую монархию царь Иоанн IV. Юродство было единственно возможной формой обличения опричного произвола. И царь Иоанн Грозный, сотнями истреблявший священников и монахов, не убоявшийся поднять руку даже на святого митрополита, не смел казнить юродивых, которые обвиняли его. Так, например, царь не решился тронуть псковского юродивого — святого Николая Салоса, обличившего Иоанна, когда государь намеревался учинить в Пскове такой же погром, как в Новгороде. Встречая царя, Николай предложил ему кусок сырого мяса. Когда Иоанн в ответ заметил ему, что идет Великий Пост, юродивый спросил его, можно ли в Пост пить кровь человеческую? После этого устрашенный царь не дерзнул учинить во Пскове такой же тотальный погром, как в Новгороде. Правда, несколько десятков псковичей все же было убито, а монастыри и храмы ограблены. Царь Иоанн собственноручно убил преподобного Корнилия, игумена Псково-Печерского монастыря и еще нескольких иноков этой обители, так как не мог простить им близости к князю Андрею Курбскому.