Но это уже было в завершающий период войны, а пока в 1942–1943 годы приходилось обращаться за помощью в Наркомат обороны. Когда в портах Севера широким фронтом развернулись работы по выгрузке оборонных грузов, то в Вологодской и Костромской областях был проведен призыв мужчин 50-летнего возраста для работы в Архангельском порту. Когда же зимой 1942 года был расконсервирован Мурманский порт, такал же мобилизация была проведена в Рязанской и Тульской областях. В Мурманск прибыло пополнение в две тысячи человек, да еще Мурманский обком и облисполком смогли направить в порт полторы тысячи мурманчан.
Трудная проблема стояла в то время перед молодым наркомом и его сотрудниками: как пополнить понесенные потери торгового флота в кораблях? Ширшов обращается в Совнарком СССР и вскоре получает реальную помощь: в течение 1942–1943 годов флот пополнился новыми транспортными судами. Это помогло успешно выполнять задания Государственного Комитета Обороны СССР. Торговые суда перевозили воинские части и военные грузы, помогали в тактических перегруппировках советских войск морскими путями, принимали непосредственное участие в боевых операциях военно-морского флота.
На Каспийском море не велось боевых действий, но в 1942–1943 годах Каспий играл очень важную роль: через это море, а далее речными и железнодорожными путями шли поставки нефтепродуктов для фронта и флота, не говоря уже о перевозках боевой техники и грузов для оборонной промышленности. Особенно возросло значение нефтеперевозок через Каспий и Нижнюю Волгу во время решающих боев за Сталинград.
Ширшов внимательно следил за событиями на Черном море, где происходили боевые действия. Моряки Черноморского торгового флота 4 февраля 1943 года участвовали в высадке десанта советских воинов под Новороссийском, получившим позднее название «Малая земля». А в сентябре того же года при подготовке и проведении десантных операций в районе Новороссийска большую помощь войскам оказали также экипажи транспортных судов, которые перебрасывали войска в Геленджик. В дни таких боевых операций с участием судов торгового флота министр Ширшов сутками не покидал здания наркомата (его аппарат вернулся из эвакуации в сентябре 1943 года) и держал прямую связь с морскими портами и штабами флотов. Когда же наши войска выбили немцев из Новороссийска, Петр Петрович уже на другой день прилетел туда с пятью своими сотрудниками. Безрадостную картину увидел он там: порт был полностью разрушен. Ширшов обратился к Военному совету Северо-Кавказского фронта, в Новороссийский горком партии, и тут же были разработаны планы быстрого восстановления порта. Моряки Черноморского транспортного флота активно участвовали также во всех других боевых операциях на Черном море: освобождении Таманского полуострова и всего Крыма, Одессы, всего западного побережья моря. Торговые моряки активно помогали боевым действиям Советской Армии и Военно-Морского Флота в других бассейнах, не говоря уже об импортных и каботажных перевозках через зоны военных действий. Всего же за период Великой Отечественной войны советский морской транспорт перевез около 100 миллионов тонн различных грузов и более 4 миллионов человек[11].
Еще во время войны, в 1943 году, когда произошел коренной перелом в ее ходе и Советские Вооруженные Силы начали освобождать временно оккупированные врагом районы, Ширшов вошел в Совет Министров СССР с предложениями о мероприятиях по восстановлению и оснащению морских портов и увеличению численности торгового флота. Эти предложения были приняты, правительство выделило крупные суммы денег на эту программу и фонды на поставку портовой механизации.
В наши дни трудно представить себе, насколько сложными и опасными были тогда рейсы судов торгового флота, какие трудности и сложности стояли перед работниками наркомата и пароходств в организации навигации и контроля за рейсами. Корабли плыли в зоне молчания, радиостанции на судах были настроены только на прием, был строжайший приказ не выходить в эфир, молчали береговые радиопеленгаторы, на судах еще не было радиолокаторов, шли с потушенными огнями, прожектора были зачехлены. И все-таки в кабинете главного морского инспектора С. И. Ушакова на большой карте Мирового океана дежурный диспетчер ежедневно отмечал местонахождение каждого корабля, находящегося в рейсе вне территориальных вод. Нарком Ширшов очень интересовался тем, как проходят рейсы судов, часто вызывал Ушакова для доклада, выяснял причины задержек или отклонений от предписанного маршрута.