Филипп II думал одну крепкую думу — как бы уничтожить ересь во всех своих владениях сперва, в целой Европе — потом. В Испании было ему это легко, трудно в Нидерландах; но для Филиппа не существовало трудностей, препятствий при достижении раз предположенной цели. Филипп назначил наместницею в Нидерландах побочную сестру свою, Маргариту, герцогиню Пармскую; но Маргарита была правительницею только по имени, а всеми делами заправлял кардинал Гранвелла, человек умный, даровитый, с большими познаниями, работник неутомимый. Будучи незнатного происхождения, сын адвоката, обязанный своим положением Карлу V и сыну его, он был беспредельно предан своему государю, говорил: «Я не бургундец, не фламандец, я принадлежу Филиппу II». Присутствие Гранвеллы и его деятельность сильно оскорбляли нидерландское вельможество, которое хотело управлять страною; особенно недовольны были самые видные вельможи, принц Оранский, граф Эгмонт и граф Горн, которые и стали в челе оппозиции королевскому самоуправству, каким являлось в их глазах поведение Филиппа.
Началась борьба; король уступал вельможам там, где мог уступить; в одном уступить он не мог — в преследовании ереси. Для ее искоренения Филипп признал за нужное увеличить число епископов в Нидерландах, и вместо прежних четырех он учредил 14, причем папа уступил королю право назначения епископов. Эта мера произвела сильное неудовольствие, ибо усиливала королевскую власть умножением числа важных лиц, которых назначение зависело от короля; для содержания новых епископов упразднены были некоторые богатые аббатства, другие потеряли часть своих доходов, и вельможи лишились средств выгодно помещать младших сыновей своих; притом во время собрания государственных чинов аббаты по малочисленности епископов имели важное влияние, а теперь это влияние переходило к епископам, назначенным королем. Другою причиною сильной и всеобщей жалобы был постой испанских войск в Нидерландах.
Ненависть нидерландских вельмож к Гранвелле увеличивалась все более и более; ответственность за всякую неприятную меру складывалась на него. В 1562 году принц Оранский, графы Эгмонт и Горн объявили наместнице, что они не будут присутствовать в государственном совете, пока Гранвелла останется его членом, и сдержали слово: удалились не только из государственного совета, но и из Брюсселя. Гранвелла должен был уехать в Испанию. Но Филипп и по отозвании Гранвеллы не думал отказываться от своих мер относительно истребления ереси в Нидерландах: он требовал, чтобы все постановления ТриДентского собора были приняты в стране, и ввел инквизицию. Тогда в 1566 году несколько дворян собрались под предводительством Филиппа Марникса фон Сент-Алдегонде, солдата и богослова, оратора и литератора, и поклялись вооруженною силою защищать родную страну от Инквизиции и новых законов. Это был первый шаг к отложению Нидерландов от Испании: акт, составленный Марниксом с товарищами, называется компромиссом. В том же году толпа дворян из северных провинций явилась в Брюссель, пришла во дворец и с шумом предъявила пред Маргаритою свои требования, на которые она не имела ни права, ни возможности согласиться. Когда потом эти господа собрались на пирушку, то к ним приехали и трое главных вельмож — Вильгельм Оранский, Эгмонт и Горн. Тысячами подписывался компромисс. Услыхав, что один из приверженцев правительства назвал голутьбою (gueux) дворян, вторгнувшихся во дворец, недовольные объявили, что принимают это слово для обозначения своей патриотической партии.
