Сведения о кыргызах XI–XII вв. немногочисленны. В это время окрепшие монгольские племена возобновляют свои набеги, что постепенно отрезает кыргызских феодалов от путей на юг. Перед монгольскими завоеваниями кыргызы образовали два княжества: Кем-Кемджиут (на Енисее) и Кыргыз (к северу от монгольского Алтая). Государственное устройство обоих княжеств напоминало систему, существовавшую в VI–VIII вв., но она оказалась не приспособленной к новым условиям, вскоре изжила себя и деградировала. Это привело к тому, что княжество Кыргыз было завоевано монголами в 1219 г., а княжество Кем-Кемджиут – в 1293 г. Правящая кыргызская элита, знать были уничтожены. Сотни городов и поселений пришли в упадок. Исключение составили Ош, Узген и несколько поселений в Ферганской долине. Земледелие было полностью вытеснено кочевым скотоводством.
После смерти Чингисхана завоеванные им земли, на которых проживали кыргызы, вошли в состав различных улусов. Кровопролитные межгосударственные войны за престол Великого кагана, развернувшиеся среди потомков Чингисхана, еще больше разоряли коренное население.
Интересные сведения о политической истории кыргызов относятся к XV–XVI векам, когда они проявили себя на арене исторических событий Среднего Востока как реальная политическая сила в составе Моголистана – государства, образовавшегося в результате распада империи чингизидов. Кыргызы Алтая и Джунгарии вместе с монгольскими и древнетюркскими племенами под влиянием общих экономических, политических и культурных факторов сплотились в одну народность, ядром которой стали кыргызы[25].
Важным этапом формирования новой народности стало объединение всех племен в два «крыла». Оба объединения включали как кыргызские, так и монгольские племена на равноправной основе. Все племена, вошедшие в систему двух «крыльев», а также одно из Ферганских племен стали именоваться общим этнонимом «кыргыз». Этот важный исторический акт приходится на конец XV – начало XVI вв. С этого времени, считают современные историки, можно говорить об образовании современной кыргызской народности на Тянь-Шане как единой исторической общности, поднявшейся над родом и племенем[26].
Новая этническая общность в условиях кочевой жизни приобрела форму союза племен. Основные государственные функции (управленческая, фискальная, судебная и др.) развивались внутри отдельных родов и племен.
Несмотря на феодальную раздробленность и межплеменные распри постепенно происходит консолидация кыргызской народности. Положительную роль в этом процессе сыграло принятие тянь-шанскими кыргызами ислама, что позволило им приобщиться к высокой культуре народов Средней Азии, приобрести взамен утраченной новую письменность на основе арабской графики. Важным объединяющим фактором стал общекыргызский эпос «Манас», который окончательно сформировался на Тянь-Шане тысячу лет назад. Идеи объединения кыргызов перед лицом внешней опасности, занимающие основное место в эпосе, стали близкими и понятными всем племенам, что сыграло прогрессивную роль в консолидации кыргызов.
В XVI веке внутриполитические причины (сепаратизм) и внешние обстоятельства (сильные соседние государства, стремившиеся привлечь кыргызов на свою сторону, но не заинтересованные в их усилении и образовании ими собственного государства) не благоприятствовали созданию кыргызской государственности, хотя такие попытки неоднократно предпринимались.
В начале XVI века во главе кыргызских родоплеменных объединений Тянь-Шаня становится Мухаммед-кыргыз, всю свою жизнь посвятивший борьбе за независимость своего народа. Он ориентировался на союз с окрепшим Казахским ханством, совершил ряд удачных походов на Ташкент, Андижан, Сайрам и в Туркестан[27].