В начале 1581 г. митрополит Антоний скончался. На его место в том же году был поставлен митрополит Дионисий, до этого бывший игуменом новгородского Варлаамо-Хутынского монастыря. При нем Иван Грозный скончался 18 марта 1584 г., будучи по традиции постриженным к моменту смерти в монашество с именем Ионы. Митрополит Дионисий в мае того же года венчал на царство сына Грозного — Феодора Иоанновича, которому суждено будет стать последним представителем Московских Рюриковичей на Российском престоле. Новому царю досталось тяжелое наследство — безумное и кровавое правление Иоанна Грозного привело разоренное своим же монархом Московское государство к состоянию, близкому к полному краху. Это хорошо сознавали лучшие представители Церкви и государства. Поэтому в июле 1584 г. был созван церковный собор, целью которого стало оказание помощи правительству в создавшихся кризисных обстоятельствах. Подтвердив решения собора 1580 г., иерархи пошли еще далее. Было принято решение о выплате государственных податей с церковных земель, которые ранее не взимались. Правда, мера эта объявлялась временной — «ради оскудения воинского чина до государева указа, пока земля не поустроится». Также был введен государственный налог на церковную торговлю.
К сожалению, митрополит Дионисий был втянут в пучину боярских заговоров против всесильного правителя Бориса Годунова — шурина царя Феодора Иоанновича, который почти полностью отошел от дел управления страной. Дионисий встал на сторону Шуйских и вместе с ними просил царя Феодора развестись с женой — Ириной Годуновой — по причине ее бесплодия. Борис сумел принять ответные меры, и горячо любивший Ирину Феодор велел наказать наветчиков. Ввязавшийся в столь мало приглядное дело Первоиерарх, тем не менее, продолжал отстаивать свою противную христианскому учению о браке позицию и защищал недругов Бориса. Вследствие этого конфликта между церковной и светской властями митрополит в 1587 г. был лишен кафедры и сослан в Хутынский монастырь. Вместе с ним пострадал и архиепископ Крутицкий Варлаам, также участвовавший в заговоре Шуйских против Годунова, — он был сослан в новгородский Антониев монастырь.
Новым митрополитом Московским и всея Руси в 1587 г. стал святой Иов, прежде бывший архиепископом Ростовским и Ярославским. Через два года митрополит Иов первым из Предстоятелей Русской Церкви получил патриаршее достоинство. Его правление открывает новый период русской церковной истории — патриарший.
Православие в Западной Руси после заключения Брестской унии
После завершения работы двух Брестских соборов — православного и униатского, участники которых взаимно предали друг друга анафеме, королю Сигизмунду III надлежало утвердить деяния одного из них. Разумеется, будучи активным устроителем дела Брестской унии, король принял сторону униатов и утвердил деяния их собора. Тем самым Сигизмунд признавал лишенными сана и преданными анафеме всех епов и священнослужителей, оставшихся верными Православию. Король своим указом от 15 декабря 1596 призвал своих русских подданных не слушаться их и не иметь с ними общения, но признавать только перешедших в унию мта Михаила Рогозу и епов-изменников.
Однако требование короля, желавшего, чтобы все его православные подданные приняли унию и подчинились Риму, явилось нарушением существовавших в Речи Посполитой прав и свобод, в том числе и свободы вероисповедания. Брестская уния была введена в государстве исключительно королевской властью, без согласия Генерального сейма. Монархия в Речи Посполитой отнюдь не была абсолютной, магнаты и шляхта имели обширные права, которые существенно ограничивали власть короля. Например, официально за аристократией было закреплено право создавать против короля т. н. «конфедерации» и даже вести военные действия в случае, если он нарушал права магнатерии и шляхты. И хотя в польско-литовском законодательстве царила страшная неразбериха, и существовало множество взаимоисключающих законодательных актов, все же благодаря этому можно было изыскать возможности воспротивиться вводимой в приказном порядке Брестской унии. Прежде всего, оскорбленная покушением на свою религиозную свободу православная шляхта потребовала рассмотрения этого дела на сейме, что и было предпринято вскоре после Собора 1596
В Речи Посполитой имелись все предпосылки к тому, чтобы Православная Церковь, восстановив свою структуру, продолжила свое существование. Помимо декларированной в Польше религиозной свободы, православные могли опереться на четкие канонические основания. Экзарх КПлского пха в Западной Руси св. Никифор Кантакузин, чьими трудами главным образом и был проведен православный Брестский Собор, продолжал свои решительные действия.
Прежде всего, он оповестил всех православных об измене мта и епов, призвав впредь им не повиноваться. Экзарх также сообщил обо всем происшедшем в Стамбул, где в это время КПлской кафедрой управлял в качестве местоблюстителя Мелетий Пигас, Александрийский пх. Мелетий признал и одобрил деяния Брестского православного Собора, о чем уведомил в апреле 1597 князя Острожского.
В августе того же года пх Мелетий писал Гедеону Балобану о необходимости созвать Собор и избрать на нем новых мта и епов — взамен отпадших в унию.
До того времени, когда это будет совершено, Мелетий назначал для православных Речи Посполитой трех экзархов — епа Львовского Гедеона, архмта-грека Кирилла Лукариса и князя Константина Острожского.
Мелетий также подчеркивал ту исключительную роль, которую сыграл Никифор Кантакузин в деле организации православных для отпора проискам униатов. Пх Александрийский выражал свою озабоченность дальнейшей судьбой Экзарха Никифора и других греков и просил православных Речи Посполитой принять все меры, чтобы уберечь их от репрессий со стороны короля.
У пха Мелетия были все основания опасаться за судьбу Никифора, так как король Сигизмунд в целях обеспечения беспрепятственного распространения унии в Речи Посполитой издал указ, которым повелевал всем православным грекам, не являющимся его подданными, покинуть территорию Польского королевства. Опасаясь гонений, Западную Русь вскоре покинули экзарх Кирилл Лукарис, мт Лука Белградский и афонские архмты — участники православного Брестского Собора 1596 Один лишь бесстрашный Никифор Кантакузин, не убоявшись угроз короля, остался среди православных русинов Речи Посполитой.
К сожалению, несмотря на все имеющиеся правовые основания, воплотить в жизнь начертанную пхом Мелетием программу было невозможно. Король принял сторону униатов, а потому, невзирая на юридическую сторону дела, решительными административными мерами стремился водворить Брестскую унию в пределах Речи Посполитой.
Сигизмунд III воздвиг яростное гонение на православных, целью которого было не допустить восстановления полноценной церковной организационной структуры в Западной Руси. На стороне православных было право, однако они были практически бессильны против католического государственно-административного аппарата.
В феврале-марте 1597 в Варшаве собрался Генеральный сейм Речи Посполитой, на котором православные выразили решительный протест против Брестского униатского беззакония.
Православные послы сейма заявили, что не приступят к обсуждению каких-либо вопросов до тех пор, пока не будут гарантированы свобода исповедания православной веры и права не подчинившихся Риму священнослужителей. Особенно решительно выступили на сейме православные магнаты — князь Острожский и Гулевич.
Однако в ответ на их протестации канцлер Сапега заявил, что унии желали все, а смуту учинил один только Никифор Кантакузин. В связи с этим от Острожского, во владениях которого находился Экзарх, потребовали представить его на сейм, дабы учинить над ним королевский суд. Католики, вполне справедливо полагавшие, что одним из главнейших препятствий на пути к триумфу унии является именно Никифор, горели желанием отомстить ему. Устранив столь опасного противника, можно было надеяться на больший успех в деле насаждения унии.