Вследствие этого движения поднялись протестанты, ожесточенные инквизициею, и показали себя достойными соперниками фанатиков католицизма: протестанты напали на церкви, начавши с великолепного Антверпенского собора, и уничтожили в них изображения святых и все вещи, относившиеся к католическому богослужению; много произведений искусства погибло от рук новых вандалов, особенно в Антверпене, первом торговом городе тогдашней Европы. Эти буйства протестантов нанесли сильный удар делу протестантизма и делу недовольных (голутьбы) в Южных Нидерландах, где большинство народонаселения было за католицизм. Маргарита получила возможность набрать войско и преследовать иконоборцев, поступок которых давал и королю Филиппу право принять сильные меры против ереси и людей, своею оппозициею мешавших правительству в ее искоренении. Филипп отправил в Нидерланды войско под начальством герцога Альвы, человека самого способного действовать устрашением (террором), не дрожавшего ни перед каким средством для достижения святой цели — истребления ереси. Альва явился в Нидерланды и начал распоряжаться всем, Маргарита увидела необходимость удалиться.
Альва стал распоряжаться в Нидерландах как в стране завоеванной; он учредил верховный суд, под названием суда по делам бунта, а нидерландцы прозвали его Кровавым судом. Начались казни людей, замешанных в волнениях; Эгмонт и Торн погибли на эшафоте; Вильгельм Оранский с братьями успели удалиться вовремя в Германию; протестанты бросились бежать толпами за границу, в Англию, Францию, Германию; говорят, что более ста тысяч протестантов покинули отечество; в северных провинциях из этих беглецов образовалось своего рода казачество под именем водяной, или морской, голутьбы; голутьба эта составила многочисленный мелкий флот, который скоро стал страшен испанцам и их колониям и послужил основою морской силы будущей Голландской республики.
Вильгельм Оранский и брат его Людовик собрали в Германии войско, но это войско не могло соперничать с первым тогда войском в мире, войском испанским, особенно когда им начальствовал такой искусный полководец, как герцог Альва, который разбил наголову Людовика Оранского, потерявшего 7000 человек в битве. Альва мог не бояться нападений извне, но он имел неосторожность вооружить против себя горожан и Южных Нидерландов; эти люди равнодушно смотрели на преследование протестантов, потому что были католиками, равнодушно смотрели на гибель дворянских вождей, потому что не питали сочувствия к дворянству и его интересам; но они взволновались, когда дошел черед до их интересов, когда опасность начала грозить их собственности. Имея нужду в деньгах и не получая их из Испании, Альва произвольно наложил подати по испанскому образцу: 1) один процент со всякого движимого и недвижимого имущества; 2) пятый процент от каждой продажи земельной собственности и 3) десятый процент от каждого проданного товара. Раздраженные купцы и промышленники закрыли свои лавки и заведения, и страшный Альва нашелся в самом затруднительном положении; он испугался всеобщего негодования и отменил новую пошлину с необходимых предметов потребления: хлеба, мяса, вина, пива.
А между тем в северных, протестантских Нидерландах дела шли дурно для Испании: морская голутьба усиливалась все более и более и в 1572 году разбила высланный против пес испанский флот. Вообще в продолжение всей борьбы испанцы брали верх на сухом пути и терпели неудач i на море; Вильгельм Оранский не мог ничего сделать на юге с своим немецким сбродным войском, а князья протестантской Германии не двигались к нему на помощь. Альва не очень уважал немецких князей, о которых писал: «Немецкие князья — это знатные господа, у которых на щитах и гербах огромные звери, львы, грифоны, орлы и другие, с большими зубами и клювами; но эти звери не кусаются и не клюют».
Несмотря, однако, на превосходство испанского сухопутного войска, борьба затягивалась в Нидерландах вследствие успехов морской голутьбы и сопротивления северных провинций, где действовал Вильгельм Оранский, провозглашенный в 1572 году в Дортрехте королевским штатгалтером четырех провинций — Голландии, Зеландии, Фрисландии и Утрехта; борьба эта становилась тяжкою для Испании по скудости ее финансовых средств; хотели прекратить ее, и в конце 1573 года Альва был отозван; он сам писал королю: «Народная ненависть ко мне уничтожает все мои меры; другой найдет более сочувствия и будет в состоянии сделать лучшее».