По возвращении царя в Москву в столице также прошла серия новых казней. В том числе были зверски казнены казначей Никита Фуников и знаменитый дьяк Иван Висковатый. На соборе по указке царя русские епископы во главе с митрополитом Кириллом вновь столь же послушно, как и ранее в истории со святым Филиппом, постановили лишить сана врагов убиенного святителя — архиепископа Новгородского Пимена и епископа Рязанского Филофея. Пимен был сослан в Никольский Веневский монастырь, где через год скончался — сбылось пророчество св. Филиппа.
К учиненным царем погромам скоро добавилась еще одна беда. Пока русские войска воевали в Ливонии, на ослабевшую от войны и опричного террора страну решил напасть крымский хан Девлет-Гирей. Объявив джихад русским, хан в 1571 году вторгся в пределы Московского государства. Первоначально он не имел намерения идти на Москву, но перебежчики донесли ему, сколь разорена Русь своим собственным монархом, который уже и не живет в Белокаменной. Тогда Гирей пошел на Москву, уничтожая города и села, грабя, истребляя и пленяя их жителей. Характерно, что в эту войну как никогда много перебежчиков переметнулось к крымчакам от отчаяния, вызванного опричным террором. Позднее, в Смутное время, в сознании многих русских сработает сходный психологический комплекс, и они станут на сторону самозванцев и интервентов. Девлет-Гирей совершил обманный маневр и вышел в тыл русским. Иоанн пришел в состояние паники и покинул свое войско. Царь убежал в Ростов, надеясь оттуда в случае дальнейшей опасности идти на Вологду. Русское войско отступило в Москву, но татары преследовали его по пятам. 24 мая 1571 г. татары, грабившие окрестности столицы, подожгли московские окраины. В короткий срок огонь распространился на Земляной город, Китай-город и Кремль. Москва выгорела дотла. Пожар бушевал с такой силой, что татары даже не смогли овладеть Москвой и разграбить ее. Большая часть жителей города и воинов погибли в пожаре. На следующий день татары отступили от сожженной Москвы.
Набег Девлет-Гирея причинил Московскому государству огромные бедствия — его южная часть была почти полностью уничтожена: татары сожгли здесь 36 городов, истребили и увели в плен десятки тысяч жителей. Это было как будто предупреждение Иоанну свыше. Но царь не внял. Опять началось прежнее — поиски виновных (царь прежде всего обвинил воевод, забыв, что сам бросил войско и столицу на произвол судьбы) и расследование мнимых заговоров. Маниакально подозрительный царь готов был обвинить в измене даже своего наследника — царевича Иоанна. Вновь последовали изощренные казни множества людей. Россия в это время настолько ослабела от Ливонской войны, Опричнины, крымского разорения, голода и чумы, что Иоанн Грозный на переговорах с крымчаками готов был уступить им Астрахань (Гирей требовал при этом и Казань). Тем не менее, на фоне всех этих ужасающих бедствий царь вознамерился в третий раз жениться. После долгих и масштабных смотрин он избрал себе в супруги 16-летнюю Марфу Собакину, родственницу Малюты, который и указал на нее царю. Однако Марфа скончалась почти сразу после свадьбы.
В 1572 г. Девлет-Гирей, стремившийся вновь установить татарское иго над Россией, опять пошел войной на Московское государство. Однако в кровопролитном сражении близ подмосковного села Молоди татарское войско было разбито благодаря искусным действиям полководцев князей Воротынского и Хворостинина. Царь Иоанн и на этот раз отсиделся вдали от военных действий — в недавно разоренном им Новгороде. Невзирая на новые испытания, постигшие страну, Иоанн снова занят исключительно собой. Он решает еще раз жениться. Однако проблема заключается в том, что четвертый брак в соответствии с канонами Православной Церкви невозможен. Но абсолютно уверовавший в свою безнаказанность и вседозволенность Иоанн 1V этим нимало не смущается. Митрополит Кирилл, скончавшийся 8 февраля 1572 г., был избавлен от тяжелой необходимости выбирать между долгом архипастыря и страхом слуги перед царевым гневом. Однако возможно, что Иоанн успел завести с ним речь о четвертом браке и получить не тот ответ, которого ожидал. Быть может, именно этим объясняется то странное обстоятельство, что почившего митрополита похоронили не в Успенском соборе, рядом с гробами других Предстоятелей Русской Церкви, а отвели для его погребения скромный Новинский монастырь на окраине Москвы.
