В Шотландии господствовали лорды-протестанты, а между тем королевою шотландскою признавалась французская королева Мария, ревностная католичка. В конце 1560 года умер муж Марии Стюарт, Франц II; в 1562 году Мария приехала в Шотландию. По характеру своему она была не способна к правлению даже и в спокойное время, не только что при таких бурях; Елизавета Английская, покровительница господствующей протестантской партии, имела гораздо больше значения в Шотландии, чем Мария, приверженная к враждебному и падшему католицизму. Мария вышла замуж за Генриха Дарнлея, вельможу, находившегося в родстве с королевскою фамилиею; от этого брака у Марии родился сын Иаков, но супружеское согласие было непродолжительно. Дарнлей был груб и предан пьянству, как все шотландские вельможи того времени, а Мария привыкла к другим обычаям при французском дворе, где господствовали итальянская легкая нравственность и итальянская утонченность эпохи Возрождения. Мария любила проводить время с секретарем своим для иностранной переписки, итальянским певцом Давидом Риччио. Дарнлей был оскорблен могущественным влиянием Риччио на королеву, вельможи шотландские были также недовольны влиянием иностранца, католика, итальянца, внушавшего Марии мысль об усилении королевской власти.
Дарнлей соединился с недовольными, и в королевском дворце произошла одна из тех кровавых сцен насилия, которыми богата шотландская история: Мария сидела в кабинете с приближенными людьми, в числе которых находился и Риччио; вдруг входит Дарнлей с своими сообщниками, и Риччио, несмотря на просьбы королевы, умерщвляется в ее глазах, самой Марии убийцы грозят кинжалом, приставляют пистолет к ее груди. Дарнлей немного выиграл от убийства Риччио, потому что Мария не сближалась с ним, не уступала ему большего влияния на дела, подарила полную своею доверенностию адмирала Ботуэля; опять произошла шотландская сцена: в начале 1567 года больной Дарнлей был взорван на воздух в загородном доме близ Эдинбурга, и чрез несколько времени Мария вышла замуж за Ботуэля. Следствием было сильное восстание: недовольные овладели королевою, заперли ее в крепости и заставили отречься от престола в пользу малолетнего сына Иакова (VI); Марии удалось бежать из заключения, но, преследуемая врагами и не находя нигде убежища в Шотландии, Мария перешла английскую границу и отдалась под покровительство Елисаветы; та дала ей убежище в своем государстве, но объявила, что заступится за нее тогда только, когда Мария оправдается относительно смерти мужа своего, Дарнлея.
Мария Стюарт была единственною надеждою католической партии в Англии, которая не могла оставаться спокойною, видя, что Мария лишилась шотландского престола и находится в руках Елизаветы; в Северной Англии вспыхнуло восстание с целью возвратить Марии шотландский престол, но восстание было усмирено войсками Елизаветы, и католиков не пощадили: более 800 человек было казнено. Папа издал буллу, в которой объявлял Елизавету лишенною английского престола и разрешал подданных ее от присяги. Следствием было то, что в Англии изданы были еще более жестокие законы против католиков, ненависть к ним усилилась в большинстве, усилилась и ненависть большинства к Марии Стюарт. При тогдашней общности религиозных интересов Елизавета волею-неволею становилась покровительницею протестантизма в целой Европе и потому должна была выдержать борьбу с могущественным покровителем католицизма, Филиппом II испанским. Разница между соперниками была та, что Филипп не смотрел ни на что, когда дело шло о религиозном интересе; Елизавета, наоборот, действовала осторожно, смотрела вперед, будет ли от ее вмешательства польза для Англии, и больше всего боялась делать большие издержки, ибо не хотела зависеть от парламента; знаменитый дипломат ее, Вальзингам, был в отчаянии, получивши от нее инструкцию — не соглашаться ни на что, где понадобятся деньги. Елизавета помогала Нидерландам в борьбе с Испаниею, но помогала скупо и неохотно: она боялась для Англии соперничества новой, цветущей торговлею и промышленностию республики, боялась усиления Франции в Нидерландах, ибо Франция была для нее опаснее Испании.
