Большую тревогу в Главсевморпути вызывала в те дни судьба линейных ледоколов «Ленин» и «Сталин», что находились на Мурманском судоремонтном заводе. Если они не выйдут на трассу Северного морского пути, то транспортные перевозки в западном районе Арктики будут сорваны — пароходам с грузами не пробиться без ледоколов через ледовые преграды. Гитлеровцы хорошо понимали это и заблокировали оба ледокола в Кольском заливе, вели за ними непрерывные наблюдения с самолетов — был разгар лета и в Мурманске круглосуточно стоял светлый полярный день. Несколько раз немцы пытались разбомбить ледоколы, но советские зенитчики и летчики-защитники Мурманска успешно отбили эти атаки. Ширшов вылетел в Мурманск. Там он организовал быстрое вооружение обоих ледоколов пушками и пулеметами, а в штабе Северного военно-морского флота участвовал в разработке планов вывода ледоколов в Карское море. Выждав благоприятную погоду, ледоколы скрытно покинули Кольский залив и под охраной военных кораблей были выведены на трассу, где у кромки льда их уже несколько дней ожидали транспортные суда.
Затем Ширшов вылетает на трассу, посещает западные порты Арктики, проверяет их готовность к приемке кораблей с грузами, посещает штаб морских операций Запада, базирующийся на борту ледокола «Сталин». Вспоминаю, как в один августовский день (я находился тогда на ледоколе в составе штаба морских операций), когда ледокол стоял у кромки льда в ожидании подхода судов с грузами, в широкое разводье опустился легкий гидросамолет, подрулил к ледоколу и из самолета поднялся к нам по трапу Петр Петрович Ширшов. С этим посещением связан один забавный эпизод, доставивший позже Ширшову много веселых минут, когда ему о нем рассказали. Вслед за Ширшовым летчики подняли на ледокол тушу оленя и отнесли на камбуз. В те военные дни снабжение кораблей продуктами питания резко сократилось, и, чтобы пополнить судовые запасы, моряки ледокола застрелили трех белых медведей, а повара стали подкармливать нас бифштексами из медвежьего мяса. На ледоколе находилась военная команда из артиллеристов, обслуживающих пушки и пулеметы. Это были в большинстве своем молодые ребята из центральных районов, впервые попавшие на море, да еще в Арктику. Они категорически отказались есть медвежатину, считая ее поганой. Тогда шеф-повар пошел на хитрость: каждый раз, когда подавалось к столу жареное мясо, он громко объявлял, что это мясо оленя, привезенного Ширшовым. И наши артиллеристы ели его с удовольствием. Так под видом одной туши оленя шеф-повар скормил морякам три туши белых медведей.
Ширшов вернулся в Москву, когда из столицы началась эвакуация предприятий, учреждений, культурных ценностей. Враги с боями приближались к Москве, участились бомбардировки города вражеской авиацией. Многие сотрудники Главсевморпути ушли на фронт и в народное ополчение, аппарат Главсевморпути во главе с Э. Т. Кренкелем был эвакуирован в Красноярск. В Москве осталась небольшая оперативная группа. Москва все больше и больше принимала вид прифронтового города.
В те дни Ширшовым владело единственное страстное желание: скорее на фронт. Он пишет одно заявление за другим народному комиссару обороны СССР, но получает решительные отказы. Он не понимает причин отказов и все осенние дни 1941 года проводит в сильном волнении.
В письме своему помощнику А. А. Кирпичникову в Красноярск он делится своими тревогами и замыслами: «…пытаюсь пробиться в армию, но пока ничего не выходит из этого. А ведь сплю и вижу предмет моих вожделений — танки, танки и еще раз танки. Комиссар танковой дивизии — это вещь, о которой я только и думаю…»