Когда в Москву съехались архиереи для избрания нового митрополита, Иоанн призвал их к себе и просил их простить и разрешить его за противный канонам четвертый брак, на который он уже вполне самовольно решился. Грозный избрал в супруги Анну Колтовскую. Иерархи не посмели отказать в том царю, застращавшему своими казнями всю Россию. Однако покаянный тон царя все же воодушевил епископов наложить на самодержца 3-летнюю епитимью. В первый год царь, которого приравняли к оглашенным древней Церкви, не должен был входить в храм (по этой причине Иоанн велел сделать пристройку к Благовещенскому собору в Кремле, из которой в оконце наблюдал за богослужением). На второй год — на Пасху — царю разрешалось войти в храм, вкусить пасху и после этого стоять на богослужениях в храме, но с кающимися. После второй Пасхи, за которой царю уже давали вкусить антидор, он мог стоять в храме с верными, но не имел права причащаться. И лишь после третьей Пасхи Иоанн мог вновь приступать к Святым Тайнам. Правда, при этом делалась оговорка, которая давала Иоанну надежду на то, что епитимья не будет продолжительной: в случае войны с неверными царь освобождался от несения епитимьи, которую принимал в таком случае на себя Освященный собор (правда, непонятно, как архиереи могли понести такое прещение, как отлучение от Причастия). Епископы также сугубо оговаривали, что разрешение дается царю в виде исключения, и никто из простых смертных не должен дерзать совершить подобное же.
Поначалу Иоанн, сыгравший в мае 1572 г. свадьбу с Колтовской, взялся было нести епитимью. Но уже в начале августа, после получения известия о победе над татарами, царь стал присутствовать за литургией в храме и вскоре забыл о своем временном отлучении. После этого не прошло и трех лет, как он развелся с Анной Колтовской и отправил ее в монастырь. В дальнейшем Иоанн, не утруждая более архиереев, сам решает проблемы в личной жизни. Он сожительствует то с княжной Марией Долгоруковой, то с Анной Васильчиковой, то с Василисой Мелентьевой, статус которых был более официальным по сравнению с положением великого множества иных девиц и женщин, ставших жертвой Иоаннова сладострастия. Многие из них были впоследствии, когда прискучили царю, казнены или пострижены в монашество. Наконец, в 1580 г. Иоанн женился на Марии Нагой (традиционно ее считают седьмой в ряду официальных жен Иоанна Грозного), которую все же нарицал царицей. Именно она стала матерью будущего царевича-мученика святого Димитрия Углицкого. Однако и этот брак царь не считал пределом: уже незадолго до смерти Иоанн при живой жене пытался свататься к родственнице английской королевы Елизаветы — Марии Гастингс, но получил вежливый отказ.
В мае 1572 г. Московским митрополитом был избран архиепископ Полоцкий Антоний (отвоеванный у Литвы Полоцк в это время ненадолго вошел в состав Московского царства). При Антонии получили продолжение усилия царя, направленные на ограничение церковного землевладения. На соборе 1573 г. были запрещены земельные пожертвования в крупные монастыри. Передача земель в бедные обители дозволялась только с разрешения царя. В 1580 г. состоялся еще один собор, на котором вновь был поднят вопрос о церковном землевладении. Разоренное тиранической политикой государство нуждалось в средствах, и взор царя опять обратился к церковным имуществам. Собор запретил отдавать в монастыри земли «на помин души» и повелел заменять их денежным эквивалентом, отдавая сами имения дальним родственникам или государю. Также монастырям и епископату было запрещено покупать вотчины, брать имения под залог и вообще увеличивать церковные земли. В случае необходимости иметь земли для пропитания братии (например, при основании нового монастыря), велено было обращаться к царю — «бить челом государю». Такие образом, собор 1580 года существенно ограничил экономическую независимость Церкви. Соборное решение стало поворотным моментом в истории монастырского землевладения, что было связано, с одной стороны, с возраставшими притязаниями государства, с другой, — с имевшими место злоупотреблениями, которые в это время все чаще стали встречаться в монастырской жизни. Тем самым был сделан крупный шаг в направлении еще большего подчинения Церкви государству.