Филипп II сначала оставлял Елизавету в покое из политических расчетов, когда наследница ее, Мария Стюарт, была французскою королевою: он боялся тесного союза Англии и Шотландии с Франциею в случае, если б Мария вступила и на английский престол. Но когда по смерти Франца II нечего было больше бояться такого союза, Филипп начинает действовать против еретички Елизаветы в пользу католички Марии Стюарт. Тогда в пылу религиозной борьбы как между католиками, так и между протестантами было распространено убеждение, что для религиозной цели, для успеха дела Божия позволительно прибегать ко всяким средствам, к заговорам и убийствам, и Филипп принимает участие в заговорах католиков на жизнь Елизаветы; папа Пий V умолял Филиппа содействовать убиению Елизаветы, писал ему: «Мы из глубины сердца молим Искупителя об успехе дела, задуманного в Его честь и славу».
Ряд заговоров против Елизаветы в пользу Марии Стюарт содействовал только отягчению участи последней; наконец в 1585 году открыт был заговор Бабингтона, молодого шотландца: положено было убить Елизавету, испанские войска должны были в это время высадиться в Англии и католики — освободить Марию Стюарт. Заговорщики были казнены самым бесчеловечным образом, и Мария Стюарт была обвинена в том, что знала о заговоре. Судная комиссия, назначенная по этому делу, приговорила ее к смерти; обе палаты парламента согласились с решением комиссии и умоляли Елисавету привести в исполнение приговор: парламент хотел отделаться от Марии Стюарт из боязни, что если она вступит на престол после Елизаветы, то начнется такая же католическая реакция, какая была при Марии Тюдор. Елизавета колебалась: дала приказание казнить Марию, потом велела подождать; но министры ее не хотели ждать и распорядились: Мария Стюарт была казнена в феврале 1587 года.
Казнь Марии Стюарт произвела сильное ожесточение в католическом мире, а между тем и в других отношениях со стороны Англии было сделано все, чтоб раздражить могущественного покровителя католицизма, Филиппа II. Франц Драк, английский морской разбойник, в 1572 году явился в Мексиканском заливе, захватил там все малые корабли, высадился на берег, взял транспорт с дорогими металлами и возвратился домой с огромною добычею. Успех Драка возбудил много охотников обогатиться на чужой счет, и море покрылось английскими и голландскими морскими разбойниками, сторожившими испанские и португальские корабли. В 1577 году Драк вторично страшным образом опустошил берега Испанской Америки; третий поход предпринял Драк в 1585 году уже в качестве королевского английского адмирала: на этот раз была опустошена Вест-Индия. Наконец, Елизавета явно помогала Нидерландам, отправив туда отряд войска для борьбы с испанцами. Филипп II начал готовиться к мести: в Испании и Нидерландах строились громадные корабли, число их простиралось до 135; 19 000 войска должно было сесть на них для высадки в Англию; начальство над войском принимал знаменитый Александр Пармский.
Англичане приготовились к отпору «непобедимой армады», как называли флот Филиппа II. Армада вышла в мае 1588 года из устьев Таго под начальством герцога Медины-Сидонии, но уже через три дня флот сильно потерпел от бури у берегов Галиции; три недели нужно было употребить для исправления; в конце июля, когда флот достиг Ламанша и часть войска села на корабли, начались опять бури, и военный совет нашел невозможным высаживаться на берега Англии; решили возвратиться в Испанию, но для избежания опасных берегов, чтоб держаться в открытом море, положено было взять севернее и обогнуть Шотландию и Ирландию; на этом пути — опять новые беды и потери, так что когда армада возвратилась, то в ней не досчитывалось 30 кораблей и 10 000 войска. Узнавши об этом, Филипп спокойно сказал: «Я посылал флот против людей, а не против бурь; благодарю Бога, что вред еще не так велик: одна ветвь обрезана, но дерево живет и цветет и в состоянии пустить новые отрасли».