Следующим объектом «научных погромов» и будущих физических репрессий стали уже историки-марксисты, пытавшиеся дискутировать по отдельным злободневным вопросам. Сигналом стало письмо И.В. Сталина в октябре 1931 г. «О некоторых вопросах истории большевизма». Известные деятели ВКП(б) – А.С. Бубнов, Е.М. Ярославский и другие – были вынуждены публично каяться. С 1934 г., по новому указанию И.В. Сталина, начался разгром так называемой «школы Покровского». Умершего академика, в свою очередь, обвиняли в антимарксизме, идеологических ошибках и других «грехах». «Библией сталинизма» стал вышедший в 1938 г. «Краткий курс истории ВКП(б)». Подготовленный группой авторов и отредактированный И.В. Сталиным, он был объявлен «подлинной энциклопедией основных знаний в области марксизма-ленинизма» и «гениальным трудом И.В. Сталина». Исторические сведения, сообщавшиеся в нем, считались непогрешимыми, и никакие отступления от них не допускались.
Историки, конечно, продолжали работать, изучая новые документы, размышляя над ними. Но их выводы не могли противоречить официально господствовавшим взглядам. Поэтому дискуссии допускались по тем проблемам, по которым отсутствовали официальные указания ЦК партии. Изменение политической линии вело к пересмотру исторических взглядов. Например, в 1920-е гг. Богдан Хмельницкий считался представителем зажиточного казачества, пошедшего на сговор с русским царизмом и предавшим интересы тружеников. В 1930-е гг. он уже стал вновь «великим сыном украинского народа». Имам Шамиль до середины 1940-х гг. был героем национально-освободительной борьбы кавказских народов против русского царизма. Затем он превратился, по официальной трактовке, в «агента английского империализма и турецкого султана». В такой обстановке «критики» и «критикуемые» из числа ученых-историков нередко менялись местами в соответствии с последними указаниями партийного руководства.
При этом не брезговали и прямой фальсификацией. Например, в период «борьбы с космополитизмом», в конце 1940-х – начале 1950-х гг., появились многочисленные статьи о подьячем Крякутном, который якобы впервые в мире совершил полет на воздушном шаре в Рязани в 1731 г., т. е. на 50 лет раньше французов братьев Монгольфье. Статью о Крякутном поместили даже в соответствующем томе Большой советской энциклопедии. На самом деле «подьячий Крякутный» существовал лишь в воображении знаменитого подделывателя и фальсификатора старинных рукописей А.И. Сулакадзева, жившего в ХУШ – XIX вв. Хотя в 1958 г. путем съемки рукописи в инфракрасных лучах подделка была неопровержимо доказана, несуществующий «летун» до сих пор возникает на страницах книг и газет.
Некоторое ослабление идеологических тисков наступило для историков в середине 1950-х гг. Был опубликован ряд сборников неизвестных прежде документов, зазвучали споры по действительно крупным проблемам прошлого.
Но контроль КПСС над исторической наукой сохранялся в полной мере. Окончательное суждение в случае научных дискуссий выносил Секретариат ЦК КПСС. В 1957 г. был подвергнут резкой критике журнал «Вопросы истории» за попытку поставить под сомнение официальную версию положения в большевистской партии весной 1917 г. В начале 1970-х гг. последовало осуждение, сопровождавшееся снятием с занимаемых должностей, историков так называемого «нового направления», представители которого (П.В. Волобуев, К.Н. Тарновский) пытались более глубоко проанализировать действительный уровень экономического развития России конца XIX – начала XX вв.
Лишь в конце 1980-х гг. историки получили возможность по-настоящему творчески работать. Эта работа основана на изучении всего комплекса источников, знакомстве с трудами зарубежных коллег и праве открыто высказывать свои взгляды в печати. За эти годы появилось немало глубоких исследований, посвященных различным периодам истории России.
Ученые все шире используют математические методы, возможности вычислительной техники, что позволяет обрабатывать большие объемы данных и делать более обоснованные выводы. Выходят специализированные журналы по истории России: «Военно-исторический журнал», «Вопросы истории», «Отечественная история» (с 2009 г. – «Российская история»), «Клио», «Исторический архив», «История Петербурга», «Родина» и другие.
В мировой исторической науке уважением пользуются имена многих российских ученых. Среди них И.Д. Ковальченко (проблемы методологии истории), М.Я. Гефтер (философия истории), Б.А. Рыбаков, В.Л. Янин (история Древней Руси); Ю.Г. Алексеев, А.А. Зимин, Р.Г. Скрынников (история Московской Руси); Е.В. Анисимов, Н.И. Павленко, Н.Я. Эйдельман (история Российской империи); П.В. Волобуев, Б.В. Ананьич, В.И. Старцев (история России конца XIX–XX вв.) и многие другие. При всем различии подходов к частным проблемам всех их отличает концептуальность мышления, глубокий анализ всего комплекса имеющихся материалов, объемный взгляд на поставленную проблему.